我想做一个类似circos的情节,只可视化SNP( SNPs属性有多个音轨)。它可以用python、R或者我很乐意考虑其他语言来完成。
到目前为止,我已经看了一个圆圈R包。然而,在初始化circos图时,我得到了错误"Range of the sector ('C') cannot be 0"。我认为这个错误是因为我有离散数据(SNP)而不是所有职位的数据。或者这可能是因为我有一些重复的数据点。
我在下面简化了我的数据,并展示了我迄今尝试过的代码:
Sample Gene Pos read_depth Freq
1 A 20394 43
我能够创建一个堆叠的条形图,如下所示:
library(circlize)
library(vegan) # for `reorder.hclust` (may be masked by the library `seriation`)
library(dendextend) # for `color_branches`
t=read.table(text="Kalmyk 0.119357 0.725057 0.000010 0.037803 0.117774
Kyrgyz_China 0.039367 0.512079 0.230150 0.095038 0.123366
Alta
我有一个乘客出行频率的数据集:
CountryOrigin -有40多个国家的名字
(印度、澳大利亚、中国、日本、巴丹、巴厘、新加坡)
CountryDestination -有40+国家名称(印度、澳大利亚、中国、日本、巴丹、巴厘、新加坡)
IND AUS CHI JAP BAT SING
IND 0 4 10 12 24 89
AUS 19 0 12 9 7 20
CHI 34 56 0 2 6 18
JAP 12
我试着用r库“圆圈”复制这个网站的图表。不幸的是,我有两个问题:
首先,我得到了对所有绘图区域(即Note: 1 point is out of plotting region in sector 'Mexico', track '1')的警告。我认为问题是在circos.text和circos.axis中,因为我和direction一起使用它们,这是一个不推荐的函数。但同样使用facing而不是direction,问题依然存在。所以我想我不明白这个警告的意思。你有什么提示可以帮我吗?
此外,在我的情节中,链接离片段很远。因此,我试图减少track.margin
我想用circlize初始化一个新的chord图,但我得到了一个错误,考虑到我输入的数据,这个错误似乎没有任何意义: Error: Since `xlim` is a matrix, it should have same number of rows as the length of the level of `sectors` and number of columns of 2. 我理解这个要求,但是当我尝试生成不同的图时,它对一些人来说是失败的,但对另一些人来说却不是。下面是相关的代码片段,以及一些用于调试的输出 dev.new()
我正在按照教程来制作circular plots in R。假设我有这样的数据集: set.seed(123)
mat1 = rbind(cbind(matrix(rnorm(50*5, mean = 1), nr = 50),
matrix(rnorm(50*5, mean = -1), nr = 50)),
cbind(matrix(rnorm(50*5, mean = -1), nr = 50),
matrix(rnorm(50*5, mean = 1), nr =
我有以下矩阵:
> circ_mat
N chr Y N LG1 N LG2 N PA N chr X N other
chr X 1546 128758 109464 71862 6926164 524087
PA 17415 140985 190831 7156005 145783 953412
chr 2 73977 157666 6588917 151092 137082 1027603
chr 1 17258 4552095 1414285 184986 70962 541434
chr Y
我正在尝试制作一个类似于基因表达图的圆形图。我发现R中的circlize包可以做到这一点,我正在尝试遵循这个
我设法做到: 6.创建绘图区域
但是当我输入的时候
circos.genomicPoints(Region, value, numeric.column = c(1,2))
我得到了这个错误:
Error in get.cell.meta.data("sector.index") :
Length of `sector.index` should only be 1.
当我输入的时候
circos.genomicLines(Region, value, numeric