ASTX660 (IAP antagonist, FBDD)

使用到优化策略：

1. 和已报道晶体结构进行叠合（形状匹配）；

2. 静电势（电性匹配）（有点像偶极-偶极相互作用）

a. Cpd7-P1到Cpd 17-P1（分子间）；

b. Cpd7-P2到Cpd 12-P2（分子内）；

3. 基于醚部分晶体结构解析不清晰确定优化方向（可以用之前

；跟B-factor有点类似）；

4. Shielding the hydrogen bond interaction from bulk water (Dehydron)；

想到一些其他可以用方法，但不确定是否有帮助：

a.

FTMap (能给出一些占据口袋的Fragments，但是如何连到现有骨架上可能是个问题）;

Watermap（能给口袋水分子能量信息）;

Ligand Designer ( 可以重现Cpd 27-P3的羟甲基设计)；

b. Mogul或者SeeSAR可以检查结合构象是否合理（文章多处用核磁来对比化合物的溶液低能构象 vs 结合构象）

之前的“

”推文也提到上述策略。

P1 DOI: 10.1021/acs.jmedchem.5b00706;

P2 DOI: 10.1021/acs.jmedchem.6b01877;

P3 DOI: 10.1021/acs.jmedchem.8b00900

*一起探讨，共同进步！*