生物信息-python 编程实例（7）

上一个小程序简单地演示了下用python 解析 xml 文件，今天，我们再稍微详细了解一下xml。xml 有三个特点：

1. XML 是可扩展的标记语言（eXtensibleMarkupLanguage）。

2. XML 被设计用来传输和存储数据。

3. XML 很重要，也很容易学习。

正因此3点，所以是VIP。因为是VIP，所以，很多很多时候，我们可以见到生信相关的文件以 xml 格式保存和传输，所以，我们要学习。

我们的样例文件来源于大名鼎鼎的 clinicaltrials。

请按标识自行下载 ：

学用python 解析xml文件之前，请先了解xml文件格式、语法等，如何了解，请搜索。简单了解就够。知道xml文件是以树形结构存储的，知道关于xml文件的根，元素、节点，子节点，子孙节点，父节点，元素属性的基本概念就可以了。

就python而言，常用的大概有3，5个包用来解析xml文件。python 有一个elementtree 模块，用它解析xml文件，又快又好又简单，好学好用！值得尝试！其他的包，如果 ， 您不知道，那就不要学了，就算了，因为学这个，够用了！

importxml.etree.和asET

# 导入包

tree = ET.parse('NCT00001372.xml')

#解析文件

root = tree.getroot()

#得到root

forchildinroot.iter():

# 从根开始迭代

#打印出每一个下级 child 的 tag , 属性，文本。

简易的例子就是这样，呵呵。

当然 真正做项目时，肯定不是只打印出来看看，一般都是批量解析xml文件，而是找出自己需要的内容，保存于文件，以方便后续分析和使用。

例子是解析一个xml文件，想要解析多个文件的话，请读者自行下载 上图红色箭头下面的

Download Multiple Records in XML

是个zip 压缩文件，有50多M，不算大，但是，由于网络问题，下载有点儿不快，解压后可以得到一群 xml 文件，请根据自学的 xml 格式姿势和elementtree 姿势，自己想个需求，学着练练。相信我，学会解析 xml 文件，很有用！

请记住，找出需求的内容，保存于文件， 编程，就是要多练，多想！

今天的分享就到这里了，希望对您有所帮助，感谢你的阅读。

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本文结束后的话： 我们的公众号叫生物信息学分析， 旨在分享生物信息学各个方面的知识和技能。可是，如您所见，至今，文章内容都是 python 编程相关的东西。后台有人问我什么时候开始搞点儿生信相关的文章。并不是我不打算写生信相关的文章，而是，根据我的经验（相信大家也知道），做生信分析，编程是非常重要，非常重要的技能之一，看清楚，之一。并且，多数做生信分析项目的研究生的计算机知识相对较弱，对不少人来说，编程是一个槛儿， So, 我觉得，先打好编程基础，可能对生信入门学习效果更好些。（相信俺，俺的水平虽然不高，但，也绝对不是，仅仅停留在在linux服务器上安装某个软件、搭建某个流程的水平上）。

最后，提醒一点儿，如果为了做生信分析，我们不需要成为编程高手、专家。当然，水平越高越好！ （感觉这话有点儿怪，反正意思就这么个意思）。