Innovation Webinar｜余光创：微生物组学数据管理与挖掘软件包MicrobiotaProcess

Fig.1 Poster | 讲座海报

Paper | 论文信息

#1

Title | 文章题目

MicrobiotaProcess: A comprehensive R package for deep mining microbiome

Fig.2 Graphical Abstract | 图文摘要

#2

DOI: Digital Object Identifier

https://doi.org/10.1016/j.xinn.2023.100388

#4

Citation | 引用信息

Xu S., Zhan L., Tang W., et al. (2022).MicrobiotaProcess: A comprehensive R package for deep mining microbiome. The Innovation. 4(2),100388.

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MicrobiotaProcess: 深度挖掘微生物组学数据的综合R包

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Abstract

微生物组学研究数据正在加速增长，但如何有效管理数据，使用灵活统一的可组合的语法快速有效地挖掘相关信息仍然困难。为此，我们设计开发了MicrobiotaProcess软件包。该包定义了一个综合的数据结构MPSE,可以更好地整合上游流程的输出数据以及下游的输出数据，从而有效地提高下游数据分析的整合与探索。并且围绕这一数据结构，我们基于tidy framework语法开发了一套简洁统一分析语法，帮助用户更为高效灵活地构建分析流程来探索数据。此外，基于这些设计，MicrobiotaProcess可以更好地与R社区中的其他软件包进行互通，进一步拓展了其分析能力。

Introduction of Speaker

余光创，南方医科大学基础医学院生物信息学系主任、教授、博导，专注于生物信息学方法工具开发及应用，在系统发育、组学数据分析和数据可视化上开发了多款广受同行认可的生物信息学工具。在The Innovation, Molecular Biology and Evolution, Methods in Ecology and Evolution, Briefings in Bioinformatics等国际学术期刊上发表论文40余篇，其中有9篇ESI高被引论文，他引频数超过2.9万次（来自google学术），连续三年（2020、2021、2022）入选爱思唯尔中国高被引学者。

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期刊简介

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The Innovation是一本由青年科学家与Cell Press于2020年共同创办的综合性英文学术期刊：向科学界展示鼓舞人心的跨学科发现，鼓励研究人员专注于科学的本质和自由探索的初心。作者来自全球54个国家；已被123个国家作者引用；每期1/5-1/3通讯作者来自海外。目前有196位编委会成员，来自21个国家；50%编委来自海外；包含1位诺贝尔奖获得者，35位各国院士；领域覆盖全部自然科学。The Innovation已被DOAJ，ADS，Scopus，PubMed，ESCI，INSPEC，EI等数据库收录。秉承“好文章，多宣传”理念，The Innovation在海内外各平台推广作者文章。

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