微生物的抗性及毒性基因的研究,是微生物基因的研究中的最具应用价值及实际意义的一项研究,目前我们常用方法大多是依赖于相关抗性毒性基因数据库。抗性基因数据库(Antibiotic Resistance Genes Database,ARDB)和毒力因子数据库(virulence Factors Database, VFDB)是目前较常见的微生物抗性毒性基因研究的数据库。下面我们就简单介绍下这两个数据库。
一
抗性基因数据库ARDB
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ARDB的建立过程
第一步,基于NCBI的蛋白序列获得抗性基因的代表序列;
第二步,根据代表序列去查找相似序列(相似度阈值80%);
第三步,对上一步获得的序列进行合并去冗余和清洗;
第四步,基于CDD,COG,Gene Ontology和物种信息对序列进行注释;
第五步,对序列进行分组,并基于KEGG DRUG, PubChem, PubMed MeSH database and the Chemical Entities of Biological Interest ontology等数据库添加序列的抗性机理等信息;
截止发稿日期,该数据库包含,ARDB contains resistance information for 23137 genes, 380 types, 249 antibiotics, 632 genomes, 1737 species ,267 genera and 2881 vectors and plasmids。
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ARDB数据库的使用
该数据自带了一个注释工具ardbAnno,目前版本1.0,直接运行ardbAnno.pl即可完成注释;
二
毒力因子数据库
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VFDB数据库简介
毒力因子(Virulence factor,VFs)指由细菌,病毒,真菌等代谢产生的带有侵袭力和毒素等毒力性质的分子,主要用于微生物感染宿主时,通过抑制或逃避宿主的免疫反应等出入宿主组织细胞,并从宿主获得营养及自身增殖生长的目的。毒力因子可编码在可移动遗传元件(比如质粒、基因岛、噬菌体等)上并进行水平基因转移(传播),使无害细菌变成危险的病原菌,所以在鉴定毒力因子时一般会考虑基因岛、分泌蛋白等。
病原菌毒力因子数据库 VFDB 由中国医学科学院研发,收集整理了24个属100多种重要医学病原菌已知毒力因子的组成、结构、功能、致病机理、毒力岛、序列和基因组信息等内容,被广泛应用于毒力因子基因鉴定。
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VFDB数据库使用
官网地址:http://www.mgc.ac.cn/VFs/
在官网下载数据库时,带有setA 的库为VFDB数据库核心库(set A),而setB为全库(setB), 其中setA仅包含经实验验证过的毒力基因,而setB则在setA的基础上增加了预测的毒力基因,选择好数据库后,直接用blast即可完成注释。
参考文献:
Liu B, Pop M. ARDB-Antibiotic Resistance Genes Database. Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D443-7
本期的数据库部分就为大家介绍到这里了,下期将为大家带来STAMP可视化软件的使用,感兴趣的童鞋们千万不要错过哦!
协云基因
供稿人:微生物事业部 韩娜
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