我是谁?我在哪儿?我在查什么?在信息爆炸的时代,相信很多小伙伴在查文章时会因信息量太大而抓狂。上一期我们介绍过
如何提取指定位置的基因组序列
,今天带来一款设计简洁、功能全面的基因功能查询工具,助你事半功倍,心情倍儿爽。
EVEX在线查询数据库(http://evexdb.org/)是一款以基因为检索对象,以PubMed和PubMed Central中发表文章的摘要和全文为依据的文本挖掘(text mining)数据库。由于检索结果都是以被检索的基因为中心,因此条理非常清晰,大家来感受下:
以小鼠基因为例,想知道与相互作用的基因有哪些?只需在上搜索到小鼠基因。
点开之后即进入检索结果,可以看到有四类基因,包括被调节的个基因、能够调节的个基因、与有结合的个基因、以及与共同参与调节的个基因。
以第一类为例,点开之后可以看到具体的被调节的基因,以及最高的支持这一调节关系的原文。
以调节为例,点击之后可以看到所有支持这一调节关系的原文以及相应的PubMed链接。
此外,EVEX数据库还可以同时检索两个基因,这将显示这两个基因之间的调节关系。以小鼠的和为例:
点击之后可以看到和之间的各种调节关系。可以直接查看,也可以导入绘制调控网络图。(后台回复可获取对应文章)
最后,重要的事情说三遍:一定要去看原文,一定要去看原文,一定要去看原文。文本挖掘是机器读取的结果,而也不是。因此难免会出错。EVEX只是一个基因功能查询工具,最终下结论的人还是你。
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