CNCB数据库（China National Center for Bioinformation）数据上传教程

CNCB（China National Center for Bioinformation，国家生物信息中心）

上部分教程

下部分教程

一、官方网址

https://www.cncb.ac.cn/

官网界面

二、注册用户

点击Login，进入注册界面，如果你找不到，那么直接进入这个网址：https://ngdc.cncb.ac.cn/gsub

点击注册Register

填写相关信息

如实填写即可(注：全部是英文填写，以及邮箱必须可以收到邮件，下一步需要验证)

点击Submit以后，邮箱信息需要等待2-5分钟左右，我开始一直没收到信息，以为是邮箱错误。

等待以后，你将收到以下信息（邮箱)，在24h内必须确认，否则视为无效、

三、登陆

OK，到这步你的注册就结束完成了，你可以登陆你的账号

登陆界面

四、上传数据

4.1 创建BioProject

4.1.1 创建

到这一步，你就可以创建你的BioProject文件，以及上传你的数据。

你可以查看BioProject教程

在这里，我们可以看一下，我们需要填写的信息，以及最终别人可以看到的信息，我随机找了一个数据样本，如下图所示：

提交数据

step one:

进入以后，得到如下界面

我们在这里，首先创建一个BioProject项目

进入BioProject，里面有帮助文档自己查看即可

点击新建BioPrject，在这里可以修改相关信息，系统默认是你注册时的信息，修改后点击保存 并进入下一步

接着需要填写提交者信息、基本信息、项目类型、出版信息等，总共五个步骤。

修改发布时间，最多只能延迟2年发布，这个得需要注意。

03 项目类型

05 概览 &提交

这里你可以看你的全部提交信息

点击提交：

提交以后的状态如上所示。

4.1.2 BioProject 发布和挂起

如用户需要提前发布BioProject信息 可 点击下图列表中 “立即发布Release Now））” 完成 提前释放（Status状态会变为 Checked OK Public）。此外，请注意当您BioProject关联的数据集发布后（包括GSA、GWH或是GVM数据集），与其关联的BioProject也将同时发布。

4.1.2 BioProject修改和删除

4.1.3 BioProject发布和挂起

-- 具体操作，请看教程：你可以查看BioProject教程

4.2 创建BioSample （多个生物学样本）

BioProject 是对研究项目的总体描述。一个BioProject可包含多个生物学样本（BioSample）

4.2.1 BioSample创建

查看生物样本数据库（BioSample）使用说明

点击创建新建BioSample

批量样本提交（Batch BioSamples）模式（推荐）

只要您一次性上传的样本数大于 1，建议您使用批量样本提交 Batch BioSamples

具体步骤如下：

•提交者信息 Submitter））—用于收集数据提交者信息 系统 会 帮您 自动 填入 用户注册时姓名和电子邮件信息， 如部分信息需要调整， 可直接修改并通过“ 保存并进入下一项（ Save and forward））”键完成修改。

在这里需要注意：在这里你有多个样本，选择批量样本提取，并且选择前面你创建的项目编号

•样本类型 Sample Type））—此页收集有关样本类型信息 。若 BioProject包含不同类型样本类型（ Sample type），您需要 进行 多次 创建 。

•样本属性

这里需要填写execl表格

Plant.cn

eg.例子

eg.Plant.cn

4.2.2 单样本的提交

单样本目前基本用不到，基本都会有重复。如需要请自行看帮助文档

4.3 提交GSA数据（原始RNA-seq)

你可以看GSA的帮助文档，我们可以直接根据帮助文档里面的教程上传数据。其实在帮助文档中已经有非常详细的教程了

根据信息依次填写，相关信息即可。

以下你需要填写相关的信息，我们在前面已经创建了BioProject和BioSample信息，在这里直接选择即可。

填写元数据信息

详情信息请自行查看，比较多，也比较繁琐。

GSA文件中需要进行两个文档的制作，Experiment和Run

eg.GSA_Template.cn

Experiment文件

注意：本部分具体你需要观看视频教程

MD5码：直接在linux中使用MD5软件生成。

md5sum

•通过

•文件的上传

如果这里你有IBM软件，可以打开该软件。

文件上传中给出3种上传方式.FTP, Aspera, web

我们使用FTP进行上传数据，下载桌面版

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•打开软件，点击文件-站点管理器，新建我的站点

•输入主机：ftp://submit.big.ac.cn

•用户名：Same as you login the BIG Sub

•密码：Same as you login the BIG Sub

•连接成功

•连接成功后，在主目录页面有4个文件GSA/GVM/GWH/OMIX，我们进入GSA文件即可，然后上传你的文件即可。

•上传成功以后，我们就点击保存并进入下一项

•这里可以浏览你的文件信息，如果无误后就可以点击提交

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上传速度