最全的植物生物学数据库整理,请收藏!

Top植物种的snoRNA基因数据库。

http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home

PlantCARE是一个关于植物顺式调控元件、增强子和抑制子的数据库,很多数据来源于文献搜索,对这些元件进行了坐标定位和序列描述,还有相关的一些生物学信息。

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/

农作物当中的生化途径及酶。

http://metacrop.ipk-gatersleben.de

植物器官研究的植物器官图片和协议数据库。

苹果,樱桃,梨,桃,悬钩子,玫瑰和草莓的基因组数据库。

http://www.bioinfo.wsu.edu/gdr/

植物基因组中心提供了大规模测序计划、遗传图谱和大规模ESTs测序的数据,所有物种的分类都超链接到NCBI的分类数据库。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/PLANTS/PlantList.html

PlantGDB是一个植物基因组序列数据库,主要是ESTs数据。还有对于这些数据的基因注释,EST的基因组定位以及与其它数据库的链接。满足通常的数据查找功能。

AtGDB是一个正在开发中的植物基因组数据库和分析工具集,该资源库的目的是方便以序列为中心的拟南芥数据的浏览,可以分区段地浏览感兴趣的基因,看其结构及基因注释,并可与cDNA和EST进行比对。也可以将数据全部下载本地化。

Top该数据库主要收集了杨树的泛素化蛋白,加上预测的共计1027个基因。

http://bioinformatics.cau.edu.cn/DPUPS/

EasyGO数据库用于提供一系列待查基因的功能注释,以及微阵列探针信息,目前包括来自15个物种(主要是植物)的40多个数据类型的数据。被广泛使用。

http://bioinformatics.cau.edu.cn/easygo/

PLANTTFDB:植物转录因子数据库。

植物转录因子数据库。

http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v2.0/

大豆蛋白质组数据库。

http://proteome.dc.affrc.go.jp/cgi-bin/2d/2d.cgi

水稻玉米小RNA数据库,该数据库包含了miRNA,siRNA,ta-siRNA的信息。

http://sundarlab.ucdavis.edu/smrnas/

预测的植物蛋白簇数据库。

http://urgi.versailles.inra.fr/phytoprot/

PLACE:植物顺式调控DNA元件数据库,该数据库含有380个在植物中发现的完整的cis活性调控因子。

http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/

植物线粒体蛋白运输机制。

http://www.plantenergy.uwa.edu.au/applications/mpimp/index.html

PlantQTL-GE是一个专为数量性状研究建立的一个数据库,它主要收集了水稻、拟南芥等植物的芯片数据及表达谱数据和基因组标志序列。同时也提供基于已知信息基因注释及顺式调控元件注释。

http://www.scbit.org/qtl2gene/new/

TOP目前该数据库收集了大麦、短柄草属、柑橘、咖啡、豇豆、大豆、水稻、小麦等作物的表达谱数据,及相关的一些分子信息(Barley, Brachypodium, Citrus, Coffea, Cowpea, Soybean, Rice, Wheat)。

UK CROPNET:英国农作物生物信息学网络数据库。拥有很多其自己开发的数据库和分析软件,同时也收集相关的一些文献和美国该领域的一些信息。1996

http://ukcrop.net/

TOP GrainGenes是美国农业部和地域农业图书馆的植物基因组计划支持的麦燕麦和甘蔗遗传数据库

http://ars-genome.cornell.edu/rice/

KOME:水稻的生物分子数据库

http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/

Rice水稻基因组注释数据库

http://gbrowse.ncpgr.cn/cgi-bin/gbrowse/japonica/

水稻蛋白组学数据库。

http://gene64.dna.affrc.go.jp/RPD/

RAD:水稻基因组注释数据库。

http://golgi.gs.dna.affrc.go.jp/SY-1102/rad/

INE:水稻基因组整合数据浏览器。

http://ine.dna.affrc.go.jp/giot/

MOsDB: The MIPS Oryza sativa database,水稻基因组数据库,包括序列数据,未来将把突变体信息、表达谱信息整合起来。

http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/rice/index.jsp

水稻http://mpss.udel.edu/rice/美国

Rice MPSS database水稻大规模平行测序数据库。

OryGenesDB:一个用于水稻反向遗传学研究的交互式工具;有水稻基因T-DNA以及Ds侧冀序列标签数据库,基因注释。

http://orygenesdb.cirad.fr/

RED:水稻表达谱数据库。

http://red.dna.affrc.go.jp/RED/

REDB:水稻EST数据库。

http://redb.ncpgr.cn/

水稻的基因组数据库(INE)整合了目前大规模测序后获得的关于水稻的基因组信息、cDNA信息,遗传图谱、物理图谱的信息,并随着水稻测序的进行,持续增加新的信息。

http://rgp.dna.affrc.go.jp/giot/INE.html

RISE:水稻信息系统,包括水稻基因组的最新综合信息以及与其他谷类作物的比较基因组分析数据。

http://rice.big.ac.cn/rice/index2.jsp

RiceGE: Rice Functional Genomic Express Database水稻功能基因组表达数据库。

http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE

BGF是一个水稻基因组的基因预测工具 。

http://tlife.fudan.edu.cn/bgf/

水稻T-DNA插入突变数据库,该数据库包括了侧冀突变标签的分析的那个信息来做反向遗传学的研究。

http://urgi.versailles.inra.fr/OryzaTagLine/

WILD RICE DATABASE野生稻数据库。

http://www.pgcdna.co.jp/cgi-bin/wrdb/content.cgi

RetrOryza是一个提供水稻的LTR-Retrotransposons的数据库,提供了目前已经进行过功能注释的242个家族的反转位子的信息,包括Primer Binding Site,PolyPurine Tract,Target Site Duplication等信息。

水稻科学整合数据库

http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/top/top.jsp

水稻遗传学和基因组学数据库,该数据库涵盖了从水稻的传统的遗传学信息到最新遗传研究方面的进展,还包括一些热门研究方面的课题。

http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/top/top.jsp

INE水稻基因数据库。

http://www.staff.or.jp/giot/INE.html

美国TIGR研究所维护着几个与水稻基因组有关的数据库,包括基因组注释库重复序列库,以及基因索引。

http://www.tigr.org/tdb/rice/

CottonDB是一个包含有棉花基因组学、遗传学和分类学数据的数据库,同时它也是一个不断增加新数据和棉花研究者资料的数据库。

http://cottondb.org/

Top欧洲大麦数据库(EBDB)收集的信息主要来源于ECP/GR Working Group对于大麦的研究数据,由德国Gatersleben的IPK植物基因组和作物研究所维护。

http://barley.ipk-gatersleben.de/ebdb.php3

该在线数据库包括在SCRI开展的通过交叉测序的方法挖掘到小麦和大麦的基因的SNPs的信息,目前由SCRI植物生物信息学组维护。

http://bioinf.scri.ac.uk/barley_snpdb/index.html

该数据库中包含由日本冈山大学生物资源研究中心收集的大麦种质资源和基因组分析数据。

http://www.shigen.nig.ac.jp/barley/

Top大麦,小麦,豆类番茄EST数据库

http://pgrc.ipk-gatersleben.de/cr-est/

谷类作物信息数据库,该数据库包括了小麦,大麦,燕麦黑麦和黑小麦等品种的遗传信息和遗传图谱。

http://wheat.pw.usda.gov/GG2/index.shtml

由捷克共和国的作物种植研究所维护的小麦数据库。

http://www.ecpgr.cgiar.org/databases/crops/wheat.htm

日本小麦网,由6所大学和研究所联合维护

http://www.shigen.nig.ac.jp/wheat/top.html

由TIGR institute维护的小麦基因组数据,提供小麦的基因组及基因注释,并且可用于基因组注释等分析。同时,还提供其他谷类作物的同源基因数据,如玉米、大麦、高粱、水稻等。

http://www.tigr.org/tdb/e2k1/tae1/

TOP水稻拟南芥比较基因组数据库,该数据库提供了一个水稻与拟南芥对比分析的平台。

http://greenphyl.cirad.fr/cgi-bin/greenphyl.cgi

MIPS的拟南芥数据库。

http://mips.gsf.de/proj/thal/db

拟南芥大规模平行测序信号的基因表达数据库。

http://mpss.udel.edu/at/

拟南芥功能基因组数据库。

http://urgv.evry.inra.fr/projects/FLAGdb /HTML/index.shtml

T- DNA插入突变体在拟南芥的研究当中,具有十分重要的作用,GABI-Kat SimpleSearch是一个由GABI-Kat工程所建的拟南芥的基于侧翼序列标签(FST)的T-DNA插入突变体查找库,目前该库有从64000 lines中超过108,000定位的FSTs,这些lines覆盖了64%的目前已有注释的基因。该库允许常规的一些基因搜索,并与突变体系连接在一 块。同时,该库还提供引物等信息。

http://www.GABI-Kat.de

拟南芥蛋白磷酸化位点数据库。

http://www.plantenergy.uwa.edu.au/applications/phosphat/index.html

Top大豆基因组和微阵列数据库。

http://psi081.ba.ars.usda.gov/SGMD/default.htm

豆类基因图谱数据库。

http://scaffold.biologie.uni-kl.de/Beanrdf/

Integrating为大豆研究者建立的基因组学和分子生物学数据库。

http://soybase.org/

由日本农业科学国际研究中心主导维护的中国东北部大豆基因组数据库。

http://ss.jircas.affrc.go.jp/DB/guide-eng.html

豆类作物基因组ESTx信息数据库,基因蛋白表达信息,该数据库给出了多个品种的信息。

http://www.comparative-legumes.org/

ILDIS国际豆科植物数据库和信息服务

http://www.ildis.org/LegumeWeb/

mgsp:德国玉米基因组数据库,基于基因组测序。

http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/maize/index.jsp

MAIZEWALL:法国的玉米细胞壁生物合成和装配的生物信息分析和基因表达数据库。

http://www.polebio.scsv.ups-tlse.fr/MAIZEWALL/

TOP MtGEA:蒺藜苜蓿基因表达谱数据库。收集了Affymetrix公司的苜蓿基因芯片的关于苜蓿多个器官的基因表达谱数据。

http://bioinfo.noble.org/gene-atlas/

Brassica Genome Gateway 2008芸苔基因组数据库。

http://brassica.bbsrc.ac.uk/

苜蓿数据库,包括基因组注释信息及部分表达谱数据。

http://medicago.cau.edu.cn/

MENS: Medicago EST Navigation System苜蓿表达谱数据导航系统。包括EST测序数据,微阵列数据等。

http://medicago.toulouse.inra.fr/Mt/EST/

蒺藜苜蓿序列数据库,由苜蓿基因组计划完成测序。

http://www.medicago.org/genome/

MGI,NCGR和Samuel Roberts Noble基金会联合开展的豆科苜蓿属植物Medicago truncatula的基因组研究,在2000年4月已经提交15000多条EST

http://www.ncgr.org/research/mgi/

苜蓿的生化途径数据库。

http://www.noble.org/mediccyc/

Top BASC系统提供遗传的、基因组的、表型的数据的整合挖掘和浏览的工具。该公布资源拥有支持芸苔的多国芸苔基因组测序计划的信息,直接基于5个模 块,ESTDB, Microarray, MarkerQTL, CMap和EnsEMBL。ESTDB包括通过与GenBank, UniRef, and the genome sequence of Arabidopsis进行序列比对后的ESTs数据及基因注释;Microarray模块拥有ESTDB中注释的ESTs的表达谱数 据;MarkerQTL是最复杂的整合了遗传标记、图谱、个体、基因型和特性的数据系统;另两个模块包括了拟南芥的EnsEMBL基因组可视化系统,以及 整合了遗传和基因组信息的可视化的遗传图谱比对的CMap。

http://hornbill.cspp.latrobe.edu.au/cgi-binpub/brassica/index.pl

TOP西红柿基因组测序计划数据库。

http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/tomato/index.jsp

马铃薯晚疫病和大豆疫病EST数据库,该数据库的建立是为了更好的了解病毒的发病机制以及抗性原理。

http://www.pfgd.org/pfgd/

PoMaMo是由德国植物基因组计划建立的关于马铃薯的信息库,包括目前已知的马铃薯的各个方面的生物信息数据,并通过BLAST对其基因进行了注释。

https://gabi.rzpd.de/PoMaMo.html

橡胶树EST数据库,该数据库介绍了相关的cDNA文库,分析渠道KOG分类,GO注释等。

http://genome.ukm.my/nrestdb/

TOP ForestTreeDB搜集了大规模测定数个树木品种的EST序列的数据,并开发和采用已有的软件对各序列进行基因注释,希望为该领域的研究人员提供帮助。同时还对相关数据库作了链接,并为设计微阵列进行基因表达谱研究创造条件。

http://foresttree.org/ftdb

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  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20180812B197DV00?refer=cp_1026
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