bismark 用于将亚硫酸氢盐处理的reads与参考基因组进行比对，并识别甲基化位点。...sequence; my $GA_transliterations_performed = ($GA_sequence =~ tr/G/A/); 然后调用bowtie后者bowite2 对转换后的序列建立索引...对基因组建立索引 将基因组fasta 文件放在1个目录下 ，后缀为.fa 或者 .fasta, 然后运行以下命令 bismark_genome_preparation hg19/hg19.fasta 运行成功后...BS_GA.rev.1.bt2 │ ├── BS_GA.rev.2.bt2 │ └── genome_mfa.GA_conversion.fa 可以看到，分别对CT和GA转换的基因组建立了...bowtie2的索引。
如果要想说清楚 ln 命令，则必须先解释下 ext 文件系统（Linux 文件系统）是如何工作的。我们在前面讲解了分区的格式化就是写入文件系统，而我们的 Linux 目前使用的是 ext4 文件系统。...每个文件都独自占用一个 inode，文件内容由 inode 的记录来指向； 如果想要读取文件内容，就必须借助目录中记录的文件名找到该文件的 inode，才能成功找到文件内容所在的 block 块； 了解了 Linux...系统底层文件的存储状态后，接下来学习 ln 命令。...ln 命令用于给文件创建链接，根据 Linux 系统存储文件的特点，链接的方式分为以下 2 种： 软链接：类似于 Windows 系统中给文件创建快捷方式，即产生一个特殊的文件，该文件用来指向另一个文件...ln 命令的基本格式如下： [root@localhost ~]# ln [选项] 源文件 目标文件 选项： -s：建立软链接文件。如果不加 "-s" 选项，则建立硬链接文件； -f：强制。
mkbootdisk命令用来为当前运行的系统创建能够单独使用的系统引导软盘，以便在系统出现故障时能够启动操作进行适当的修复工作。...mkinitrd的参数 --noprompt 不会提示用户插入磁盘 --verbose 执行时显示详细的信息 --version 显示版本信息 参考实例 以核心版本2.2.18设定开机： [root@linux...~]# mkbootdisk --device /dev/fd0 2.2.18 显示版本信息： [root@linux ~]# mkbootdisk --version
那么对数据库的优化又少了不索引的知识。 是的，建立索引能极大地提高查询的效率。那么你知道吗，如果合理建立索引，可以更大地榨出数据库的性能——也就等同于进一步提高查询效率。...建立索引的场景 索引不是越多越好，因为每次更新、插入数据，就需要对索引文件进行变动，会减低该类型操作的执行效率。 如果建立索引的字段太多，影响就会很大。 所以我们只在合理的字段上建立索引。...在经常用来当查询条件(where,on,group by,order by)的字段上建立索引。 在数据的维度比较大的字段上建立索引。...常见的可以用于建立索引的字段场景： ① 用户id 在订单表中的用户id字段上建立索引，根据用户id筛选订单，则会很快查询出用户的订单。...只在维度高的字段上建立索引，否则会使得数据比例过大，转为全表扫描。 优先对数据量比较小的字段建立索引，可以使索引文件更小，同时内存中也可以装载更多的索引键。
一、使用方式 ln -s abc cde 建立abc 的软连接 （注意-s的参数） ln abc cde 建立abc的硬连接 硬连接可以理解为一个文件，有两个文件名，类似...cp操作 软连接是系统新建了一个文件链接，然后将链接指向了原文件，类似索引或者指针 自己的理解哦 二、举例 ln -s source dist # 建立软连接...ln -s /source/ /dist/ # /是将目录里所有文件链接过去，必须加上，否则新建的目录访问不正常 ln source dist # 建立硬连接...实践的方法就是用共享文件把windows下的 aa.txt文本文档连接到linux下/root目录 下 bb,cc . ln -s aa.txt /root/bb 连接成功 。...备注：I节点 :它是UNIX内部用于描述文件特性的数据结构.我们通常称I节点为文件索引结点(信息结点).i节点含有关于文件的大部分的重要信息,包括文件数据块在磁盘上的地址.每一个I节点有它自己的标志号,
image.png 备注: 1) spell命令默认未安装，可使用apt-get install xview-clients来安装 2) spell命令即可接收文件输入，也可接收屏幕输入，然后给出认为可能有错的单词
mysql之联合索引测试： 前期准备： 建立联合索引？...(参考上图) 如果没用同时出现Using where，表明索引用来读取数据而非执行查找动作 覆盖索引(Covering Index)：也叫索引覆盖。...就是select列表中的字段，只用从索引中就能获取，不必根据索引再次读取数据文件，换句话说查询列要被所建的索引覆盖。...当type出现ref或者index时，表示走的是索引，index是标准不重复的索引，ref表示虽然使用了索引，但是索引列中有重复的值，但是就算有权重复值，也只是在重复值的 范围内小范围扫描，不造成重大的性能影响...测试语句是否使用了索引： 网上说联合索引 test_col1_col2_col3 实际建立了(col1)、(col1,col2)、(col,col2,col3)三个索引。
PARTITION pm11_ix VALUES LESS THAN (12) PARTITION pm12_ix VALUES LESS THAN (MAXVALUE)); 分区表和一般表一样可以建立索引...3.1 局部索引分区的建立： SQL> create index dinya_idx_t on dinya_test(item_id) 2 local 3 ( 4 partition...client 1 sorts (memory) 0 sorts (disk) 2 rows processed SQL> 3.2 全局索引分区的建立...全局索引建立时global 子句允许指定索引的范围值，这个范围值为索引字段的范围值： SQL> create index dinya_idx_t on dinya_test(item_id) 2 ...SQL> 本例中对表的item_id字段建立索引分区，当然也可以不指定索引分区名直接对整个表建立索引，如： SQL> create index dinya_idx_t on dinya_test
www.linuxidc.com ~]# ls CentOS-Base.repo.oldboy anaconda-ks.cfg install.log install.log.syslog ss.sh此命令表示在家目录下创建与源文件同名的链接到...www.linuxidc.com ~]# ls CentOS-Base.repo.oldboy anaconda-ks.cfg dd install.log install.log.syslog 此命令表示在家目录下建立链接到...abc apache kk oldboy [root@ www.linuxidc.com home]# cd abc [root@ www.linuxidc.com abc]# ls ss.sh 此命令表示在...www.linuxidc.com ~]# ls CentOS-Base.repo.oldboy anaconda-ks.cfg install.log install.log.syslog tmp 此命令表示在家目录下创建一个与源文件夹同名的符号连接
sakila.city_demo; *前缀输出越贴近 1 输出，性能越高 3. alter table sakilal.city_demo add key (city(7)); 使用场景： 16进制唯一ID使用前缀索引
MySQL索引的建立对于MySQL的高效运行是很重要的，索引可以大大提高MySQL的检索速度。...因为更新表时，MySQL不仅要保存数据，还要保存一下索引文件。 建立索引会占用磁盘空间的索引文件。 ---- 普通索引 创建索引 这是最基本的索引，它没有任何限制。...以下实例为在表中添加索引。 mysql> ALTER TABLE testalter_tbl ADD INDEX (c); 你还可以在 ALTER 命令中使用 DROP 子句来删除索引。...尝试以下实例删除索引: mysql> ALTER TABLE testalter_tbl DROP INDEX c; ---- 使用 ALTER 命令添加和删除主键 主键作用于列上（可以一个列或多个列联合主键...---- 显示索引信息 你可以使用 SHOW INDEX 命令来列出表中的相关的索引信息。可以通过添加 \G 来格式化输出信息。
建立索引的规则 建立索引常用的规则如下： 表的主键、外键必须有索引； 数据量超过300的表应该有索引； 经常与其他表进行连接的表，在连接字段上应该建立索引； 经常出现在Where子句中的字段，非凡是大表的字段...，应该建立索引； 索引应该建在选择性高的字段上（枚举型字段不建索引）； 索引应该建在小字段上，对于大的文本字段甚至超长字段，不要建索引； 复合索引的建立需要进行仔细分析；尽量考虑用单字段索引代替： 正确选择复合索引中的主列字段...； 假如既有单字段索引，又有这几个字段上的复合索引，一般可以删除复合索引； 频繁进行数据操作的表，不要建立太多的索引； 删除无用的索引，避免对执行计划造成负面影响； 以上是一些普遍的建立索引时的判定依据...一言以蔽之，索引的建立必须慎重，对每个索引的必要性都应该经过仔细分析，要有建立的依据。...因为太多的索引与不充分、不正确的索引对性能都毫无益处：在表上建立的每个索引都会增加存储开销，索引对于插入、删除、更新操作也会增加处理上的开销。
create index [index_mode] on [cn_name]([car_mode]); index_mode自定义索引名 cn_name表名 car_mode列名 1.创建普通索引 SQL...CREATE INDEX 语法 在表上创建一个简单的索引。...2.创建唯一索引 SQL CREATE UNIQUE INDEX 语法 在表上创建一个唯一的索引。唯一的索引意味着两个行不能拥有相同的索引值。...”，在 Person 表的 LastName 列： CREATE INDEX PersonIndex ON Person (LastName); 4.索引添加约束 如果您希望以降序索引某个列中的值，您可以在列名称之后添加保留字...DESC： CREATE INDEX PersonIndex ON Person (LastName DESC); 5.组合索引 假如您希望索引不止一个列，您可以在括号中列出这些列的名称，用逗号隔开
索引需要占物理空间，除了数据表占数据空间之外，每一个索引还要占一定的物理空间，如果要建立聚簇索引，那么需要的空间就会更大。...d = 4 如果建立(a,b,c,d)顺序的索引，d是用不到索引的，如果建立(a,b,d,c)的索引则都可以用到，a,b,d的顺序可以任意调整。...=和in可以乱序，比如a = 1 and b = 2 and c = 3 建立(a,b,c)索引可以任意顺序，mysql的查询优化器会帮你优化成索引可以识别的形式 3.尽量选择区分度高的列作为索引,区分度的公式是...7.like 模糊查询中，右模糊查询（321%）会使用索引，而%321 和%321%会放弃索引而使用全局扫描 应该建立索引的情况 在经常需要搜索的列上，可以加快搜索的速度； 在作为主键的列上，强制该列的唯一性和组织表中数据的排列结构...不应该建立索引的情况 对于那些在查询中很少使用或者参考的列不应该创建索引。这是因为，既然这些列很少使用到，因此有索引或者无索引，并不能提高查询速度。
虽然说我的大部分教程是针对人类或者小鼠的数据分析，实际上这些分析很容易迁移到其它物种，可能比较麻烦的就是最上游的关于参考基因组和注释文件信息的选择吧，这里讲一下猫猫狗狗的数据分析吧！...ftp.ensembl.org/pub/release-98/fasta/canis_familiaris/dna/Canis_familiaris.CanFam3.1.dna.toplevel.fa.gz 下载的你的linux...## 2.3G Jan 14 15:50 Canis_familiaris.CanFam3.1.dna_rm.toplevel.fa 然后构建star的索引 可以自由选择不同版本的star软件，或者...文件夹存储我们待会构建好的index mkdir -p ~/reference/index/star/dog_CanFam3.1/dog ~/biosoft/STAR/STAR-2.7.3a/bin/Linux_x86...其它软件的索引构建方法类似! 你们可以自己做一下hisat2的。 给你一个作业 同样的流程，下载猪的参考基因组，并且构建star还有hisat2软件的索引哈！
利用Lucene的IndexWriter建立索引(详解) /* * 建立索引，然后把建立后的文档添加到索引中去 * 提示先使用Document和Field把Field加入到Document中去， ...* 接着把Document建立成为一个索引 * */ package comThree; import java.io.IOException; import org.apache.lucene.analysis.standard.StandardAnalyzer...org.apache.lucene.document.Field; import org.apache.lucene.index.IndexWriter; public class BookIndex{ //创建索引的目录...private String INDEX_PATH = "E:\\Lucene项目\\索引目录"; Document bookdoc1 = null; public BookIndex(){ bookdoc1...writer.close(); System.out.println("完成索引的创建并且存储完毕， 索引的存放位置在：" + INDEX_PATH); }catch(IOException e){ e.printStackTrace
mysql索引建立的原则 1、尽量选择区分度高的列来建立索引。 2、频繁查询列适合建立索引。 3、遇到联合索引时，想想最左边的匹配原则。...4、like模糊查询时，%在前面时才会使用索引，另外两种情况都会使索引失效。...实例 select * from USER us where name l like ‘公众号程序员fly%’ //name上有索引的话会使用到name上的索引 select * from USER us... where name l like ‘%公众号程序员fly’ //name上有索引的话索引会失效转为全表扫描 select * from USER us where name l like ‘%公众号程序员...fly%’ //name上有索引的话索引会失效转为全表扫描 以上就是mysql索引建立的原则，希望对大家有所帮助。
显然索引表仅需要包含一个列，所以索引表的大小和原表比起来要小得多，如图4-14给出了索引表与原表之间的关系。...从图可以看出，由于索引表的单条记录所占的空间比原表要小，所以索引表的一个Region与原表相比，能包含更多条记录 ?...假设HBase中存在一张表heroes，里面的内容如表所示，则根据列info:name构建的索引表如图4-15所示。Hbase会自动将生成的索引表加入如图4-3所示的结构中，从而提高搜索的效率 ?...admin = null; Connection con = null; try { // 操作hbase数据库 // 1.建立连接...// TODO Auto-generated catch block e.printStackTrace(); } } } 然后根据heroes表建立索引表
建立索引的优缺点: 为什么要创建索引呢？ 这是因为，创建索引可以大大提高系统的性能。...第二、索引需要占物理空间，除了数据表占数据空间之外，每一个索引还要占一定的物理空间。如果要建立聚簇索引，那么需要的空间就会更大。...第三、当对表中的数据进行增加、删除和修改的时候，索引也要动态的维护，这样就降低了数据的维护速度。 什么样的字段适合创建索引: 索引是建立在数据库表中的某些列的上面。...因此，在创建索引的时候，应该仔细考虑在哪些列上可以创建索引，在哪些列上不能创建索引。...建立索引，一般按照select的where条件来建立，比如： select的条件是where f1 and f2，那么如果我们在字段f1或字段f2上简历索引是没有用的，只有在字段f1和f2上同时建立索引才有用等
2）索引是建立在表上的可选对象；索引的关键在于通过一组排序后的索引键来取代默认的全表扫描检索方式，从而提高检索效率 3）索引在逻辑上和物理上都与相关的表和数据无关，当创建或者删除一个索引时，不会影响基本的表...； 4）索引一旦建立，在表上进行DML操作时（例如在执行插入、修改或者删除相关操作时），oracle会自动管理索引，索引删除，不会对表产生影响 5）索引对用户是透明的，无论表上是否有索引，sql语句的用法不变...SELECT * FROM ALL_IND_COLUMNS WHERE TABLE_NAME = '表名' 知道了怎么用，下一步就该知道为什么这样用了 我们都是知道，建立索引是为了提高查询效率，那么，应该怎么建立索引呐...索引的建立原则 索引应该建立在WHERE子句中经常使用的列上。如果某个大表经常使用某个字段进行查询，并且检索的啊行数小于总表行数的5%，则应该考虑在该列上建立索引。...对于两个表连接的字段，应该建立索引。 如果经常在某表的一个字段上进行Order By的话，则也应该在这个列上建立索引。 不应该在小表上建立索引。
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
即时通信 IM
ICP备案
对象存储
实时音视频
