Blast本地化快速上手教程

NCBI

（*图片来自NCBI官网）

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官方文档：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/

NCBI使用指南

步骤

01

下载库文件

使用BLAST+自带的update_blastdb.pl脚本下载nr和nt等库文件，直接运行下列命令即可自动下载，或者fasta手动格式化数据库。

02

格式化数据库

示例：makeblastdb -indemo.fasta-dbtype prot -parse_seqids -outdbname

参数说明:

-in：待格式化的序列文件

-dbtype：数据库类型，prot或nucl

-out：数据库名

03

序列比对

蛋白序列比对蛋白数据库（blastp）

blastp -query demo.fasta -outdemo.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

参数说明:

-query： 输入文件路径及文件名

-out：输出文件路径及文件名

-db：格式化了的数据库路径及数据库名

-outfmt：输出文件格式，总共有12种格式

-evalue：设置输出结果的e-value值

-num_descriptions：tabular格式输出结果的条数

-num_threads：线程数

核酸序列比对核酸数据库（blastn、blastx）

blastn -query demo.fasta -outdemo.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

blastx -query demo.fasta -outdemo.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

参数说明:

-query： 输入文件路径及文件名

-out：输出文件路径及文件名

-db：格式化了的数据库路径及数据库名

-outfmt：输出文件格式，总共有12种格式

-evalue：设置输出结果的e-value值

-num_descriptions：tabular格式输出结果的条数

-num_threads：线程数

04

参考资料

1.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/

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