KEGG API 用法详解上篇

对于大多数的数据库而言,API接口可以方便的从数据库中检索数据。kegg 数据库的API 链接如下:

http://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html

API 其实就是一种约定号的URL 规则,通过特定的URL 返回不同的数据。kegg 的 API 的URL 构成如下:

http://rest.kegg.jp/operation/argument[/argument2[/argument3 …]]

前缀都是 , 接下来就是对应的操作,kegg 一共提供了以下7种操作:

info

list

find

get

conv

link

ddi

接下来详细看下每种操作的用法

info

主要用于展示每个数据库共有多少条记录的统计信息和于该数据相关的其他数据库,url 格式如下:

http://rest.kegg.jp/info/database

database = kegg | pathway | brite | module | ko | genome | genes | org | vg | ag | ligand | compound | glycan | reaction | rclass | enzyme | network |

variant | disease | drug | dgroup | environ

示例 : 查看pathway 数据库的基本信息

http://rest.kegg.jp/info/pathway

list

列出数据库中所有的记录,或者列出指定条目的记录

对于list 操作,共有3种不同的URL 格式

第一种,查看数据库中所有的记录

http://rest.kegg.jp/list/database

database = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound | glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | organism | medicus

示例:查看所有ko的信息

http://rest.kegg.jp/list/ko

第二种,只针对pathway和 module 数据库 ,查看特定物种的信息,格式如下

http://rest.kegg.jp/list/database/org

database = pathway | module

示例:查看human对应的所有pathway 信息

http://rest.kegg.jp/list/pathway/hsa

第三种,查看数据库中的某几条记录,使用数据库中的标识符进行查找,多个标识符用 链接,最多1个URL 中允许查找10个

http://rest.kegg.jp/list/dbentries

dbentries = Entries of the following database

database = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound | glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | medicus

示例:查看pathway 中 和 的信息

http://rest.kegg.jp/list/map00010+map00040

find

find 用于在数据库中根据关键词进行查找, 格式如下

http://rest.kegg.jp/find/database/query

database = pathway | brite | module | ko | genome | genes | org | vg | ag |

ligand | compound | glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | medicus

示例:根据关键词 和 查找相关的基因

http://rest.kegg.jp/find/genes/shiga+toxin

关于后面4种操作的用法,我们下一篇进行介绍,今天就到此为止。

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  • 原文链接http://kuaibao.qq.com/s/20180312G1U6L500?refer=cp_1026
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