Nature：微流体液滴捕获方法助力小鼠细胞的开源数据库Tabula Muris

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据悉，斯坦福大学等研究机构的研究人员建立了一个名为Tabula Muris的开源数据库，收录了小鼠的多个细胞类型及其基因表达数据。这项成果于上周发表在《Nature》杂志上。

研究者利用荧光活化细胞分选（FACS）方法和微流体液滴捕获方法，从小鼠20个不同器官中分离出超过10万个细胞，并开展单细胞RNA测序。这些数据让人们能够比较各个细胞类型和组织间的基因表达，从而更深入地了解细胞多样性。

团队成员以三只雌性小鼠和四只雄性小鼠为研究对象，利用FACS方法分离出44,949个细胞，并利用微流体方法分离出55,656个细胞。为了确定细胞类型，研究人员独立分析每个器官，并使用聚类分析。

研究人员挑选出各个器官（包括脑、心脏、胰腺和胸腺等）的细胞，然后开展单细胞RNA测序，以获取每个细胞的转录组。研究人员指出，FACS方法和微流体方法在大量基因表达谱上基本一致。

之后，研究人员又利用t-SNE算法来观察各种器官的不同细胞类型之间的关系。他们发现，不同器官的细胞常常混在一起。他们还对每个组进行异质性评分，以评估它们是否由相关或不相关的细胞类型组成。

研究人员进一步发现，转录因子表达可以大致定义细胞类型。在用1,016个转录因子的平均表达来分类细胞时，他们发现此时产生的树状图与利用所有基因产生的树状图大体相似。当他们用细胞表面标志物或RNA剪接因子来重复此分析时，发现情况并非如此，表明转录因子能够更好地确定细胞类型。

研究人员认为，这种细胞图谱有助于细胞重编程。此外，小鼠的转录组图谱也有助于发现新的细胞类型，揭开不同细胞类型的基因表达，并比较各个器官的细胞。

本文转自：生物通