去接头

前几天电脑坏了，中间几天狂加班，后几天偷个懒。所以一直没有更新。

今天说去除接头。用到的软件是trimmomatic。conda中安装后命令中不用带java -jar要是别的安装方法，报错的话在命令最前端加上java -jar这条命令。

首先cd进入fastq文件所在目录

然后输入一长串的命令

代码如下

> for filename in *_1.fastq; do

> base=$(basename $filename _1.fastq)

> echo $base

> trimmomatic PE -threads 4 -phred33 $_1.fastq $_2.fastq ~/biodata/example1/clean/$_1_clean_paired.fq ~/biodata/example1/clean/$_1_clean_unpaired.fq ~/biodata/example1/clean/$_2_clean_paired.fq ~/biodata/example1/clean/$_2_clean_unpaired.fq ILLUMINACLIP:/home/ping/miniconda3/share/trimmomatic-0.36-5/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

解释一下

~/biodata/example1/clean/$_1_clean_paired.fq ~/biodata/example1/clean/$_1_clean_unpaired.fq ~/biodata/example1/clean/$_2_clean_paired.fq ~/biodata/example1/clean/$_2_clean_unpaired.fq

这四条是输出文件的位置，输出后就是干净文件了，然后在做个qc看看。

ILLUMINACLIP:/home/ping/miniconda3/share/trimmomatic-0.36-5/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

这个是去接头文件的位置，里面包括接头文件，还有去除低质量序列的条件。这个用哪个，条件去除低质量序列，我还真是看的头大，公说公有理婆说婆有理。等回头再总结一个。

程序运行后如下：

没报错，可以用，很快就完了，我们的数据本来就很干净了，所以好多都是0，我的低质量过滤条件应该和之前的不同，还是过滤掉一些的。结果就是这样的

后续我们就用clean数据进行了，当然，我们这个例子就不用clean data了。

顺便一说，这个过滤软件多的很，这个软件似乎只针对illumina结果。其实现在影响不大了，别的二代平台基本都差不过歇菜了。

少写点，偷个懒。先把python学明白。