GATK官方推荐的workflow语言-WDL

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在的中，不再像以前那样给出每个步骤对应的代码，而是直接给出了官方使用的pipeline。这些采用进行编写。

是一种流程编写语言，没有太多复杂的逻辑和语法，入门简单。首先看一个的例子

对于一个脚本而言，有以下5个核心结构

workflow

task

call

command

output

每个脚本包含1个， 由多个构成。 在中，通过调用对应的。每个在代码块之外单独定义。

代表任务，读取输入文件，执行相应命令，然后输出。中对应的就是执行的命令，比如一条具体的gatk的命令， 指定的输出值。可以将理解为编程语言中的函数，每个函数读取输入的参数，执行代码，然后返回，对应执行的具体代码，对应返回值。

在中，也是可以传递参数的。和中的写法不同

1. task 中的参数

下面的示意图中，task 有3个输入的参数，文件类型的， 和字符串类型的。 在中，通过这种格式访问变量的值

2. workflow 中的参数

下面的示意图中， 有3个参数，文件类型的， 和字符串类型的。传递这3个参数给时，直接传变量名就可以了。

作为流程管理语言，需要对多个统一管理。task之间具有多种关系

1. 一对一的依赖关系

前一个的输出，作为后一个的输入

示例如下

一个的多个输出作为下一个的输入

示例如下：

2. 多对多的依赖关系

一个的输出作为多个的输入，或者多个的输出作为1个的输入

示例如下：

3. 平行关系

多个之间完全平行，可以并行执行

示例如下：

和函数还是有一定的区别，函数可以在代码中多次调用，但是多次调用会有风险。下面的示意图中，stepA 运行两次，一次作为stepB的输入，一次作为stepC的输入。如果stepA的两次调用并行执行，当执行完之后，在传递给下一个task时，由于存在两个同名的stepA, stepB和stepC 就会无法正确接受参数。

中提供了解决方案，叫做, 为起一个别名，示例如下

在WDL脚本中, 理论上每个 只可以调用1次，如果希望多次调用，必须借助。

掌握以上几点，就可以理解一个脚本的整体框架了。在实际使用中，我们只要能理解整个的流向，会使用脚本就可以了。

运行脚本，需要两个文件