走近NCBI（下）

下面将继续介绍NCBI的各种强大功能：

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利用Nucleotide查质粒图谱

查找质粒图谱的功能同样通过Nucleotide功能实现。

在搜索栏中输入想查找的质粒名称（以pUC19为例），打开质粒序列信息的页面后，在右上侧“send to”的下拉菜单中选择“File”，“Format”选项选择“Genbank”，再点击“Create File”，生成gb格式的文件，将此文件导入到vector NT（可从网上找到免费下载以及汉化版的资源）软件中，就能得到想要的质粒图谱了。

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利用BLAST进行序列比对

BLAST全称Basic Local Alignment Search Tool，是一个基于序列相似性的数据库搜索程序。BLAST的目的是通过两两比对，找到数据库中与输入序列最相似的序列片段。

进入BLAST主页后，点击页面左侧的“Nucleotide BLAST”，进行下一步比对操作。

进入页面后，在左上角的输入框内输入要比对的序列，点击左下方“BLAST”按钮。

BLAST结果主要分为三栏，首先是同源性图解，其次是详细的描述，最后是同源性比对的详细情况。我们可以清楚的了解到同源比例，每个碱基的匹配程度等，还可以通过链接进入相关文献。

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利用SRA下载原始数据

根据研究方向或SRA号查找目标数据库，搜索数据，如输入已知的登录号：SRR000001。

点击选择的数据，点击红框中的“All runs”

点击“All runs”之后，出现下图，记住SRA Study的编号。

打开NCBI的FTPSite。

按照下面的顺序依次打开文件夹进行下载：

sra→sra-instant→reads→ByStudy→sra→SRP→SRP000→SRP000001→SRR000001→ SRR000001.sra

信知团队 ALD |供稿