别人家的小哥哥开了一个Cytoscape插件的介绍连载系列, 欢迎小可爱们扫文末的二维码,留言给小哥哥提问 ฅ( ̳• ◡ • ̳)ฅ
本期介绍wikipathway
wikipath
分析通路神器之一,wikipathway也被插在了Cytoscope中。
MCODE
WikiPathways是一个开放式协同平台数据库,有大量可视化数据和生物学通路模型。任何人都可以成为WikiPathway的注册用户,注册用户可编辑更新中的数据。WikiPathways 数据库覆盖了主要基因、蛋白质、和代谢产物; 使用的可视化工具为PathVisio;基于BridgeDb框架,并在MediaWiki软件中使用内置链接。
上图这种效果PathVisio编辑器可以做出来,如果感兴趣可以到官网下载https://www.pathvisio.org/。(Kutmon et al. BMC Genomics 2014, 15:971)
插件wikipathway
Cytoscape里的wikipathway除了能做出上面的通路图,当然还有它的绝技网络图。我们以cell cycle通路为例进行讲解。先在APP manager里下载及安装wikipathway。
可能大家会发现APPS里面却没有显示wikipathway,不要急。我们点击file-import-network-public-databases。在Data Source里选择WikiPathways,它提供了多个物种可以选,我们选择Homo sapien,搜索cell cycle。
我们先点击Import as Pathway然后可以在此基础上对感兴趣的基因进行标注不同颜色(style-selected paint),也可以根据自己的需要进行一定的删减修改。此处重点——选择Import as Network,就会出现网络图。
我们可以在此基础上进行颜色及形状的修改
Wikipathway还有很多功能可以探索,欢迎大家一起分享。
Chris Lou的留言
随风的投稿第二弹,继续让我觉得不是一个人在战斗,也欢迎大家积极投稿分享知识,分享快乐,分享正能量与幸福。
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