植物研究，没你不行！

准备国自然基金时，研究人类疾病有Genecards和The Human Protein Atlas这样的航母级数据库可以用（准备国自然基金，这两个数据库好用到爆！），那么植物研究中有没有这样的数据库呢？答案当然是肯定的！

首先我们看一下TAIR在检索基因信息方面表现如何，我们试一个AP1

基因信息包括基因的别名、基因类型、基因描述、基因序列信息、染色体定位、功能注释、基因保守性等（下图是截取的部分结果）。

TAIR的搜索功能不仅仅局限于Gene，还包括代谢通路啦、文章啦，甚至还能进行“人肉搜索”，八卦你感兴趣的大牛或实验室，扒拉扒拉他们都干了些什么~

就能搜这些了？不不不，还有些好东西可以搜，比如Protocols、基因表达情况。

不得不说，它藏的有点好，幸好本宫早就练成了火眼金睛！

Protocols一般用TAIR提供的关键词搜索就够了，如果不行再试试上面的Search Term。

最后根据搜索结果查看相应的文献即可

查看基因的表达情况用Microarray Expression

搜索功能就介绍到这里，接下来说说TAIR中的工具。既然TAIR包含了完整的拟南芥基因信息，那自然少不了基因序列分析和比对的工具，比如BLAST、motif analysis、GBrowse等。

BLAST主要用于序列比对，之前介绍过一大波工具、数据库丢你一脸，GBrowse有点类似UCSC这是一个神奇的网站：UCSC Genome Brower

Motif analysis则是分析多个基因启动子序列中6字序列的出现频率

GO Term Enrichment可以提供包括拟南芥在内的9种植物的GO注释

AraCyc Metabolic Pathways中则能获取源于AraCyc数据的代谢通路信息。

Chromosome Map Tool可以让我们在染色体的图示上做一些简单的标注，比如我们想在染色体上把AP1标注出来

画图基本功好的童鞋请忽略此功能！

想了解TAIR的更新信息，最新功能什么的请点击这里：

最后顺手丢给你们两个查询植物转录因子的网站，接好不谢！

Expresso（http://bioinformatics.cs.vt.edu/expresso/）

从Gene搜转录因子请点击右边的GENES

数据可以直接下载，有Excel和Cytoscape的格式

网站自带了转录因子调控网络可视化的功能

下面是本宫自己下载它的数据用Cytoscape重建的网络图，大家自己体会~

最后的最后，说一下另外一个网站TRANSFAC（http://www.gene-regulation.com/pub/databases.html#transfac），这可能是目前最全的转录因子的数据库了，但是！它的收费版和免费版的功能差距有点大，免费版用的还是05年的数据，所以，有条件的童鞋可以用这个数据库，没有条件的就只好曲线救国，试试别的数据库了。

今天的数据库就介绍到这里，祝大家用餐愉快！

关注后获取《科研修炼手册》1、2、3、4、5，基金篇、生信特辑。