R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。 R是一套完整的数据处理、计算和制图软件系统。...在R的安装程序中只包含了8个基础模块，其他外在模块可以通过CRAN获得。 R基本操作： 点开R语言就看到了如下操作界面，这也是我们和R语言内部算法交互的最主要途径。...1、 数组基本的操作： 1） 、查看数组---直接调用数组名回车； 2） 、按照下标获取数组元素---调用数组名+方括号+元素下标； 3）、查看数组长度（length()）； 4）、查看数组元素类型（mode...2）、取对角线(diag())、转置(t()) 3）、求逆(solve)、解线性方程组(solve)： 求特征值特征向量(eigen()) R语言的基本数据结构—数据框 数据框也是矩阵形式，但不同于一般的矩阵...R语言读取外部数据---文本数据： 逻辑循环控制： R语言支持for循环和while循环，两种循环结构上和通用编程语言类似，但有少数差异。
为什么选择 R 编程语言？ R 编程被用作机器学习、统计和数据分析的主要工具。R 可以轻松地创建对象、函数和包。 它是一种独立于平台的语言。这意味着它可以应用于所有操作系统。...R 编程语言的特点 R 的统计特征 基本统计：最常见的基本统计术语是均值、众数和中位数。这些都被称为“中央趋势措施”。所以使用 R 语言我们可以很容易地测量集中趋势。...R 编程语言适用于 GNU/Linux 和 Windows 操作系统。 R 编程是跨平台的，可以在任何操作系统上运行。 在 R 中，欢迎大家提供新的包、错误修复和代码增强。...R 的缺点 在 R 编程语言中，一些包的标准并不完美。 虽然，R 命令给内存管理带来的压力很小。所以 R 编程语言可能会消耗所有可用的内存。 基本上，在 R 中，如果某些东西不起作用，没有人会抱怨。...许多定量分析师使用 R 作为其编程工具。因此，它有助于数据导入和清理。 R 是最流行的语言。如此多的数据分析师和研究程序员使用它。因此，它被用作金融的基本工具。
1.1创建 在RStudio中新建progect，流程如下图 图片 1.2 新建脚本 file→new file→R Script 1.3 Rstudio基本界面设置 1.4 工作目录
用 R 基本包 在实际的数据分析中，分析者往往需要花费大量的精力在数据的准备上，将数据转换为分析所需要的形式。遗憾的是，大多数统计学教材很少涉及这一重要问题。整理数据是统计学的任务之一。...我们开始关注 R 中最常用的数据格式——数据框的基本操作。我们将首先使用基本包处理数据框。 先加载 epiDisplay 包里的一个小型数据集 Familydata。...调入搜索路径的数据框和加载的包都会被自动读入 R，并一直存放在内存中直至它们被移出（detach( )）。 使用函数 attach( ) 虽然会在输入代码时带来一些便利，但同时也会带来一些问题。...因此，有些 R 的使用者尽量避免使用函数 attach( )，而使用函数 with( )。...例如《R 语言医学数据分析实战》推荐的做法是： 在开启一个新的分析项目时，首先使用命令 rm(list = ls( )) 从 R 工作环境中清除所有对象； 在分析过程中用函数 detach( ) 将不再需要使用的数据框从搜索路径中移出
attach(mtcars) names(mtcars) # "mpg" "cyl" "disp" "hp" "drat" "wt" "qsec" ...
（RinaNutshell） R语言数据科学（R for data science） 高级R语言编程指南（ Advanced R） 这些书每看完一本，都会对R的特性有进一步的理解。...《R语言编程艺术》这本书是买的比较早的了，之前也泛泛地翻过，主要是对R的特点有个相对系统的理解。...《R语言数据科学》这本书像是哈德利·威克汉姆用自己定义的R语言在讲述这些知识点（哈德利·威克汉姆重新定义了很多），R语言核心技术手册又显得太厚了，让人像面对 R语言实战 一样，望而却步。...我觉得第七章是这本书的核心，这也许和目前我的水平有关：开始关注函数的实现与组织。这一章探讨了编程中的控制结构以及函数的实现，环境作用域等，函数编程的基本概念。...在这一章中，我们可以体会到用R语言和会编程其实是两件事。 像编程这样的书籍，读一遍是远不够的，因为我们系要理解的不是人类语言的部分，而是非人的代码部分，不仅要理解更是要能运用。
R语言绘图系统 除了统计分析之外，R语言还具有强大的数据可视化功能，这里面除了一些常用的基本函数如plot()，还有‘grid’、‘lattice’和‘ggplot2’等各种包。...在这里我主要介绍一些基本的绘图功能以及相关概念，方便大家后续自行学习其它绘图R包。 让我们先简单画一张图表！...#创建图表 ##使用R内置数据集‘mtcars’ attach(mtcars) #attach()函数可以使当前的操作对象都默认为mtcars这个数据集 plot(wt, mpg) #如果没有attach...这个其实很好理解，因为随着汽车的重量，其单位汽油所能跑的公里数基本是减少的。...plot()去查看plot函数的详细参数和功能 ； R语言绘图是一个庞大的体系，原则上可以画出任何图形，希望大家多去挖掘这个宝库。
前面宏基因组与R语言的笔记还未结束，又开始新坑啦，都是要继续的啦！ 1、跑分 直接是代码了。...# Debian系 sudo apt-cache r-cran-* sudo apt install r-cran-rgdal # Windows installr::install.rtools()...# 更新R update.packages(ask=FALSE) # 可以将以下放在Rprofile文件的.Last函数，方便使用： utils::update.packages(ask=FALSE)...3、R的启动参数 这些启动参数可以添加到R启动命令中, 可以加快R的加载。...R --vanilla 扫描二维码 获取更多精彩 公众号
数据类型：R支持的常见数据类型。...变量和赋值变量变量名命名规则:变量名可以包含字母、数字、下划线和句点(.)变量名必须以字母或者句点(.)开头；如果以句点(.)开头，则第二个字符不能为数字区分大小写，age与Age是两个变量名R语言中常见命名方法...对象与赋值对象在R中，一切皆对象，对象可以是原始的数据类型，例如数值、字符和逻辑等，也可以是复杂的数据结构，例如向量、矩阵、数组、列表和数据框等。此外，函数也是对象。...赋值R中可以使用<-或=符号来为变量赋值，其中<-最为常用，例如 ：x <- 10 或 name = "John"。...数据类型R语言支持处理多种数据类型，包括数值型（numeric）、整数型（integer）、字符型（character）、逻辑型（logical）、复数型（complex）和原始型（raw）数值型（numeric
今天给大家介绍一个可以读取pdf文件信息的R包pdftools。此包基于Poppler库（https://poppler.freedesktop.org/）进行解析pdf文件。...install.packages(“pdftools”) install.packages("tesseract") 接下来我们直接通过实例来看下包的相关功能： ##pdf文件的载入 pdf_file <- file.path(R.home...至此对pdf文档进行文本的提取过程基本完成。当然这里有一个漏洞那就是没有开发提取pdf中表格的功能，为此有团队开发了对应的包pdftables。
一、单个向量进行的操作1）赋值：x<-c() #规范的赋值符号，x=c() # 随意的赋值符号ps：⚠️注意事项： 不能使用函数名称/不能以数字开头/不能使用空格，“-”等特殊符号/最好不使用中文名称...unique() #去重复duplicate() #查看是否重复，返回TRUE或FALSEtable() #计算重复值个数sort() #排序，默认升序，降序 decreasing=T二、对两个向量的操作
Question: Subsetting a fasta file using seqinr in R library("seqinr") SeqinR - biological data handling...AnnotationBustR Tutorial This is a tutorial for using the R package AnnotationBustR.
研究中最常见的行为就是均值估计和对两组或多组实验值进行比较。 ## 1.单样本t检验 df <- c(4.33,4.6,3.89,4.1,4.78,4.64,4...
psych::describeBy 3 频数和列联表 table 一维计数 xtabs 多维（交叉）计数 gmodels::CrossTable #列联表 01 — 数据结构 严格来讲“数据结构”不是基本统计分析的内容...2.411000 # 1.5 doBy包和psych包 具体查看下方示例# 分组计算的扩展，doBy包和psych包提供了分组计算的描述性统计量的函数，doBy包中的summaryBy()函数使用的基本格式...1.00 8.00 7.00 1.05 1.26 0.29 分组计算的扩展，doBy包和psych包提供了分组计算的描述性统计量的函数，doBy包中的summaryBy()函数使用的基本格式
R主要面向统计计算，为数据科学家青睐，代码量一般不会很大，使用面向过程的编程方式就可以很好的完成编程任务。...而且还是有RStudio这样的交互操作集成开发环境，所以大部分的R语言用户对R语言是不是面向对象很是疑惑，虽然我们都知道在R中一切皆对象，比如Seurat对象。...在R语言的中文世界里，R语言面向对象编程的知识很少被提及，大部分的R语言书籍是偏应用的。有的话也散见于《R语言核心技术手册》《高级R语言编程指南》《R语言编程艺术》等，很少有专门来讲这一节的。...这与R语言的用户大多不是程序员不无关系，也与R语言的面向对象结构发展曲折有一定关系。在R中有四种面向对象结构。...但是正当我们苦于没有系统的R语言面向对象资料的时候，我们发现了这本在线书：R语言面向对象编程。里面有对这四种类型的详细介绍，而且还有可执行的实例代码，这无疑会加快一般用户对R语言面向对象的理解。
赋值 R 中的赋值与一般程序语言存在区别：使用 -< 而非 = 进行赋值。...两个向量操作 向量比较 identical 判断数据是否完全一致，包括类型与结构，只有完全相同才会返回TRUE（一模一样的东西）。...R 会利用循环补齐的思路帮我们补充短的内容。这点在paste 中也可以体现。...即将选择向量符合条件的子集部分，并对它们进行赋值，这两个操作的合并便是修改向量中指定的元素值。...R会尽可能转换为相同类型数据。如int + str 均会变为 str。
cbind(a,b) #添加行 total = rbind(a,b) #数据集取子集 d = head(airquality) #保留变量 d[,c(2,3)] d[c(2,3)] d[c("Solar.R"...names(d) %in% c("Solar.R", "Wind")] d$Solar.R = d$Wind = NULL #选入观测 d[which(d$Ozone==41),] #subset函数
#基本统计分析 #整体描述性统计分析，针对数值变量 attach(mtcars) opar = par(no.readnoly=TRUE) d = mtcars[c("mpg","hp","wt")]
R语言基本画图 一 图形的参数 1.R语言创建多个图形 方法一： 每次创建一副新图形之前打开一个新的图形窗口 dev.new() 画图 dev.new() 画图 …… 方法二： 通过图形用户界面。...2.R语言绘图 用来指定符号和线型的参数 pch 指定绘制点时使用的符号 cex 指定符号的大小。cex是一个数值，表示绘图符号相对于默认大小缩放的倍数。
描述性统计量 第一部分：使用R语言基本函数进行统计描述 R语言是为统计分析而生的，它提供了大量灵活而使用的统计功能，其中最基础的就是一些描述性统计量，主要包括求和、均值、最值、方差、标准差...下面我们将在R语言中逐一学习一遍： # 基本统计量示例 ##创建相关变量 a <- c(1,2,3,NA,5) # 创建变量a b <- c("red", "white", "red", "blue",...NA) # 创建变量b c <- c(TRUE,TRUE,TRUE,FALSE,TRUE) # 创建变量c mydata <- data.frame(a,b,c) # 利用以创建的变量构建数据框 ##基本统计量计算...，R语言还提供大量其它统计函数，例如： summary(a) ，它可以返回各个变量的最小值，最大值，25%分位数，中位数，75%分位数以及NA值的个数（它的计算是自动去除缺失值的） b <- c("red...第二部分：使用“psych”包进行统计描述 上面的例子都是使用R语言基本函数进行统计描述，实际上R语言里面还有一个很强大的统计包---“psych“，这个R包一开始是计量心理学（Psychometric
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