进击的基因组浏览器-JBrowse使用指南（上）

一、基本介绍

JBrowse （http://gmod.org/wiki/JBrowse）是和GBrowse具有同样功能的基因组浏览器，只是它是基于HTML5 JavaScript等前端技术通过AJAX界面来实现的，这样大部分的工作都能通过用户的浏览器来完成，就可以降低对服务器的性能要求，从而实现快速访问浏览基因组数据。具有如下特点：

--支持快速、平滑的滚动和缩放，能较快的浏览你的基因组数据

--支持Gb级别乃至Tb级别数据量，数据存储和呈现压力由后端服务器承载

--支持大多数基因组学常用格式（如GFF3、BED、FASTA、Wiggle、BigWig、BAM、VCF等其它格式）

--强大的后续支持，定期更新和维护（官网：http://jbrowse.org/），活跃的讨论社群（https://github.com/GMOD/jbrowse/issues），详细的使用文档（http://gmod.org/wiki/JBrowse_Configuration_Guide）

这些特点注定了JBrowse的不平凡，无论是JBrowse的前任GBrowse,还是NCBI的MapViewer和UCSC Genome Browser,从使用体验和技术维护等级角度已经都远远落后于上进的JBrowse，Youtubes的视频Evolution of jbrowse (Gource Visualization)（https://www.youtube.com/watch?v=FX6lTdTtcAI）表现了Jbrowse从2007年（图1）-2015年（图2）的发展历程和人员结构变化。

图1

图2

二、下载安装

下载地址：https://github.com/GMOD/jbrowse/releases 选取想要的版本

快速使用指南：http://jbrowse.org/code/JBrowse-1.13.1/docs/tutorial/，一般而言选最新版1.13.1：https://github.com/GMOD/jbrowse/releases/download/1.13.1-release/JBrowse-1.13.1.zip

注意：这边JBrowse的安装地址很重要，没有找对地址，是无法将JBrowse展现出来的

一般linux服务器的根目录为 /var/www ，安装了xampp的，根目录是会在/opt/lampp/htdocs下，当然这个根目录是可以在http.conf配置文件中进行修改

我这边安装了xampp,根目录就在/opt/lampp/htdocs，直接就在根目录下安装运行JBrowse

进入到 示例网站是这样的效果（图3），这边网址和上面的有些不同，是IP地址https://JBrowse-1.13.1/index.html?data=sample_data/json/volvox。IP地址就是你安装JBrowse的linux服务器的IP地址，可以用ifconfig查看， 一般第一个i网卡etho的地址，inet addr:这个后面跟的就是你需要的IP地址

图3

三、基本用法

在实际操作之前，还有几点注意事项，

--因为JBrowse可以同时建立多个物种的基因组浏览器，也是避免出错和方便，所以每个物种建立基因组浏览器之前都需要先建立单独的文件夹

--由于linux本地磁盘一般存储有限，一般只有几十G，而基因组数据量动辄上百G，所以数据我们一般放在存储磁盘中，通过软连接形式建立连接到特定数据文件夹

--初学者在更改基因组配置文件时，千万记得备份，特别是数据数量比较多的时候，以此避免出现麻烦

--通过bin/目录下命令导入轨迹时，--out是指定输出物种基因浏览器文件夹的，是必不可少的，同时参数内部不能出现空格

--每个物种的基因组浏览器的访问网址为：http://IP_address/JBrowse-1.13.1/index.html?data=DIR, DIR是物种文件夹

以下导入的数据类型，均可以在https://JBrowse-1.13.1/index.html?data=sample_data/json/volvox下看到具体效果

1、导入参考基因组

2、导入注释文件

3、导入BAM文件

BAM为了批量操作，通常在tracks.conf配置文件中写入。

实例：

4、VCF文件导入

同样也是直接在tracks.conf配置文件中写入。 但是VCF文件先需要做预处理

5、导入定量数据文件BW

定量文件即bw文件如何生成呢，需要一定软件的转换，如何进行转换以及更多高级JBrose 用法将会在下回进行讲解。