比如，如果我们想要得到grDevices包的帮助文档，可以使用： > library(help="grDevices") 有些函数（尤其是Bioconductor中的函数）会包含至少一个指南文档（vignette...可以使用vignette命令来查看指南文档。...比如，查看affy包的指南文档： > vignette("affy") 想要查看已加载的所有包中的指南文档，可以使用下面命令： > vignette(all=FALSE) 想要查看已安装的所有包的指南文档...，使用： > vignette(all=TRUE) 最后介绍一下在实战中如何去搜索和学习一个 R 包： 打开浏览器，使用你自己最喜欢的搜索引擎 使用 CRAN 包名（优先）或Bioconductor
,'Spatial',vignette_library_matrix,vignette_deconv_mat,sigma = c(1,100,250))矩阵转Niche-DE#load counts matrixdata...("vignette_counts")#load coordinate matrixdata("vignette_coord")#load expression profile matrixdata("...vignette_library_matrix")#load deconvolution matrixdata("vignette_deconv_mat")#make Niche-DE objectNDE_obj...= CreateNicheDEObject(vignette_counts,vignette_coord, vignette_library_matrix...,vignette_deconv_mat, sigma = c(1,100,250))计算和划分Niche（Calculation of the
function) 自动运行该函数帮助文档中的例子 example(function) 展示一些包中 demostration demo("package") 有的包，特别是 bioconductor 的包有 vignette...，用函数查看 vignette('mypackage') 查看 vignette openVignette('mypackage') 搜索 R 网站上的 "helpinfor" 相关信息 RSiteSearch
当你不知道要选哪个包时候，果断选vignette最多的以及托管在github上的 ” 其实，大猫写这段的目的不是比较两种语言的support孰优孰劣，而是告诉大家在选择语言的时候，一定要选择well supported...在这里大猫的建议是：如果软件的文档写的非常好，比如SAS，那么多看看里面的example对于解决你的问题很有帮助，如果文档比较难懂，那我们还有其他方法—— 2）Introduction/vignette...对于R而言，就是那些vignette了，一般使用广泛的R包都拥有不止一篇的vignette，甚至还拥有自己的网站。...所以当你不知道要选哪个包时候，果断选vignette最多的以及托管在github上的，这至少说明这个包还拥有旺盛的生命力，许多人在用他。
handouts in the style of Edward Tufte tufte::tufte_book[18] - PDF books in the style of Edward Tufte html_vignette...[19] - R package vignette (HTML) github_document[20] - GitHub Flavored Markdown document 输出为md 格式 参考：...tufte-handouts.html [18]tufte::tufte_book: https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/tufte-handouts.html [19]html_vignette...: https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/r-package-vignette.html [20]github_document: https://rmarkdown.rstudio.com
setValue(croppedImage, forKey: kCIInputBackgroundImageKey) // 6 let vignette...= CIFilter(name: "CIVignette") vignette?....outputImage, forKey: kCIInputImageKey) vignette?....setValue(intensity * 2, forKey: "inputIntensity") vignette?....setValue(intensity * 30, forKey: "inputRadius") // 7 return (vignette?.
- re-building ‘FACETS.Rnw’ using Sweave Loading required package: pctGCdata Error: processing vignette...re-building ‘FACETS.Rnw’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘FACETS.Rnw’ Error: Vignette...status: 1, stdout + stderr (last 10 lines): E> Loading required package: pctGCdata E> Error: processing vignette...‘FACETS.Rnw’ E> E> SUMMARY: processing the following file failed: E> ‘FACETS.Rnw’ E> E> Error: Vignette
- re-building ‘FACETS.Rnw’ using Sweave Loading required package: pctGCdata Error: processing vignette...‘FACETS.Rnw’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘FACETS.Rnw’ Error: Vignette...status: 1, stdout + stderr (last 10 lines): E> Loading required package: pctGCdata E> Error: processing vignette...‘FACETS.Rnw’ E> E> SUMMARY: processing the following file failed: E> ‘FACETS.Rnw’ E> E> Error: Vignette
foo为关键词搜索在线文档和邮件列表存档 apropos(“foo,” mode=“function”) 列出名称中含有foo的所有可用函数 data() 列出当前已加载包中所含的所有可用示例数据集 vignette...() 列出当前已安装包中所有可用的vignette文档 vignette(“foo”) 为主题foo显示指定的vignette文档
setValue(croppedImage, forKey:kCIInputBackgroundImageKey) //6 合成输出上运行晕影滤镜(vignette filter)，使照片的边缘变暗...let vignette = CIFilter(name:"CIVignette") vignette?....outputImage, forKey:kCIInputImageKey) vignette?....setValue(intensity * 2, forKey:"inputIntensity") vignette?....setValue(intensity * 30, forKey:"inputRadius") //7 返回滤镜的输出 return vignette!.
javax.portlet.endCacheTok=com.vignette.cachetoken&javax.portlet.prp_ba847bafb2a2d782fcbb0710b053ce01=...wsrp-navigationalState%3DdocId%25253Demr_na-c02787254%25257CdocLocale%25253Dzh_CN&javax.portlet.begCacheTok=com.vignette.cachetoken
use_readme_rmd()/usethis::use_readme_md() NEWS - usethis::use_news_md() CITATION - usethis::use_citation() Vignette...- usethis::use_vignette() Pkgdown - usethis::use_pkgdown() and pkgdown::build_site() 自动集成 rlib/actions
flat Base 16 flat dark Base 16 camouflage chalk copper grape 2 ggsci install.packages("ggsci") vignette...scale_fill_aaas() + ggtitle("scale_fill_aaas()") grid.arrange(p1_aaas, p2_aaas, ncol = 2) 更多图片示例，请查看 vignette
= np.array(range_vignette) self.random_sign = random_sign def __call__(self, X, Y):...-w/2, w/2, w), np.linspace(-h/2, h/2, h)) x, y = np.abs(x), np.abs(y) # create the vignette...vignette = (x + y) / 2 * np.random.uniform(*self.range_vignette) vignette = np.tile(...vignette[..., None], [1, 1, 3]) sign = 2 * (np.random.random() < 0.5) * (self.random_sign) -...1 X = X * (1 + sign * vignette) return X, Y 镜头变形 最后，这是一种非常好的方法。
wsrp-navigationalState%3DdocId%253Demr_na-c01878920-1%257CdocLocale%253D%257CcalledBy%253D&javax.portlet.begCacheTok=com.vignette.cachetoken...&javax.portlet.endCacheTok=com.vignette.cachetoken 英文版 使用HP Smart Update Firmware DVD Version 9.30 http
有关在R中本地运行的更多详细信息，请参见此vignette中的ATAC数据部分。...我们遵循Signac包vignette中的加载说明。请注意，使用Signac时，请确保您使用的是最新版本的Bioconductor，因为用户在使用较旧的BioC版本时报告了错误。...inputdata.10x <- Read10X_h5("/brahms/hartmana/vignette_data/pbmc_cellranger_arc_2/pbmc_granulocyte_sorted...annotations) <- 'UCSC' genome(annotations) <- "hg38" # 包含ATAC每个片段信息的文件 frag.file <- "/brahms/hartmana/vignette_data
都在 https://ncborcherding.github.io/vignettes/vignette.html 基本上就需要大家根据这个文档慢慢的一步步复制粘贴代码去运行，才能体会 Interacting...（在 https://github.com/ncborcherding/scRepertoire/blob/master/vignettes/vignette.Rmd ） 但是这个rmd文件超级多内容，
mode的扩展，可以在每个点上发现两种以上的细胞类型，作为full mode的替代选项 每种模态都有一个对应的教程 今天先来学习Doublet mode: spatial transcriptomics vignette...在本教程中，我们的reference作为两个csv文件存储在' reference /Vignette '文件夹中: meta_data.csv：CSV文件(有3列，标题为“barcode”、“cluster...vary based on your file type # directory for the reference refdir <- system.file("extdata",'Reference/Vignette...====== 读取空间数据 # directory for sample Slide-seq dataset datadir <- system.file("extdata",'SpatialRNA/Vignette
这里解读一句话：For usage, please see the vignette at https://chr1swallace.github.io/coloc这个是很多初学者的噩梦，点来点去，又回来了...，个人认为，是作者放错了网址，如果需要vignette，使用这个地址https://cloud.r-project.org/web/packages/coloc/vignettes/vignette.html
安装以及代码实现：https://bioconductor.org/packages/release/data/experiment/vignettes/dorothea/inst/doc/single_cell_vignette
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