「毅硕|生信教程」 micromamba：mamba的C++实现，超越conda

1 Micromamba 简介

大家是否有这样的经历，使用conda/anaconda进行环境配置的是否速度非常慢，进度经常卡在“Collecting package metadata”上。甚至有时候需要安装的软件比较多，或者需要用到conda-forge这个最大的channel，conda能一直卡在collecting步骤上直到http连接超时也没能处理完毕。直到有天小编发现了mamba这个工具，进而发现了micromamba（micromamba是mamba包管理器的小型版本，采用C++实现，具有mamba的核心功能，且体积更小，可以脱离conda独立运行，更易于部署），从此再也没有因为生信软件的安装配置而烦恼抓狂过。闲话少说，开始我们的教程。

2 Micromamba 教程

2.1 安装与配置

sh Miniconda3-py311_24.4.0-0-Linux-x86_64.sh

成功以后，~/.bashrc文件（其他sh则是其各自的rc文件路径）会有如下类似的内容

接着我们配置condarc文件，condarc文件路径可以是 ~/.condarc ，也可以是 conda base 环境下的 $CONDA_PREFIX/.condarc。一般情况下使用 ~/.condarc 即可。创建condarc文件

然后我们就可以在conda base环境下安装micromamba

conda install -n base micromamba

安装完毕后，执行

至此，miniconda和micromamba的配置就完成了。（小编的这种做法是为了能利用conda的api去调用micromamba配置的环境，所以就把MAMBA_ROOT_PREFIX变量设置成和conda base的$CONDA_PREFIX一样）

2.2 测试

开始测试

用micromamba进行搜索

micromamba search sentieon

运行神速，很快就得到结果了

然后我们可以创建环境并安装

micromamba create -n sentieon sentieon

# 出现 Confirm changes: 时，输入Y

非常快就创建好了，此时我们用conda activate切换环境。

conda activate sentieon

2.3 结尾关于sentieon

Sentieon软件团队拥有丰富的软件开发及算法优化工程经验，致力于解决生物数据分析中的速度与准确度瓶颈，为来自于分子诊断、药物研发、临床医疗、人群队列、动植物等多个领域的合作伙伴提供高效精准的软件解决方案，共同推动基因技术的发展。截至2023年3月份，Sentieon已经在全球范围内为1300+用户提供服务，被世界一级影响因子刊物如NEJM、Cell、Nature等广泛引用，引用次数超过700篇。此外，Sentieon连续数年摘得了Precision FDA、Dream Challenges等多个权威评比的桂冠，在业内获得广泛认可。