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生信笔记第八期 PyMol的一般用法

摘要:本文主要介绍了PyMol软件的一般常用用法。

关键词:pymol、python、蛋白质结构

支持的数据类型

我个人认为,处理数据基本上都分三部分,输入——处理——输出。所谓输入,即我们常说的导入数据到软件里,或者叫做加载数据。

我们这款软件可以识别多种数据格式。下面给大家介绍几种最常见的:

导入方式

数据目前支持两种导入方法,一种是鼠标操作,也是我们最熟悉的windows下进行的;另外一种是命令行的,这种方式更加的快捷,能够直接从网站上下载下来。

windows

先从网站上下载好pdb文件,比如说porcine kidney fructose 1,6-bisphosphatase这个,然后直接看视频吧!

命令行

使用命令行就比较简单了,比如你知道某个蛋白质在网站上的id,比如1vgc,直接输入命令fetch 1vgc,如果已经下载下来了,你就可以使用加载命令,即load 1vgc.pdb,将数据加载进来。

最终我们可以看到,加载后出现的结果:

点击原文可以查看软件安装方法!

  • 发表于:
  • 原文链接http://kuaibao.qq.com/s/20180321A1S4OA00?refer=cp_1026
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