菜鸟学绘图——手把手教你学ggplot2

最近在学ggplot2，小有心得，愣是没忍住想跟大家分享下。

要学习ggplot2，咱的思维得要大变，因为ggplot2无论是数据的输入格式还是作图的命令风格跟常规的R作图函数都有较大差别。

1、首先ggplot2的输入格式就跟咱们常见的数据有点不一样

假设我们要做个柱状图，常规R用的barplot输入格式是这个样子的一个二维矩阵，如我们要查看E1样品中Akkermansia这个菌的丰度，需要在第一行找到E1，然后在第一列找到Akkermansia，两者的交点即是我们所要找的丰度。

但是在ggplot2中，这个格式要变成这个样子

聪明的你肯定能看出来是发生了什么变化（怎么变成这样子的，其实就只需一条命令）。

同样我们要查看E1样品中Akkermansia这个菌的丰度，直接按行搜索即可（黄底）。你可以理解为，前面两列（Species 和Sample）分别是两个“坐标”，最后一列（Abundance）是其对应的值。

2 、其次是命令风格也不同，话不多说，直接看命令。

首先从百度云盘下载我们提供的示例数据（链接: https://pan.baidu.com/s/1c2WbLRU 密码: w3gt），将它放到你的R的当前工作目录，可通过在命令行输入getwd()查看你的工作目录，也可以通过下面的命令修改工作目录。

setwd("E:/R-work/ggplot2") ###修改R的工作目录，因为Spe_matrix.txt文件在此目录下

spe

spe

spe ###查看spe

###常规的barplot作图命令

par(mar=c(5,4,4,10))

barplot(spe,width=0.7,beside = TRUE,col=c("#0000ee","#9933cc","#009999","#ff0000","#ff9933"),legend=rownames(spe),args.legend = list(x="right",bty="n",inset=-0.4,cex=1))

####ggplot2作图命令

library(ggplot2)

library(reshape2)

data

colnames(data)

data ####查看转化后的数据

ggplot(data,aes(x=Sample,y=Abundance,fill=Species))+geom_bar(stat="identity",position="dodge")+ggtitle("Example")+theme()# ####ggplot()中包含的是作图的数据以及数据的映射，所谓映射简单理解就是，x、y轴分别对应哪一列数据，哪一列用来区分填充的颜色等；geom_bar()则指明作图形式，你是作要柱图还是点图；通过theme()可修改图中字体、坐标轴等元素的显示形式，此处采用默认形式。

为了作出更漂亮以及符合文章发表的图，我们需要对theme()作更精细的设置。我们对这幅图稍作分解，看theme()都可以调整哪些元素。

方框中对应的是显示的文本，紫色文字表示theme()可调整的部分元素的名称。如我们要将x和y轴以及标题字体变大，同时保证标题居中，然后给绘图区加上lightblue的背景，给legend区加上灰色背景。

ggplot(data,aes(x=Sample,y=Abundance,fill=Species))+geom_bar(stat="identity",position="dodge")+ggtitle("Example")+theme(axis.title.x=element_text(size=15),axis.title.y=element_text(size=15),plot.title=element_text(size=20,hjust=0.5),plot.background=element_rect(fill="lightblue"),legend.background=element_rect(fill="lightgrey"))

当然我们还可以修改柱子的颜色，去掉图中的灰色方格等等，这些我们会在后面介绍……

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