R语言社区检测算法可视化网络图：ggplot2绘制igraph对象分析物种相对丰度

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所以本文探索了一种在ggplot中创建igraph绘图的方法。

igraph图

首先，我带入数据，这是一个物种相对丰度的矩阵。列是物种，每行是一个观测值。下面是数据的浏览

head(data.wide)

加载igraph库并运行生成网络的前几个步骤

library(igraph)

all <- bipartite.projection(inc)

绘制这两幅图产生的图形还可以，但并不美观。

在ggplot中创建图形

首先让我们提取数据，产生左边的网络基本图。GGPLOT需要数据为数据框，所以提取数据并将其转换为数据框

左右滑动查看更多

01

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03

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species <- colnames(wide2)  ## 添加物种代码

df  ## 显示每个节点的x（V1）和y（V2）坐标。

现在我们有了图中所有节点的坐标，我们可以在ggplot中绘制了

library(ggplot2)

ggplot() +

geom_point( color="black") + # 在节点周围添加一个黑色的边框

geom_text( label=species ) + # 添加节点的标签

现在我们有了正确的节点，画出节点之间的连接。

get(obs)  # 使用函数获得边信息

df\[match(from, species)\] # 匹配之前连接的节点数据框架中的 from 位置。

gto <- all\[match(to, specie)\] # 匹配之前连接的节点数据框中的to位置

然后绘制

ggplot() +

geom_point(color="black") + # 在节点周围添加一个黑色的边

geom_text(label=species)) + # 添加节点的标签

让我们弄乱主题，删除网格线和轴标签等。

ggplot() +

geom_point(color="black") + # 在节点周围添加一个黑色的边

geom_text(label=species)) + # 添加节点的标签

axis.text.x = element_blank(), # 移除x轴文字

axis.text.y = element_blank(), #删除y轴文字

axis.ticks = element_blank(), # 删除轴的刻度线

axis.title.x = element_blank(), # 删除X轴标签

axis.title.y = element_blank(), # 删除y轴标签

panel.grid.major = element_blank(), #移除主要网格的标签

panel.grid.minor = element_blank(), #删除minor-grid标签

如果我们想把社区检测算法中的一些元素纳入右边的图中。我们可以把一个组中的元素变成红色，另一个组中的元素变成蓝色。组内的连接是一条实线，组间的连接是一条虚线。

data.frame(sp = names, g=membership) #创建一个物种和组成员的数据框架

g\[match( from, sp )\] # 在g数据框中为from和to节点匹配组成员资格

grp <-  group\[match( species, species)\] # 将组类型添加到节点数据框中。

ggplot() +

geom_segment(type=as.factor(type)),color="black") + # 添加线

geom_point(color="black") + # 在节点周围添加一个黑色的边界。

geom_text(label=species)) + # 添加节点的标签

theme_bw()+ # 使用ggplot的黑白主题

theme(

axis.text.x = element_blank(), # 移除x轴文字

axis.text.y = element_blank(), #删除y轴文字

axis.ticks = element_blank(), # 删除轴的刻度线

axis.title.x = element_blank(), # 删除X轴标签

axis.title.y = element_blank(), # 删除y轴标签

panel.grid.major = element_blank(), #移除主要网格的标签

panel.grid.minor = element_blank(), #删除minor-grid标签