如何流程搭建

如何搭建自己的流程

这是因为Genut菌某个后台看官给Genut菌说,他去上很多很多很贵的线下课程,但是还是没有整明白某些组学分析是怎么做的orz 也是很尴尬0.0

学习生信分析或者了解各种组学分析(例如,DNA组学 / RNA组学 / Meta组学 / 蛋白组学 / 代谢组学)都是一个相对漫长的过程,Genut菌未来在这里给大家一起学习以及分享各种与生信或NGS有关的东西,持续性的学习才能真的掌握。

如何搭建自己的流程

主要包含了对技术的了解到使用少量的代码实现“自动化”,更多的是对技术的了解和如何去问问题/自己解决问题的方法。如何搭建自己的流程课程里面涉及的内容很多:

实验原理:知道数据是如何产生的,数据中包含那些生物学信息/意义

分析需求:需要挖掘何种信息或需要解释何种科学问题

项目设计:如何根据实际需求设计样品收集、样品处理、数据产生、数据分析等各个环节

分析流程化:基于分析需求和项目设置的相对“固定”,分析流程即是串联该系列项目的各个分析环节,实现“一键化”生成分析需求结果的分析“系统”,便于分析过程和结果的重复,免去大量的人工操作。

问问题:怎么准确的问问题,可以有效降低学习成本

解决问题:怎么去准确的问问题,找到适合的方法去解决问题

举个后台Genut菌被问到的问题为例子:

Bad Question:古细菌分析和细菌分析用的数据库啥的是不都是一样的?

Good Question:16S测序数据,要做古菌和细菌(注释)分析,用到的数据库是否一样?

问问题分为了3部分:

INPUT是什么(16S测序数据)

需要干什么(做注释)

得到什么(使用的数据库)

虽然,这个例子不是特别的好,但是,聪明的各位看官应该能明白Genut菌要表达的意思了~

看完这里,大家应该知道,流程搭建不是简单的写命令行,更多是需要大家对这个东西的了解,所以需要大家耐心的慢慢的与Genut菌一起学习,了解,有什么问题,都可以后台私信或者加入到Genut生信群与大家一起讨论学习(后台调戏Geunt菌获取加群暗号)。

什么是流程图?

HUMAnN分析流程图

HUMAnN是Genut菌最近看的一个Workflow,里面涉及了几部分的内容:

数据来源(RNA or DNA reads)

进行了什么处理(例如、List of Abundance Organisms)

用了什么软件(例如、Bowtie2)

每一个步骤之间的关系

做一个分析流程出来,需要知道:

数据来源?(流程有固定的数据来源,例如、16S illumina双端测序fq)

自己的目的是什么?(流程有固定的分析目的,例如、RNAseq富集分析)

得到这个结果需要什么过程?(流程有固定的过程)

这个过程之间的关系?(流程的固定过程间有固定的关系)

可以看到,流程的目的是处理一个相对固定的一个分析过程,ta需要有固定的输入(INPUT)和分析目的(OUTPUT),基于这个前提,我们才能制定一个流程。所以,在搭建流程前,大家需要知道什么是流程图。

这一期的如何搭建自己的流程,Genut菌准备带着大家搭建一个16S的分析流程,如果反应热烈的,应该会有后面的各种各样的分析流程搭建课程。如果对这个系列的课程感兴趣的,请热烈地后台调戏Genut菌或者问Genut菌获取Genut生信群的暗号,加入到Genut生信群与大家一起愉快的学习吧~

当然是Genut啦~ 你与Genut菌加在一起等于

求知若渴”(Hungry)

让Genut菌陪着大家一起学习进步

请本栏目有兴趣的看官们,

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  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20180903G0TQJ000?refer=cp_1026
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