我就在这里,不离不弃
——A·May
R-82T-101
我是canvasXpress
May2018年2月23日
前几天在R中文社区看见的关于动态图的制作的canvasXpress包,可以说是一见钟情,这个包的优秀之处不用我多言,不用和shiny一样复杂的编码,就可以制作出相应的动态图。本人也尝试了下shiny包,发现,学起来还是在server的编码处有问题,所以,想转过头来学下这个包,不过遗憾的是并没有发现全中文的教学,比较好一点的还是’宏基因组’中刘永鑫老师在R中文社区的一篇文。总而言之,想要学习这个canvasXpress包,就要自己慢慢挖掘了。
引用刘永鑫老师的话:“CanvasXpress核心是一个Java语言编写的库,主要用于可重复 研究。在R中可以安装canvasXpress包,使用canvasXpress命令绘制各种各样的交互式图形,非常高效方便,实现如下数百种图形,令你的结果瞬间B格爆满。”
1.首次安装canvaxXpress
2.canvasXpress的帮助文件
2.1帮助文件
2.2 翻译内容仅供参考
3.canvasXpress的示例
canvasXpress包有一个官网,网址为https://canvasxpress.org/html/index.html, 复制网址用浏览器打开,或者百度搜索canvasXpress,手机打开的效果可能不会太好。官网首页的图,建议大家用chrome浏览器打开,里面的翻译成中文功能,还可以将动态图中的英文翻译为中文哦!
4. 比对示例研究参数
4.1 示例3D的散点图
处于分析的需要,我就不运行下面的示例,大家可以自己在Rstudio中运行。
y
quote="", row.names=1, fill=TRUE, check.names=FALSE, stringsAsFactors=FALSE)
# 读取分组信息
z
quote="", row.names=1, fill=TRUE, check.names=FALSE, stringsAsFactors=FALSE)
# 绘制三维散点图,主要参数为数据、分组、分组列、置信椭圆列、图表类型以及相关标签
canvasXpress(data = y,
varAnnot = z,
colorBy = "Species",
ellipseBy = "Species",
graphType = "Scatter3D",
title = "Iris Data Set",
xAxis = list("Sepal.Length"),
yAxis = list("Petal.Width"),
zAxis = list("Petal.Length"))
4.2 示例3D的散点图的分析
4.3 用鸢尾花数据做图
4.3.1 普通三维散点图
经过反复的实验,这里应注意这三个问题
data和var的数据格式问题。这个问题非常要命,如果你按照下面的编码写,m_data和m_varAnnot的格式虽然是数据框,但是实际上,data和m_varAnnot根本就匹配不到一起,这也是在官网案例中分开读取的必要性,所以这里必须保持数据的一致性。所以上面处理的时候用的是将两个数据都转为矩阵。
三维散点图的x/y/z轴只能展示三个变量,如果有4个变量,那么就取前三个变量
颜色标度一定要注意:colorBy=“Species”可以分出三组点,每组点不同颜色;colorBy=iris$Species和colorBy=m_varAnnot不能够分成三组,只是每个点一个颜色;不写颜色标度时,不能区分出颜色;
4.3.1 普通二维散点图
在这个图中,我并没有加入分组变量varannot,所以我也不用将数据转为矩阵的格式,直接作出散点图。
还有很多参数需要学习,明天见!
参考阅读
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