生信小白第25天-转录组实战（三）

今天是生信星球陪你的第24天

你想找辆共享单车，发现满街都是别家车，没有一辆你能骑。

你想学点生信，搜了“初学者教程”，满眼尽是高大上，没有一句能看懂。

终于你跨越茫茫宇宙，来到生信星球，发现了初学者的新大陆！

上一期

转录组实战（二）

，我们学了如何将ncbi存储的sra文件转为fq文件，并对其进行了质控，对自己的数据做到了心中有数，今天我们要下载公共数据库的参考数据咯～_～

1. 参考数据下载

啥也不说，先上脚本图

好了，接下来豆豆将逐一介绍：

关于下载脚本：

line2: 人类基因组一共23对染色体，1-22 + X + Y + M（线粒体 mitochondrion）首先构建一个for 循环，i是变量， $(seq 1 22) 是从1-22建立序列， 再加上X、Y、M；

line3: do固定格式，echo $i 输出变量i的值（一会用）；

line5: 执行的操作是wget下载命令，注意下载地址中只有后面chr..是不同的，所以我们只需要把刚刚赋值的i放在这里，要加上${ }哦；

line8: done固定格式

line9: gunzip 解压缩命令，用于解压.gz格式。*是通配符，表示解压缩全部刚才下载的.gz文件

line10: 又是一个for循环，将对所有的chr进行操作

line11: cat命令将所有的染色体【按次序！】输入到一个文件hg19.fasta中

下载完成的hg19 压缩文件大概8/900M，解压缩后为3G

基本重难点都在这里了！

2. IGV软件准备

IGV软件全称：Intergrative Genomics Viewer 是一个高效的查看基因数据的可视化软件

官网：

http://software.broadinstitute.org/software/igv/home

⚠️：安装igv 之前需要先安装java 8 以上版本

好了，你先下载吧～豆豆要回去睡觉了

初学生信，很荣幸带你迈出第一步。