fastq_pair过滤不成对的reads

现在NGS测序已经很便宜了，单测序一直以来都是按base数收费，导致目前Single End模式的测序提供商已很少出现，目前市场上大多都已是Pair End测序模式。

我们再来复习一下(illumina的文库结构吧)[

http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=198&highlight=GAIIx] 。在RNA-seq，miRNA-seq建库过程中，通常会有Reads测通，测到可能的3’end adapter序列，在这本人推荐(flexbar)[https://github.com/seqan/flexbar] 和(trimmomatic)[http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic] 两款软件。

然而有的时候，比如当我们用的是fastx-toolkit的fastx_clipper对read1 read2分别截取adapter处理的时候，有的read1/read2其中一条因为截取adapter序列之后 太短，或者这条序列的质量值过低而被整条过滤掉了，而另一条保留了。这种情况read1和read2的read 那么就不一一对应了。这时候 我推荐github上一个好用的工具，fastq_pair（https://github.com/linsalrob/fastq-pair）。他能将read1和read2中read name能配对上的成对的输出到两个文件，不能匹配上的输出到另外的 单端未匹配文件中。例如下面的例子将输出test_R1.fastq.paired.fq，test_R2.fastq.paired.fq，test_R1.fastq.single.fq，test_R2.fastq.single.fq。这样你后面的bwa/bowtie/tophat2/hisat2等都可顺利比对而不会报错了