Spectromine——革新鸟枪法蛋白质组学数据分析

超快、深度覆盖、高精度定量

近年来同位素标记定量技术日益更替和改进,使其在鸟枪法蛋白质组学定量分析中得到越来越广泛的应用。Biognosys作为数据非依赖采集技术(DIA)的共同发明人现如今也致力于将各类蛋白质组定量技术进行整合,开发了SpectroMine能够分析各类采集类型的质谱数据的软件,从定性、到DDA非标以及各类报告离子定量数据的分析。

主要功能

1. DIA,DDA和PRM数据的搜库定性

支持对多种数据采集类型结果的同时分析;

2. 超快,支持超过1000个run的数据分析

创新的算法能够大大节约内存消耗,使得采用普通桌面电脑就能分析1000个以上的run,同时分析速度极快,一般5分钟左右即可分析完毕一个2小时的Fusion DDA数据,1小时即能分析完一整套ITRAQ定量数据;

3. 高可信度的统计方法

支持从肽段到蛋白水平的FDR质控;

4. 差异定量分析

基于非标记(LFQ)、报告离子标记(ITRAQ, TMT, EASI-TAG)的定量分析功能(DIA及PRM分析请使用Spectronaut和SpectroDive);

5. 支持内嵌GO分析

内嵌GO分析及富集模块可以快速发现相关功能变化。

支持的仪器

• Thermo Scientific Q Exactive Series

• Thermo Scientific Orbitrap Fusion Series

• SCIEX TripleTOF Series (5600, 5600+, 6600)

• Bruker Impact II

• Bruker timsTOF without ion mobility

• Waters Xevo G2-XS

01

软件特性

SpectroMine采用了Biognosys独家开发的Pulsar搜索引擎,将搜库速度提升到了极致,同时支持DDA,DIA,PRM数据检索。SpectroMine具有启发式计算功能,将计算速度提升至极致。

在台式机CPU为i9-7960X平台上, 我们测试了50万张MS2谱图的ITRAQ数据,分析时间仅为1小时。

我们总是致力于获得尽可能多的蛋白质鉴定量。SpectroMine在实现Protein和Peptide两个层次同时FDR控制的情况下,能够实现高精确、高覆盖的定性数量。

SpectroMine的一个重要设计初衷便是充分支持同位素标记定量isobaric labeling quantification (ILQ),目前支持iTRAQ,TMT,EASI-TAG等标记定量方式。EASI-TAG定量是最新的大大降低常规iTRAQ/TMT定量压缩效应的替代方法,具有和真实差异极为接近的定量效果。即使在2个物种混合蛋白质组定量时,都能保证准确的定量结果。

02

软件界面

继承Spectronaut一贯的高度自动化流程分析界面,SpectroMine将数据分析的参数设置流程做到了极简,仅需设置fasta数据库即能完成定性分析,再额外设置定量方法、差异分组即能完成定量分析。

全自动的质量矫正算法,无须考虑如何设定质量精度。

在单独一个面板中查看MS1, MS2, 序列覆盖等各类蛋白质匹配信息。

快速进行差异定量结果查看、可视化及结果导出。

可视化查看PSM水平、蛋白质水平的表达差异情况,同时可以观察多个标记通道的差异重复性。

自动生成的质量控制报告让你对实验数据的重复性和任何存在的问题一目了然。

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  • 原文链接:https://kuaibao.qq.com/s/20180913G1E19S00?refer=cp_1026
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