使用ucell来根据每个细胞的mark基因集来计算cluster细胞注释名称

使用ucell来根据每个细胞的marker基因集来计算cluster的细胞注释信息

我开发了一款本地电脑无限使用的零代码生信数据分析作软图神器电脑软件OmicsTools，欢迎大家使用OmicsTools进行生物医学科研数据分析和作图，该软件件能让大家在不需要任何编程和代码编写的基础上，分析次数没有限制，可以无限使用，让您在自己的电脑上快速进行大量的生信分析和加速大家的科学研究。

我开发的本地电脑无限使用无限分析作图的生信零代码一键分析电脑软件神器OmicsTools 软件在github上的zihaoxingstudy1/OmicsTools仓库 中，大家可以下载安装OmicsTools进行各种生信分析和可视化作图。

软件下载官方网址: https://github.com/zihaoxingstudy1/OmicsTools ，大家可以下载安装OmicsTools进行各种生信分析和可视化作图。

参数讲解

func_geneset__file: 各种类型细胞的marker基因集文件

func_gene__col: marker基因文件中的基因列名

func_set__name__col: marker基因文件中的细胞名称列名

func_cluster__col:聚类好的seurat对象的metadata中cluster列名

nested_function:是否嵌套函数

run_file_path:聚类好后的seurat对象文件

run_read_file:是否要读取文件

run_analysis_type_name:分析项目名称

run_add__res__dir:是否要新建一个res_dir存储结果文件

run_add_save_file_prefix:是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir:是否要在上级目录下创建结果目录

提交

给定的默认参数

func_geneset__file: D:/omics_tools/demo_data/Human_Kidney.txt ;

func_gene__col: Marker ; func_set__name__col: CellType ; func_cluster__col: cluster ; nested_function: TRUE ;

run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/res_dir/renal_cancer/GSE159115/5.cluster_cell/step5_cluster_cell_scRNAseq_groups_umap_tsne.rds ;

run_read_file: FALSE ;

run_analysis_type_name: sc_ucell_enrich ;

run_add__res__dir: TRUE ;

run_add_save_file_prefix: TRUE ;

run_add__parent__dir: TRUE

运行中显示的状态信息

执行中，请稍后, 运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data/res_dir/renal_cancer/GSE159115\sc_ucell_enrich; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data/res_dir/renal_cancer/GSE159115\sc_ucell_enrich\sc_ucell_enrich_last_final_run_res_log.csv

运行窗口截图

执行已完成显示的状态信息

执行已完成,运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data/res_dir/renal_cancer/GSE159115\sc_ucell_enrich; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data/res_dir/renal_cancer/GSE159115\sc_ucell_enrich\sc_ucell_enrich_last_final_run_res_log.csv

运行完成的结果文件

详细的视频教学教程讲解和运行参数及结果解读见下方的教学视频：

https://www.bilibili.com/video/BV1SC411J7PZ/