Sentieon | 每周文献-Genetic Disease-第四十四期

遗传病系列文章-1

标题（英文）：A novel compound heterozygous BEST1 gene mutation in two siblings causing autosomal recessive bestrophinopathy

标题（中文）：两个姐弟中一种新型复合杂合 BEST1 基因突变导致常染色体隐性遗传性黄斑病

发表期刊：Research Square

作者单位：尼赫鲁医学院医院等

发表年份：2022

文章地址：https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-1322638/v1

图1 文献介绍

BEST1（或者 VMD2、RP50、BMD）基因位于染色体 11q12.3（基因组坐标：11:61,946,721-61,965,514）上，编码由 585 个氨基酸组成的跨膜五聚蛋白，主要在视网膜色素的基底外侧质膜中表达上皮细胞（RPE）。它充当钙激活氯离子通道 (CaCC)，响应细胞内钙水平调节氯离子和其他单价阴离子跨细胞膜的流动。该基因的突变与多种眼部表型相关，这些表型可能受到年龄、性别、环境、表观遗传因素和修饰基因的存在的影响，统称为黄斑病。ARB 可能是由于 RPE 中功能性 BEST1 蛋白完全缺失（无效表型）所致，不正确地定位到具有完整阴离子通道活性的细胞膜或者具体缺乏渠道活动。

与由常染色体显性 BEST1 突变引起的最佳卵黄样黄斑营养不良 (BVMD) 不同，常染色体隐性遗传性卵黄蛋白病 (ARB) 与BEST1 基因中的双等位基因突变有关。

在该研究中，研究者使用Sentieon软件进行胚系变异检测。

图2 Sentieon的作用

图3 患者家系图

图4

该研究分析了一个家庭中两个患有 ARB 的兄弟姐妹的遗传和临床特征。ARB的临床诊断基于临床观察和多模态视网膜成像，并通过基因检测进一步证实。外显子测序解释了姐弟中可能导致ARB的BEST1中的复合杂合突变。另外， 在BEST1 4号外显子上发现了新的错义突变(chr11:g61955783C>A)，之前尚未在ARB或者VMD患者中报道过。这种突变可能是致病性的，需要进行功能分析来进一步证明，并且需要筛选更大的群体进行验证。

遗传病系列文章-2

标题（英文）：Unifying comprehensive genomics and transcriptomics in individual cells to illuminate oncogenic and drug resistance mechanisms

标题（中文）：综合单个细胞的全面基因组学和转录组学，以阐明致癌和耐药机制

发表期刊：bioRxiv

作者单位：BioSkryb Genomics公司等

发表年份：2023

文章地址：https://doi.org/10.1101/2022.04.29.489440

图1 文献介绍

在缺乏潜在基因组贡献的情况下发现转录变异阻碍了对疾病分子机制的理解。为了评估单个细胞中的这种协调，研究者使用新的工作流程 ResolveOME，利用初级模板定向扩增 (PTA) 的属性，结合全转录 RNA 测序，对单核苷酸变异进行准确、完整的基因组评估。

在对 FLT3 抑制剂 quizartinib 耐药的培养 AML 细胞中，该研究发现了 FLT3 错义突变以及 AXL 信号转导和增强因子调节驱动耐药性的匹配转录上调。在原发性乳腺癌细胞中，检测到致癌 PIK3CA N345K 突变和异质性染色体丢失类别，并能够利用转录组中细胞身份和状态的关键知识来解释这些基因型。该研究增强了基因组的可塑性以及预期的转录调节，从而导致影响细胞进化的组合改变。

在该研究中，研究者使用Sentieon软件进行胚系变异检测。

图2 Sentieon的作用

图3 工作流程性能特征

图4 亲代个体与 quizartinib 耐药 AML 单细胞的基因组和转录组变化

每个“-omic”分子信息层都可以更好地全面定义肿瘤发生的分子机制。同时分析来自同一单个细胞的基因组和转录组数据的能力极大地增加了假定的耐药性和肿瘤发生机制的复杂性，并且代表了巨大的计算生物学挑战。随着工作流程的发展，这种情况只会随着额外的“-omic”层的添加而增加，包括确定蛋白质表达的性质，以允许合并类似 CITE-seq 的寡标记抗体。该研究提出的机制见解，具有新发现的能力，可以结合转录图谱准确评估单核苷酸基因组变异，从而帮助发现工作，从而产生新的财富和新一代的药理学靶点。

Sentieon软件介绍

Sentieon为完整的纯软件基因变异检测二级分析方案，其分析流程完全忠于BWA、GATK、MuTect2、STAR、Minimap2、Fgbio、picard等金标准的数学模型。在匹配开源流程分析结果的前提下，大幅提升WGS、WES、Panel、UMI、ctDNA、RNA等测序数据的分析效率和检出精度，并匹配目前全部第二代、三代测序平台。

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