实习程序员——The R-fMRI Lab

实习程序员——The R-fMRI Lab

中科院心理所严超赣研究组

我们是谁?

The R-fMRI Lab(中国科学院心理研究所严超赣研究组)成立于2015年6月,致力于静息态功能磁共振成像方法学研究、脑成像数据分析与共享平台的开发、脑自发活动机制及其在脑疾病中的应用研究。实验室目前包含正式成员8名(研究员1名、助理研究员1名、岗位博士后1名、博士研究生3名和硕士研究生2名),以及来多名自北京大学第六医院和上海华山医院等机构的访问学生。实验室主持了多项国家重点研发计划课题、国家自然科学基金面上项目和中国科学院基金,发表了系列论文(详见http://rfmri.org/yan)。实验室开发了开源脑成像数据处理软件DPARSF(引用1500余次)和DPABI(引用200余次,ESI Top 0.1%高被引论文),发起了脑成像数据共享计划The R-fMRI Maps Project(http://rfmri.org/maps)。

我们想干什么?

精神疾病是21世纪人类面临的最大的健康威胁之一,但其诊断缺乏生物学客观指标,主要是基于症状学的临床观察,我们希望针对其异常脑机制寻找具有高敏感性和特异性的客观脑成像标记物。要想建立有推广性的临床生物学指标,需要积累临床大数据,结合当前方兴未艾的深度学习技术,方有可能达成。我们在DPARSF基础上建设了静息态脑成像大数据共享平台(The R-fMRI Maps Project),共享了4770名被试者的静息态影像数据。最近,基于该大数据共享平台,通过联合国内17家医院的25个抑郁症研究组,我们成功汇聚了1300例抑郁症患者和1128例健康对照的脑成像数据,建成了目前世界上最大的抑郁症静息态fMRI数据库。未来我们将进一步扩建抑郁症数据库,并累积包含多种精神疾病(如双相情感障碍、精神分裂症、强迫症等)的静息态大数据,以考察脑成像生物学指标的特异性。在建成的大数据上,采用深度学习训练深度神经网络,可以寻找具有诊断特异性的生物学指标,实现人工智能辅助精神疾病诊断。

我们需要您做什么?

目前,The R-fMRI Maps Project仅仅采用FTP共享模式向全球用户共享数据,方式原始落后,亟需采用先进的数据库建设对上传、存储、检索和下载进行重构。我们需要您基于开源脑成像管理软件XNAT(https://www.xnat.org/),修改代码,对The R-fMRI Maps Project进行重构。所有修改后的代码将通过Github向所有研究者开源共享。

我们希望您满足什么条件?

1. 有计算机、软件工程等相关专业背景,熟悉JAVA前端设计,熟悉PostgreSQL后端管理;

2. 有半年以上的时间且能够投入足够精力在数据库建设上。

您能获得什么?

1. 10万以上的劳务费;

2. 同静息态功能磁共振成像领域顶尖研究团队合作的机会;

3. 实习期(半年至一年)满后可能转Research Track 的未来!

  • 发表于:
  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20180831G0J6Y000?refer=cp_1026
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