开源NGS可视化方案

我们总在抱怨在线的基因组浏览器不能方便的展示自己的数据,IGV性能不够好,不足以展示自己对NGS数据可视化需求。本人在github上收录了一些开源的解决方案,也许他们中总有一款能满足您的需求的。

https://github.com/ryanlayer/samplot

https://github.com/Zhong-Lab-UCS ... isualization-Engine

https://github.com/matted/genome_coverage_plotter

https://github.com/epam/NGB

https://github.com/yhwu/bamrdplot

https://github.com/statgen/locuszoom

https://github.com/RCollins13/CNView

https://github.com/cc2qe/cnvgram

另外几个R语言的几个工具 也很不错如ggbio,GenomeGraphs,Gviz等

以下是Gviz的几个示意图

SequenceTrack

AlignmentTrack

SplicingTrack

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  • 原文链接http://kuaibao.qq.com/s/20180225G12C2O00?refer=cp_1026
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