前些天被TCGA的终结新闻刷屏，但是一直比较忙，还没来得及仔细研读，但是笔记本躺着的一些TCGA教程快发霉了，借此契机好好整理一下吧，预计二十篇左右的笔记 ——jimmy 往期目录如下： 使用R语言的...img 细心的同学可以发现，本教程其实里面含有大量的外链，因为微信自身的限制没办法跳转，大家可以去生信技能树论坛查看，谢谢合作哦。...一个R包不仅仅是提供一个数据下载接口，更重要的是里面封装了一些便于使用的统计分析函数。...生信技能树GATK4系列教程 GATK4的gvcf流程 你以为的可能不是你以为的 新鲜出炉的GATK4培训教材全套PPT，赶快下载学习吧 曾老湿最新私已：GATK4实战教程 GATK4的CNV流程...WES的CNV探究-conifer软件使用 单个样本NGS数据如何做拷贝数变异分析呢 肿瘤配对样本用varscan 做cnv分析 使用cnvkit来对大批量wes样本找cnv
前些天被TCGA的终结新闻刷屏，但是一直比较忙，还没来得及仔细研读，但是笔记本躺着的一些TCGA教程快发霉了，借此契机好好整理一下吧，预计28篇教程！...——jimmy 往期目录如下： 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据 TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 ?...RTCGAToolbox里面： http://bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/RTCGAToolbox/man/RTCGAToolbox.pdf 这里就介绍如何使用....5l.aat0 ## tcga.5l.aat1 ## tcga.a1.a0sp ## tcga.a2.a04v...既然是broad的FireBrowse包装盒 那么你当然可以直接使用broad的FireBrowse工具咯，命令行版本哈！
下载TCGA所有癌症的maf文件计算TMB 下载TCGA所有癌症的maf文件做signature分析 TCGA计划的4个找somatic mutation的软件使用体验 但是限于时间和知识背景，虽然代码方面问题不大...今天和大家一起探索TCGA数据中胃癌突变的情况。 今天的探索分为两个部分： 1.Mutation 1）数据下载 目前TCGA突变分析的数据vcf格式数据是受限的，所以我们这应用maf文件进行分析。...直接去TCGA官网下载数据也不难，都很容易，并且工具都在添加一些新的功能，比如最近添加的CNV的分析，举一反三的看ICGC的应用方式几乎和TCGA的应用方式是一样的。...注意：TCGA直接下载的maf文件第16列即为样品名(例如：TCGA-FP-A4BE-11A-11D-A24F-08)，但是直接下载的临床数据的样本名(例：TCGA-FP-A4BE)是不同的，此处需要整理成一致后读入...渴望探索的小伙伴可以去TCGA的官网试试一样可以绘制出此图，点选即可。
GDC是Genomic Data Commons的缩写，是由美国国家癌症研究所NCI建立的一套癌症数据共享系统，整合包括TCGA在内的多个癌症数据库中的信息，提供了癌症数据的统一存储，管理，展示，将数据与世界范围内的癌症基因组学研究者共享...Foundation Medicine(FM) Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium(CPTAC) THe Cancer Genome Atlas(TCGA...当然，到目前为止，该数据库中最大的数据依然是来自TCGA的数据。 为了方便管理如果大量的数据，建立了一个统一的数据模型，如下所示 ?...最高层级为program,对应不同的数据来源，如TCGA, TARGET等；第二层为project, 代表一系列患者对应的；第三层为case,代表的是同一个患者的所有相关数据，包括SNV, CNV，基因表达谱等多种数据...点击project id可以查看summary信息，以TCGA-BRCA为例，示意如下 ? 2.
最近做培训时整理的一部分TCGA相关数据库的使用总结。在线数据库更新改版都比较快，使用时需要参照最新的线上数据教程。...本文包括了TCGA本站中数据的浏览、下载，尤其是TCGA改版后的功能介绍(增加了OncoGrid展示)，然后是cBioPortal，TCGA数据在线提供的分析类型最多的一个平台，再是FIREBROWSE...TCGA主站 ? TCGA分析了11,000个病人的33种肿瘤的7个不同层面的数据，共获得2.5 PB数据。 ? 意在解析癌症发生的分子接触、肿瘤的亚型和治疗靶点等。 ?...TCGA网站主要提供的是数据的浏览和下载功能，可以根据项目、个体、数据类型、肿瘤类型等筛选需要的数据，使用TCGA提供的工具下载，进一步分析。 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?...TCGA项目促成了不少的高水平文章，对这些文章的阅读是对癌症知识的学习，也可以很好的扩展研究思路。 ? 如果你需要帮助，WIKI是最好的伙伴。 ?
通过收集整理TCGA中不同肿瘤患者的生存数据和基因表达谱信息，OncoLnc提供了一个生存分析的web服务，对应文章的链接如下 https://peerj.com/articles/cs-67/ 网址如下...http://www.oncolnc.org/ OncoLnc收集了TCGA中21种肿瘤，共8647个病人的生存数据，以及对应的mRNA和miRNA的表达谱数据。...通过OncoLnc可以方便的进行TCGA数据的生存分析，快速的查看多种肿瘤中与生存相关的基因。
TCGAbiolinks是一个分析处理TCGA数据的R包，通过GDC API来查询和下载TCGA的数据，同时提供了差异分析，生存分析，富集分析等常见的分析功能，网址如下 http://bioconductor.org...这里分成了两个步骤，第一步从GDC下载原始数据，可以使用API或者gdc-clinet进行下载， API的速度相对快一点；第二步对原始数据的结果进行整理，从GDC下载的原始数据是每个文件单独分开的，需要先对结果进行整理
也是需要联网下载数据，但是可以使用 dry.run 控制是否真的下载，因为如果是下载甲基化信号值矩阵或者表达量矩阵，会耗时很长。...58 1 1355 TCGA-OR-A5J2 44 1 1677 TCGA-OR-A5J3...23 0 NA TCGA-OR-A5J4 23 1 423 TCGA-OR-A5J5...LIVING TCGA-A1-A0SE Positive Positive Negative LIVING TCGA-A1-A0SF Positive...如果ydata存的是肿瘤或者正常样品这样的属性，我们使用cv.glmHub来做分类模型构建，如果ydata存的是肿瘤生存信息，那么我们使用cv.glmHub来做生存分析的模型构建。
通常我们在挖掘TCGA数据库的时候，会发现该项目纳入的正常组织测序结果是非常少的，也就是说很多病人都不会有他的正常组织的转录组测序结果，比如说乳腺癌吧，1200个左右的转录组数据，其中1100左右都是肿瘤组织的测序数据...这个时候我们就需要想办法加大正常组织测序样本量，既然TCGA数据库没有，我们就从其他数据库着手。...更多的是关于这个数据库的网页使用介绍，我们生信工程师通常不需要，就不赘述了。...如果真的要把GTEx数据库的转录组表达矩阵和TCGA的进行比较，还需要一定程度的去除批次效应。 我以前在生信技能树多次讲解，这里也不再赘述。
cBioPortal整合了来自TCGA,CCLE以及几个独立的大型肿瘤研究项目的数据，构建了一个易于使用的网站，不需要有深厚的计算机功底，也可以通过该网站查询，分析，可视化肿瘤的相关结果。...针对该网站的使用，官方专门发布了对应的文章，链接如下 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4160307/ 该网站的网址如下 http://www.cbioportal.org...以下列study为例， Breast Invasive Carcinoma (TCGA, Cell 2015) 结果页面包含的内容如下 1.
长期更新列表： 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据（cBioPortal）TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 （离线打包版本）TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGAToolbox...包获取TCGA数据 （FireBrowse portal）TCGA的28篇教程- 批量下载TCGA所有数据 （ UCSC的 XENA）TCGA的28篇教程- 数据下载就到此为止吧TCGA的28篇教程-...指定癌症查看感兴趣基因的表达量TCGA的28篇教程- 对TCGA数据库的任意癌症中任意基因做生存分析TCGA的28篇教程-整理GDC下载的xml格式的临床资料 TCGA的28篇教程-风险因子关联图-一个价值...1000但是迟到的答案 TCGA的28篇教程-数据挖掘三板斧之ceRNA TCGA的28篇教程-所有癌症的突变全景图 TCGA计划进行到现在，科学家们于2018年一次性发表了27篇泛癌症研究相关文章，...使用limma包的removeBatchEffect来处理。
GDC的在线下载功能只适用于下载小的数据集，当需要下载数据量较大的TCGA数据时，必须借助于GDC官方提供的客户端工具gdc-client。...可以看到没有表头信息，而且每个样本是分开的，在实际使用中，我们通常需要整合到一张表中，得到一个行为基因，列为样本的基因表达量的表格。...UUID 第二种方式直接使用文件对应的uuid进行下载， 点击文件名称，可以看到UUID的信息，如下所示 ?
TCGA数据下载就易用性来说，RTCGA包应该更好用，且由于是已经下载好的数据，使用比较稳定。但是也由于是下载好的数据，不能保证数据都是全新的。...目前有两大类TCGA数据可供下载，一个是Legacy，主要是一些使用 GRCh37 (hg19) 和GRCh36 (hg18)的数据，另一个是harmonized数据，统一使用GRCh38 (hg38)...这两种的GDCquery的参数会有少许不同，这里主要以harmonized数据为主，下载TCGA-READ和TCGA-COAD项目的RNA-seq数据。...GDCdownload，由于TCGA的下载不是特别稳定，所以可以使用files.per.chunk定为一个值，几个文件打包为一个压缩文件来下载。...生存分析时根据基因的中位数将其分为High和Low，使用log-rank检验显著性，也可以使用cox回归。
TCGA （The Cancer Genome Atlas）作为目前超常用的癌症基因信息的数据库，有多种肿瘤的表达谱数据，变异信息（mutation，copy number），甲基化信息以及临床信息（人口学信息...TCGA数据下载方式有很多种，本次简单介绍自己喜欢用的方式-使用UCSC xena 网站进行下载。...1，Xena官网 浏览器中输入网址 http://xena.ucsc.edu/ ，下拉找到Explore TCGA, GDC, and other public cancer genomics resources...2，选择GDC，然后进入TCGA数据队列列表 ? 其他数据集可根据需要自行常看。 3，选择数据集 下拉选择需要的队列，此处以BRCA为例 ?...4，查看数据 点击 GDC TCGA Breast Cancer (BRCA) ，进入BRCA数据集，查看有哪些数据 ? 5，下载所需数据 选择对应的文件链接，点击即可。
长期更新列表： 视频讲解-R爬取生信软件列表到思维导图 生信技巧第二课-使用markdown记录和分享笔记 生信技巧第3课-请你务必学好R语言 broad官网出品的 必须神器 IGV 资料大全，含视频...TCGA的28篇教程往期目录如下： 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据 TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGAToolbox...包获取TCGA数据 （复制http://v.qq.com/x/page/v0666qu5y66.html这个链接在浏览器打开观看，当然，腾讯视频会给你看一分钟广告，而且需要自己选择超高清观看哦！！！）...http://v.qq.com/x/page/v0666qu5y66.html 背景知识 需要有服务器，或者linux系统电脑，或者熟练Windows 掌握基本shell脚本及命令 需要学会安装软件 了解TCGA...如果中国大陆下载缓慢，可以使用我们的网盘链接： https://share.weiyun.com/56URQ3a 数据处理，见后续课程 腾讯课堂观看该视频，获得更好的体验哦：https://ke.qq.com
引言 一般来讲，我们想要使用TCGA数据，大概有三种方法，一是直接从GDC官网或官方下载工具gdc-client下载文件后自行处理，二是使用数据库如UCSC Xena或Firehouse，三是使用TCGAbiolinks...图片 图片 图片 图片 图片 过程 下载 首先是更新最新版的 TCGAbiolinks 包, 我使用的办法是使用Clash获得本地代理后对 R session 进行代理流量转发, 而后直接运行 BiocManager...安装成功后，就可以开始使用了。...TCGAbiolinks:::getGDCprojects()$project_id %>% length() # [1] 74 如需获取TCGA癌症数据, 可以使用正则表达式获取开头带有 TCGA 的项目..."TCGA-CESC" "TCGA-PCPG" "TCGA-PAAD" "TCGA-MESO" "TCGA-TGCT" # [11] "TCGA-KIRP" "TCGA-UVM" "TCGA-UCS"
（4）使用TCGA-Assembler这个软件，需要能够直接在系统中调用Curl，对于我们使用Windows系统的童鞋来说，这也很简单，我们把TCGA-Assembler这个软件包解压后的curl.exe...（5）然后打开R软件，设置工作目录，直接使用代码：setwd(”E:/BioInfo/TCGA_Assembler") 来实现，输入这行代码后，可通过getwd()来获取当前工作目录，确认是否设置成功，...有关TCGA患者条码的信息，请参考https://wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/TCGA+barcode。..."TCGA-G5-6572", "TCGA-F5-6812", "TCGA-AF-2692", "TCGA-AG-4021")) # 获取所有膀胱尿路上皮癌(BLCA)患者样本的拷贝数数据。...-A13F", "TCGA-AO-A12B", "TCGA-AR-A1AP", "TCGA-AR-A1AQ","TCGA-AR-A1AS", "TCGA-AR-A1AV", "TCGA-AR-A1AW"
长期更新列表： 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据（cBioPortal）TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 （离线打包版本）TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGAToolbox...包获取TCGA数据 （FireBrowse portal）TCGA的28篇教程- 批量下载TCGA所有数据 （ UCSC的 XENA）TCGA的28篇教程- 数据下载就到此为止吧 TCGA的28篇教程...- 指定癌症查看感兴趣基因的表达量 本教程目录: 首先使用cgdsr获取表达数据集临床信息 临床资料解读 简单的KM生存分析 有分类的KM生存分析 根据基因表达量对样本进行分组做生存分析 cox生存分析...只需要记住和熟练使用三个函数： Surv：用于创建生存数据对象 survfit：创建KM生存曲线或是Cox调整生存曲线 survdiff：用于不同组的统计检验 首先使用cgdsr获取表达数据集临床信息...既然是要说明如何对任意癌症的任意基因做生存分析，那么我们首先需要理解cgdsr下载TCGA任意数据的用法(见之前的教程)，下面的例子是获取TCGA数据库的乳腺癌的BRCA1和BRCA2基因的表达，以及涉及到的病人的临床资料
coxph（）函数使用与lm（），glm（）等相同的语法。使用Surv（）创建的响应变量位于公式的左侧，用〜指定。 让我们使用常见的肺癌数据并对性别进行Cox回归分析。
gdc-client，官网地址：https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool，是由 GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA...坑一：Python 2 引发 parse 模块异常 使用 Python 2 安装： conda create -n Python2 python=2.7 source activate Python2...最后，CentOS 6 的正确解锁姿势 在 CentOS 6 中使用源码方式安装： conda create -n gdc python=3.7 source activate gdc git clone...2>&1 | tee -a install.log 最后，打开 GDC 的官方《Data Transfer Tool Command Line Documentation》文档，查看在命令下怎么使用...gdc-client 下载你想要的 TCGA 数据吧！
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