VASP实用教程：ASE

本文为由小强撰写的《VASP实用教程》第39篇，全系列约60篇，将在近期陆续更新。

今天给大家介绍一个基于python的程序库，名为Atomic Simulation Environment，简称ASE。ASE的优点明显，ASE 基于 Python 脚本语言，因此无需任何代码修改即可执行非常复杂的任务，是一个十分强大的工具。

首先我们来和大家分享一下安装方法。

安装ASE前必须安装的程序

Python 3.6 或更高版本

NumPy 1.11 或更高版本（基于N维阵列包）

SciPy 0.18 或更新版本（用于科学计算库）

推荐安装的程序

Matplotlib 2.0.0 或更新的版本

tkinter或者ase.gui

选择安装的程序

Ase.db Web界面的Flask

pytest 3.6.1 或更新的运行测试版本

pytest -xdist 1.22.1 或更新的并行运行测试版本

用于某些对称性相关要素的spglib

安装

使用pip安装

pip install --upgrade --user ase # 安装 ASE 的最简单方法是使用pip，它会自动从PyPI获取源代码

pip install --upgrade --user ase[test] # 运行测试

从源安装

Tar-file

tar -xf ase-3.20.1.tar.gz

ln -s ase-3.20.1 ase

# 最新稳定版本的ase，解压缩并建立软链接

Git clone

git clone -b 3.20.1 https://gitlab.com/ase/ase.git # 获取最新稳定版本

git clone https://gitlab.com/ase/ase.git # 开发版本

Pip

pip install --upgrade git+https://gitlab.com/ase/ase.git@master # 直接使用 pip 安装

环境变量

export PYTHONPATH=

:$PYTHONPATH

export PATH=

:$PATH

测试

ase test # takes 1 min. # 需要确保已经正确设置环境变量

在终端输入ase –version，显示版本即可。

这里和大家分享两个官网提供的简单的例子

1.计算氮分子在铜表面的吸附能

2.水分子结构优化