nextflow中间错误文件的删除

nextflow是一款强大的流程化语言，它可以串接脚本、命令形成流程，有着可以实现顺序输出的功能。还有一款语言和它功能类似，那就是makefile，两个语言虽然有着诸多不同，但是都可以实现总的流程搭建，以下是两种语言编写的流程风格。

nextflow：

makefile：

对于makefile，中间文件的生成都依赖于提供的命令行命令，文件名和文件路径都需要给定，很明确，即使程序出错，再次运行时也会覆盖旧的文件。而在nextflow流程中，很多的流程目录及文件都采用内存码来运行，程序出错退出后，再次运行时分配的内存码并不一致，这就导致了之前的错误文件不会被删除，也就会积累大量的垃圾，比如在比对时，就会生成很多无用的bam中间文件。

在nextflow运行过程中，一些时间和流程信息会被储存在trace文件中，信息如下。

在以上的trace文件中，截取的信息是报错后生成的信息。

#第一列是指系统分配的进程序列号

#第二列是work目录下文件目录信息，如56/3fe5ef是指在56文件目录下存在以3fe5ef开头的目录，这些目录名均是生成的内存码，不固定，不唯一，无重复

#第三列是任务号

#第四列进程名称

#第五列是进程状态，ABORTED表示中断，此数据无用，占用集群资源，可以删除，COMPLETED表示运行结束…

需要删除的数据就是显示状态为ABORTED目录以及生成的空目录。

错误文件的删除：

cattrace*|grep ABORTED|cut -f 2 | awk ''> del.sh

#如果目录和上述目录有区别，更改一下命令行的awk输出信息即可

空文件的删除（在输出目录下执行）：

find-type d -empty |awk '' >> del.sh

#如果目录结构有出入，只需更改相应的命令参数即可

在准备好del.sh文件后，执行脚本即可。

对于nextflow脚本的编写，我也不太会，不过网上有很多资源，有兴趣可以去github搜索一下，有很多，可以学习学习。

小技巧：很多软件安装包中都会有一个以makefile命名的文件，软件安装过程中需要用make编译，这就是一个接触makefile的好机会，有兴趣可以学习一下。悄悄告诉你，下面官网说明的网站中就有一个makefile文件。有关于makefile具体的使用和执行我之后在和大家分享。

参考：

官网说明：https://github.com/nextflow-io/nextflow

rna分析流程：https://github.com/ericaenjoy3/rna_nf/blob/master/rna.nf