从零到壹：Cytoscape插件 wikipathway篇

别人家的小哥哥开了一个Cytoscape插件的介绍连载系列， 欢迎小可爱们扫文末的二维码，留言给小哥哥提问 ฅ( ̳• ◡ • ̳)ฅ

本期介绍wikipathway

wikipath

分析通路神器之一，wikipathway也被插在了Cytoscope中。

MCODE

WikiPathways是一个开放式协同平台数据库，有大量可视化数据和生物学通路模型。任何人都可以成为WikiPathway的注册用户，注册用户可编辑更新中的数据。WikiPathways 数据库覆盖了主要基因、蛋白质、和代谢产物; 使用的可视化工具为PathVisio；基于BridgeDb框架，并在MediaWiki软件中使用内置链接。

上图这种效果PathVisio编辑器可以做出来，如果感兴趣可以到官网下载https://www.pathvisio.org/。(Kutmon et al. BMC Genomics 2014, 15:971)

插件wikipathway

Cytoscape里的wikipathway除了能做出上面的通路图，当然还有它的绝技网络图。我们以cell cycle通路为例进行讲解。先在APP manager里下载及安装wikipathway。

可能大家会发现APPS里面却没有显示wikipathway，不要急。我们点击file-import-network-public-databases。在Data Source里选择WikiPathways，它提供了多个物种可以选，我们选择Homo sapien，搜索cell cycle。

我们先点击Import as Pathway然后可以在此基础上对感兴趣的基因进行标注不同颜色（style-selected paint），也可以根据自己的需要进行一定的删减修改。此处重点——选择Import as Network，就会出现网络图。

我们可以在此基础上进行颜色及形状的修改

Wikipathway还有很多功能可以探索，欢迎大家一起分享。

Chris Lou的留言

随风的投稿第二弹，继续让我觉得不是一个人在战斗，也欢迎大家积极投稿分享知识，分享快乐，分享正能量与幸福。

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