之前我写了shinyGEO,今天再给大家介绍一下 ScanGEO。
照惯例,先给出文章:
ScanGEO: parallel mining of high-throughput gene expression data
背景
以往分析 GEO 的工具都只能同时分析一个研究 (study) 或一个基因,比如我之前讲过的 shinyGEO 一次只能分析一个 study。但现实情况显然没有这么简单,有时候我们还需要分析与特定基因集相关的多个研究。因此,scanGEO 应运而生。
网页版:http://scangeo.dartmouth.edu/ScanGEO/
R 语言版:https://github.com/StantonLabDartmouth/AppScanGEO
示例
这里,我物种选择人类,搜索关键词选择『lung cancer』,共搜索到26个研究。此时『Significant Genes』和『Significant Studies』是没有信息的。
点击『KEGG Pathway』,选择『Cell Cycle』,选择选择与细胞循环通路相关的信息,如下图
然后点击『Scan』,选择显著性水平,最后点击『ScanGEO』,等待数分钟
3. 查看结果
点击『Significant Genes』,可以看到 Cell Cycle 通路中的某个基因在人类肺癌相关数据集中显著的次数。
点击『Significant Studies』,如下图所示。
总结
R 语言版本的我就不写了,网页版也挺好用的,就是网速不能太慢~~
另外,你也可以直接搜索某些基因,就是点击『Custom Genes』,然后输入感兴趣的基因或基因集。
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