抗性毒性基因数据库——ARDB和VFDB

微生物的抗性及毒性基因的研究，是微生物基因的研究中的最具应用价值及实际意义的一项研究，目前我们常用方法大多是依赖于相关抗性毒性基因数据库。抗性基因数据库（Antibiotic Resistance Genes Database，ARDB）和毒力因子数据库（virulence Factors Database, VFDB）是目前较常见的微生物抗性毒性基因研究的数据库。下面我们就简单介绍下这两个数据库。

一

抗性基因数据库ARDB

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ARDB的建立过程

第一步，基于NCBI的蛋白序列获得抗性基因的代表序列；

第二步，根据代表序列去查找相似序列（相似度阈值80%）；

第三步，对上一步获得的序列进行合并去冗余和清洗；

第四步，基于CDD,COG,Gene Ontology和物种信息对序列进行注释；

第五步，对序列进行分组，并基于KEGG DRUG, PubChem, PubMed MeSH database and the Chemical Entities of Biological Interest ontology等数据库添加序列的抗性机理等信息；

截止发稿日期，该数据库包含，ARDB contains resistance information for 23137 genes, 380 types, 249 antibiotics, 632 genomes, 1737 species ，267 genera and 2881 vectors and plasmids。

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ARDB数据库的使用

该数据自带了一个注释工具ardbAnno，目前版本1.0，直接运行ardbAnno.pl即可完成注释；

二

毒力因子数据库

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VFDB数据库简介

毒力因子（Virulence factor，VFs）指由细菌，病毒，真菌等代谢产生的带有侵袭力和毒素等毒力性质的分子，主要用于微生物感染宿主时，通过抑制或逃避宿主的免疫反应等出入宿主组织细胞，并从宿主获得营养及自身增殖生长的目的。毒力因子可编码在可移动遗传元件（比如质粒、基因岛、噬菌体等）上并进行水平基因转移（传播），使无害细菌变成危险的病原菌，所以在鉴定毒力因子时一般会考虑基因岛、分泌蛋白等。

病原菌毒力因子数据库 VFDB 由中国医学科学院研发，收集整理了24个属100多种重要医学病原菌已知毒力因子的组成、结构、功能、致病机理、毒力岛、序列和基因组信息等内容，被广泛应用于毒力因子基因鉴定。

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VFDB数据库使用

官网地址：http://www.mgc.ac.cn/VFs/

在官网下载数据库时，带有setA 的库为VFDB数据库核心库(set A)，而setB为全库(setB), 其中setA仅包含经实验验证过的毒力基因，而setB则在setA的基础上增加了预测的毒力基因，选择好数据库后，直接用blast即可完成注释。

参考文献：

Liu B, Pop M. ARDB-Antibiotic Resistance Genes Database. Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D443-7

本期的数据库部分就为大家介绍到这里了，下期将为大家带来STAMP可视化软件的使用，感兴趣的童鞋们千万不要错过哦！

协云基因

供稿人：微生物事业部 韩娜