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vasp-vtst过渡态计算过程

——课题组概况 vasp-vtst计算过渡态 1935年,Eyring,Evans和Polanyi在统计热力学和量子力学的基础上提出了过渡态理论,可以通过基本物性(分子震动频率、质量、核间距等)计算反应速率常数...NEB方法:撒点,弹簧力 CL-NEB方法:其中一个点跑到势能面鞍点,即过渡态 vasp-vtst提供的NEB优化算法(IOPT参数) VASP计算过程 过渡态计算的收敛准则只与力相关,即设置EDIFFG...#通知VASP使用vtst计算; ICAHIN=0 #通知VASP使用vtst计算; IMAGES=7 #之前添加的图像数量N image number; IBRION =3...#specify that VASP does molecular dynamics; POTIM=0 #zero time step so that VASP does...not move the ions; 这里其实是抛弃VASP自带的优化,选用vtst的优化方法; IOPT=1 #LBFGS = Limited-memory Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno

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Python量子力学计算模拟以及数据可视化

熟悉数值算法(最优化方法,蒙特卡洛算法等)与并行化 算法(MPI,OpenMP等多线程以及多进程并行化)以及python优化方法,经常使用C++给python写扩展。...VASPy是一个纯Python编写的处理VASP文件数据以及进行数据快速可视化的库,基于OOP的思想提供了操作VASP文件的友好的接口,可以帮助使用者快速编写处理VASP相关文件的脚本,以提升效率。...VASP的全称是Vienna Ab-initio Simulation Package,是维也纳大学Hafner课题组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟的软件包,目前是材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商业软件之一...VASPy的GitHub地址:https://github.com/PytLab/VASPy VASPy的PyPI地址:https://pypi.python.org/pypi/vaspy/ 使用说明...目前本项目都是在作者工作需要的基础上不断对其功能和接口进行完善,但仍只是冰山一角,希望做计算模拟使用VASP的Pythoner们能不断参与进来,使其更加出色和高效。

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哪些领域将成为下半年的监管关注重点?

非法行为者——例如勒索软件攻击者和黑客——可以使用这些服务在不同的区块链之间进行洗钱。此外,通过跨链桥进行跨链的资金很容易受到黑客的攻击。...所以为了应对 DeFi 日益增加的风险,VASP 和金融机构应确保他们使用区块链分析功能来检测与 DeFi 混币器和跨链桥相关的风险。...例如,VASP 可以利用交易筛选解决方案来识别他们是否正在处理与 NFT 欺诈和盗窃相关的付款,还可以使用多币种取证工具对以太坊等加密资产中的支付进行深入分析,这些支付是否与非法使用 NFT 支持犯罪分子相关...旅行规则:打击逃避制裁和勒索软件的必要条件2018 年 10 月,FATF 开始呼吁各国将旅行规则(传统金融机构的长期合规要求)应用于 VASP。...利用区块链分析功能来识别与受制裁行为者、勒索软件团伙和其他非法行为者相关的非托管钱包。检测与非法使用 NFT 相关的交易。了解旅行规则解决方案,为合规做好准备。本文观点仅供参考,不构成投资建议。

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keepass软件使用

下载地址 windows 地址 iphone直接在应用商店下载minikeepass 安卓版本——>需要访问外国网站下载 安装使用 在存放到一个目录下,然后点击安装,并保存到一个目录下...然后将安装包里的“中文字体”——>放进文件中 这时选择keepass软件上的"view"——>选择Chinese ,然后并重新打开keepass 进入keepass软件主页面,点击“新建”...我们的所有密码都会加密然后封锁在这样一个数据库里,除非使用你的主密码和密钥文件,否则谁也打不开。 设置创建数据库的管理密码(很重要,需要记住) 这个管理密码很重要!很重要!!!...最后一项windows用户账号(不建议使用) 在创建好密码后,会进入这个界面 这里可以创建自己的分类组,添加自己的密码 在设置完密码之后,可以把新建为扩展名为kdbx的文件和秘钥文件保存到你的百度云盘中...,在换另外一台电脑的时候,可以直接下载,并使用 (PS:在复制账号和密码的时候,发现账号可直接能复制到该账号文件上,密码只能粘贴在文本上并再次粘贴到密码处)

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使用PyVibMS可视化分子和固体中的振动模式

以最常用的量化计算程序高斯为例,与之配套使用的GaussView软件可以很轻松地对振动分析 (freq) 计算结果进行可视化。...与之相关的VMD,是另一款比较流行分子可视化软件。 和其他计算化学程序不同的是,PyMOL以两种方式发行:一为通过薛定谔公司发布的商业版,二为由社区发布的开源版。...具体的使用方式请见下一节的实例。使用完成后,请点击PyVibMS窗口的Close按钮。 4....4.2 VASP计算单晶硅的振动分析 在对VASP计算的振动分析进行可视化之前,我们需要振动计算后得到的OUTCAR和CONTCAR文件 (见PyVibMS-master/examples/VASP/original-data...接着,回到PyVibMS界面后,将文件类型XYZ调成VASP 5.x。因为这个VASP输出文件既包含了PBC盒子的信息,又包含了振动模式的信息,我们勾选 Has PBC 和 Has Vib.

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FTP 软件使用教程

废话不多说,我们进入今天的主题:FTP 软件使用教程。 FTP 软件通俗来说就是你本地电脑和 vps(或者虚拟空间)之间数据传输的工具。...FTP 软件切记:不要从不知来源的网站,下载任何类似管理软件,避免有夹带木马病毒的情况。如果你实在拿不准就从度娘提供的下载使用吧,毕竟是经过百度安全认证的,可以放心使用。 ?...看上去四个区域挺复杂的,博主第一次使用 FTP 软件的时候也有点蒙圈,慢慢的用几次就熟悉了。 首先我们把 vps(或者虚拟空间)的 ip、FTP 的账号密码输入到软件中去。...FTP 软件使用就这些常用的操作步骤,其余的选项请不要随便改动,以免出错。目前最简单最容易上手的就是 8UFTP,是国人开发的,直接就是中文版,不存在汉化破解的问题,也是免费使用的。...其他的 FTP 软件相对来说比较的复杂,那么多功能我们也用不到。新手站长在使用这些工具软件的时候学会基本的上传下载操作就可以了,不需要面面俱到的把 ftp 软件吃透。

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开源软件是什么?开源软件怎么使用

现在我们使用软件的频率已经越来越高了,软件对于我们的生活也是越来越重要,对于开源软件,相信很多人都不太了解,因为在平常接触的并不多,下面我们对开源软件有一个简单的介绍。...开源软件它主要可以把软件的程序和源代码的文件组合在一起,然后提供给需要的用户,而用户是可以不受到任何限制的使用这个软件的功能,如果说有需要的话,用户也完全可以修改源代码。...在使用开源软件之前,我们也需要去了解关于它的原理,在掌握了它的原理之后,才建议在商业项目中进行使用。...此外,在使用开源软件的时候,是不建议改变源码的,我们可以在做的项目中,去引用开源的框架来进行扩展,一般来说,好的开源软件是可以进行扩展的, 在上面我们已经向大家介绍了开源软件是什么,如何去使用开源软件...,大家可以多去了解了解开源软件,这对于我们在使用软件的时候,将会有很大的帮助,多增加一些关于这方面的知识,绝对是有益处的。

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使用软件限制策略彻底禁止特定软件安装

相信很多人都有过给别人维护电脑的经历,那些被各种引导和后台安装的捆绑软件严重的影响了系统性能。对于这些电脑小白而言,卸载只是一时之计,过不久你会发现这些捆绑软件再次卷土重来。...为了一绝后患,reizhi建议大家使用软件限制策略彻底禁止特定软件安装。下面以360为例,简述操作方法。...1.在需要禁止的软件官网下载安装包,右键选属性>数字签名>查看证书>详细信息,点击复制到文件后一路下一步保存为1.cer 2....开始>运行,输入gpedit.msc回车,依次进入计算机配置>Windows设置>安全设置>软件策略。点击操作,创建软件限制策略,双击强制,选择强制证书规则,确定。...再次执行带有被禁止证书的软件,提示已经阻止无法运行。 需要注意的是部分软件公司旗下产品众多,可能采用了不同的数字证书,故需要分别予以阻止。

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ArcGIS软件的基本使用

ArcCatalog虽然作为一个独立的模块出现在了ArcGIS的软件体系里,但同时它也内置在了ArcMap和ArcSence和ArcGlobe中,使用内置的ArcCatalog更方便我们组织和管理我们的地理信息...学习ArcGIS软件应用似乎很简单,因为ArcGIS软件界面开发的很人性化,并且软件内置了很多帮助。当我们的鼠标悬停在相应的按钮时,帮助便会指引我们下一步该如何去做!...查看数据表   鼠标左键点选选中数据,鼠标右键打开右键菜单,打开属性表(也可以使用Ctrl+T活Ctrl+双击打开) 标题栏右键 数据表菜单 ArcToolbox的简单操作 ArcCatalog...在ArcCatalog中打开工具箱(推荐) 在标准工具栏中打开工具箱(比较卡) 查找工具   工具箱里的工具很多,即使开发者以为按需求分好了类,有时也很难找到相应的工具,这是我们就需要使用到搜索功能了...使用工具 双击工具按钮或者右键打开工具。 工具学习   看帮助,软件内置了很多的帮助,如果不熟悉某个工具如何使用,就查看帮助!!!

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chrony软件使用说明

1.1.1 chrony简介   Chrony是一个开源的自由软件,它能保持系统时钟与时钟服务器(NTP)同步,让时间保持精确。   ...chrony是CentOS7.x上自带的时间同步软件 1.1.2 chrony的操作 # yum install -y chrony -->安装服务 # systemctl start...log measurements statistics tracking 1.1.4 配置参数说明 参数 参数说明 server 该参数可以多次用于添加时钟服务器,必须以"server "格式使用...该指令强制chronyd在调整期大于某个阀值时步进调整系统时钟,但只有在因为chronyd启动时间超过指定限制(可使用负值来禁用限制),没有更多时钟更新时才生效 检查ntp源服务器状态1.1.5...1.2 说明   chrony与ntp都是时间同步软件   两个软件不能够同时开启,会出现时间冲突。建议配置ntp较为简单,使用方便。

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使用yara防御恶意软件

yara简介 yara是一个基于规则的恶意样本分析工具,旨在帮助蓝队或安全研究员防御和分析恶意软件,其官网地址为https://virustotal.github.io/yara/。...你可以使用yara基于文本或二进制来标记恶意软件家族来达到各种目的。 yara的安装也是十分的简单,如win下已有独立文件,下载使用即可。 ?...十六进制字符串: 在十六进制字符串中可以使用通配符表示,通配符为“?”....就是简单的三条url地址,然后使用or进行匹配,而这些url地址也可以使用pestudio来查看: ? 并不需要太多的逆向知识,除此之外vt也有相关的功能: ?...之前说过可以使用pe模块来标识文件的入口点,不过不是使用我们这里的地址,而是需要文件偏移: ?

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Nat. Comput. Sci. | 通过图神经网络快速评估有机分子在金属上的吸附能量

图1 模型与数据部分 密度函数理论:作者使用Vienna Ab-initio Simulation Package (VASP) 5.4.4进行了密度泛函理论(DFT)模拟。...核心电子使用波函数修正的伪势表示,价电子使用平面波展开,并设置了相应的截断能量。对于气相分子和吸附分子,分别进行了松弛计算和几何优化,以获得最稳定的结构。...然后,使用Open Babel生成FG数据集中分子的几何文件,并应用MMFF94力场。这些几何文件被转换为VASP POSCAR文件,表示以20埃的立方单元进行建模的分子。...通过VASP对这些结构进行松弛,并将松弛后的几何结构应用于其他金属表面。对于BM数据集,分子是手动构建的,并通过VASP进行吸附和松弛计算,包括气相分子。...节点级层使用ReLU作为激活函数。GAME-Net使用285,761个可训练参数进行训练,其中大部分参数集中在GMT汇聚层,其余参数在其他层中均匀分布。

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