如何流程搭建

如何搭建自己的流程

这是因为Genut菌某个后台看官给Genut菌说，他去上很多很多很贵的线下课程，但是还是没有整明白某些组学分析是怎么做的orz 也是很尴尬0.0

学习生信分析或者了解各种组学分析（例如，DNA组学 / RNA组学 / Meta组学 / 蛋白组学 / 代谢组学）都是一个相对漫长的过程，Genut菌未来在这里给大家一起学习以及分享各种与生信或NGS有关的东西，持续性的学习才能真的掌握。

如何搭建自己的流程

主要包含了对技术的了解到使用少量的代码实现“自动化”，更多的是对技术的了解和如何去问问题/自己解决问题的方法。如何搭建自己的流程课程里面涉及的内容很多：

实验原理：知道数据是如何产生的，数据中包含那些生物学信息/意义

分析需求：需要挖掘何种信息或需要解释何种科学问题

项目设计：如何根据实际需求设计样品收集、样品处理、数据产生、数据分析等各个环节

分析流程化：基于分析需求和项目设置的相对“固定”，分析流程即是串联该系列项目的各个分析环节，实现“一键化”生成分析需求结果的分析“系统”，便于分析过程和结果的重复，免去大量的人工操作。

问问题：怎么准确的问问题，可以有效降低学习成本

解决问题：怎么去准确的问问题，找到适合的方法去解决问题

举个后台Genut菌被问到的问题为例子：

Bad Question：古细菌分析和细菌分析用的数据库啥的是不都是一样的？

Good Question：16S测序数据，要做古菌和细菌（注释）分析，用到的数据库是否一样？

问问题分为了3部分：

INPUT是什么（16S测序数据）

需要干什么（做注释）

得到什么（使用的数据库）

虽然，这个例子不是特别的好，但是，聪明的各位看官应该能明白Genut菌要表达的意思了～

看完这里，大家应该知道，流程搭建不是简单的写命令行，更多是需要大家对这个东西的了解，所以需要大家耐心的慢慢的与Genut菌一起学习，了解，有什么问题，都可以后台私信或者加入到Genut生信群与大家一起讨论学习（后台调戏Geunt菌获取加群暗号）。

什么是流程图？

HUMAnN分析流程图

HUMAnN是Genut菌最近看的一个Workflow，里面涉及了几部分的内容：

数据来源（RNA or DNA reads）

进行了什么处理（例如、List of Abundance Organisms）

用了什么软件（例如、Bowtie2）

每一个步骤之间的关系

做一个分析流程出来，需要知道：

数据来源？（流程有固定的数据来源，例如、16S illumina双端测序fq）

自己的目的是什么？（流程有固定的分析目的，例如、RNAseq富集分析）

得到这个结果需要什么过程？（流程有固定的过程）

这个过程之间的关系？（流程的固定过程间有固定的关系）

可以看到，流程的目的是处理一个相对固定的一个分析过程，ta需要有固定的输入（INPUT）和分析目的（OUTPUT），基于这个前提，我们才能制定一个流程。所以，在搭建流程前，大家需要知道什么是流程图。

这一期的如何搭建自己的流程，Genut菌准备带着大家搭建一个16S的分析流程，如果反应热烈的，应该会有后面的各种各样的分析流程搭建课程。如果对这个系列的课程感兴趣的，请热烈地后台调戏Genut菌或者问Genut菌获取Genut生信群的暗号，加入到Genut生信群与大家一起愉快的学习吧～

当然是Genut啦~ 你与Genut菌加在一起等于

“求知若渴”（Hungry）

让Genut菌陪着大家一起学习进步

请本栏目有兴趣的看官们，