faststructure 的简单使用
date: 2017-6-21
1. 安装2. 使用
faststructure 比 structure 的计算速度更快,适合数据量较大的群体结构计算。
1. 安装
faststructure 是基于 python 的脚本软件,首先需要一些 python 包
Numpy
Scipy
Cython
GNU Scientific Library
前 3 建议用 pip 安装。
gsl(GNU Scientific Library)需要下载安装:
fastStruce 的安装按官网步骤,没难点。
2. 使用
血缘关系计算
最主要的参数有三个:
-K:手动设定群体数
--input:plink bed格式
--output:输出文件名
例:
选择合适的 K 值
chooseK.py 脚本用于选择合适的 K 值。
首先自己写循环计算 K=1~10,输出文件前缀假设为 testout_simple
命令:
可视化
distruct.py 脚本用于可视化
参数:
-K:合适的 K 值
--input:structure.py 的输出文件位置
--output:输出文件,格式可以为.svg .pdf .jpg等
--popfile:可以对分组使用不同的标签,每个样本一个标签,样本顺序要与 map 文件中的样本顺序相同。
例:
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