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ML中相似性度量和距离的计算&Python实现

点击这里查看PDF版本 Github: https://github.com/yingzk/MyML 博 客: https://www.yingjoy.cn/ 前言 在机器学习中,经常需要使用距离和相似性计算的公式...,在做分类时,常常需要计算不同样本之间的相似性度量(Similarity Measurement),计算这个度量,我们通常采用的方法是计算样本之间的“距离(Distance)”。...比如利用k-means进行聚类时,判断个体所属的类别,就需要使用距离计算公式得到样本距离簇心的距离,利用kNN进行分类时,也是计算个体与已知类别之间的相似性,从而判断个体的所属类别。...本文对常用的相似性度量进行了一个总结 欧氏距离 曼哈顿距离 切比雪夫距离 闵可夫斯基距离 马氏距离 夹角余弦 汉明距离 杰卡德距离 & 杰卡德相似系数 相关系数 & 相关距离 信息熵 1....信息熵并不属于一种相似性度量,是衡量分布的混乱程度或分散程度的一种度量。分布越分散(或者说分布越平均),信息熵就越大。分布越有序(或者说分布越集中),信息熵就越小。

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ML中相似性度量和距离的计算&Python实现

前言 Github: https://github.com/yingzk/MyML 博客: https://www.yingjoy.cn/ 在机器学习中,经常需要使用距离和相似性计算的公式,在做分类时,...常常需要计算不同样本之间的相似性度量(Similarity Measurement),计算这个度量,我们通常采用的方法是计算样本之间的“距离(Distance)”。...比如利用k-means进行聚类时,判断个体所属的类别,就需要使用距离计算公式得到样本距离簇心的距离,利用kNN进行分类时,也是计算个体与已知类别之间的相似性,从而判断个体的所属类别。...本文对常用的相似性度量进行了一个总结 欧氏距离 曼哈顿距离 切比雪夫距离 闵可夫斯基距离 马氏距离 夹角余弦 汉明距离 杰卡德距离 & 杰卡德相似系数 相关系数 & 相关距离 信息熵 1....信息熵并不属于一种相似性度量,是衡量分布的混乱程度或分散程度的一种度量。分布越分散(或者说分布越平均),信息熵就越大。分布越有序(或者说分布越集中),信息熵就越小。

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相似性python+opencv实现pHash算法+hamming距离(simhash)(三)

之前写关于R语言实现的博客: R语言实现︱局部敏感哈希算法(LSH)解决文本机械相似性的问题(一,基本原理) R语言实现︱局部敏感哈希算法(LSH)解决文本机械相似性的问题(二,textreuse...介绍) 机械相似性python版的四部曲: LSH︱python实现局部敏感随机投影森林——LSHForest/sklearn(一) LSH︱python实现局部敏感哈希——LSHash(二)...相似性python+opencv实现pHash算法+hamming距离(simhash)(三) LSH︱python实现MinHash-LSH及MinHash LSH Forest——datasketch...(四) 一、pHash跟simhash 1、simhash 可参考:Python基础教程-python实现simhash算法实例详细介绍 Simhash的算法简单的来说就是,从海量文本中快速搜索和已知...二、pHash算法python+opencv实现 参考自:opencv resize (C/C++/Python) 主要针对图像来进行解析。

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初学数据挖掘——相似性度量(一)

当然相似性度量远远不止这两种,http://www.chinaz.com/web/2011/1008/212684.shtml 在这里我找到了有关距离和相似性度量的一些算法。...我另外写出了“Jaccard相似度(狭义)”和“曼哈顿距离(城市街区距离)”相应代码,对了,相应的算法代码语言是Python2.7。...坐标系怎么和相似性度量扯上联系呢?我们不妨假设一个场景。...我们需要根据对电影的评分来判断小明和小红是否兴趣相投或者兴趣相似,这时就是相似性度量。我们把小明在坐标轴上设为A点,对3部电影的评分分别代表3个维度,同理小红则设为B点。...这时候我们计算他们之间的欧几里得距离,他们之间的距离越长,说明他们两个的相似性越低,反之,相似度则越高。所以,欧几里得距离——就是坐标轴上两点之间的距离。   二:皮尔逊相关系数。这个就直接甩公式了。

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初学数据挖掘——相似性度量(二)

这篇就来讲讲相似性算法在实际当中怎么用。第一:将指定的人与其他人作相似性比较,并从高到低进行排序;第二:对指定的人推荐未看过的电影。同样还是先给出具体分析,然后给出相应算法,再最后一起给出代码。   ...根据相似性从高到底排序。...其中涉及到Python的函数式编程,由于我也是才在学Python,所以在以后也会顺带解释相应的Python代码,topMatchs方法一共有四个参数,第一、二个参数是必传的参数,第三、四是选传的参数,如果不传入参数...这个算法比较简单,就是指定一人与每个人进行相似性度量,讲比较的结果存入一个list,然后进行排序、返回。   推荐未看过的电影。...“皮尔逊相关系数”,书中提到“选择不同的相似性度量方法,对结果的影响是微乎其微的”。

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RDKit:化合物相似性搜索

化合物相似性 化合物相似性在化学信息学和药物发现中具有悠久的历史,许多计算方法采用相似度测定来鉴定研究的新化合物。 分子相似性是许多虚拟筛选技术的理论基础。...分子相似性分析方法可以从整体上划分为全局方法和局部方法。局部相似性专注于分子拓扑结构上是否具有特定的官能团以及是否具有某些特定的对于分子识别至关重要的原子排布。...全局分子相似性总是与小分子的生物响应行为联系在一起,不断与生物活性紧密相关的分子特征做任何假设;但是,与生物活性无关特征被纳入考虑范围,无疑会对分子相似性评价产生负面影响。...基于分子相似性的虚拟筛选核心是“相似性假设”,这个假设首先由 Johnson 和 Maggiora提出,即结构类似的化合物具有类似的物化性质和生物活性,相似性方法在医药领域极具价值。...---- 本实例通过计算分子的Morgan指纹进行相似性比对。 ?

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