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CNSA最新升级:大容量、批量传,轻松hold住你的测序数据

近期,国家基因库核酸序列归档系统(CNSA)进行了重大升级,众多用户翘首以盼的测序数据批量上传功能终于在国内首次实现了。从现在开始,使用CNSA不仅能以几倍于之前的速度完成数据递交,操作体验也大大提升。

解决本土数据递交难题

作为科研人员,常有在权威科学杂志发表文章的需求。前期递交测序数据时,你是否经常遇到这样的问题:

国际公共数据库的递交流程较为复杂,一旦出现问题,可能需要反复沟通修改;

只有英文的界面和服务,在一定程度上影响了递交和沟通的效率;

数据跨境传输非常缓慢,5TB的数据要传2-3个月,耗费大量宝贵时间。

如此一来,数据递交费时费力,不仅让许多科研工作者大呼心累,同时还存在着敏感数据外流等其它隐患。

目前,国内的生命科学研究正经历井喷式发展,一方面为海量成果的发表和共享带来了契机,另一方面也暴露了数据管理安全化、规范化的不足,给科研发展造成了掣肘之忧。今年3月,国务院办公厅印发了《科学数据管理办法》,要求加强科学数据全生命周期管理,把确保数据安全放在首要位置,促进科学数据在国内相关科学数据中心进行汇交,同时提高开放共享水平,以充分发挥科学数据的重要作用,更好地支撑国家科技创新、经济社会发展和国家安全。

国家基因库核酸序列归档系统(CNSA)首页

作为国家级公益性创新科研及产业基础设施,深圳国家基因库储存着我国特有的遗传资源、生物信息和基因数据,并致力于为我国生命科学研究和生物产业发展提供公益性、支撑性的服务平台。从服务国家战略出发,为国内科研人员提供更加安全、规范、可靠、便捷、开放的数据归档系统,是国家基因库义不容辞的责任。

因此,国家基因库于2017年10月25日发布了国家基因库核酸序列归档系统(CNSA)。在众多科研人员的认可和支持下,CNSA累计支撑了700多个科学研究项目,归档数据总量达600TB。

CNSA系统操作便捷,支持高速上传和下载,为基因组学数据提供国内本地化存储空间。此外,国家基因库对信息安全管理和技术两个方向进行系统性的优化与提升,已通过信息安全等级保护三级评审以及可信云云服务数据保护能力评审,为数据存储提供有力的信息安全保护。

全能平台,促进全球信息共享

CNSA专为生物测序信息的存储与共享而设计,致力于促进生物测序信息的存储与共享,为全球的研究者提供当前最全面的数据和信息资源,提高研究者访问和使用数据的便捷性和深入性。为了全方位满足生物科研人员对数据的各类需求,实现数据从产生、递交、同步、查询到下载全生命周期的完整归档,确保科研成果的完整性,CNSA不仅能归档数据,还提供其他重要功能:

大容量数据备份;

数据受控式管理,递交时可设置是否将数据公开;

递交数据时,可选择同步至国际公共数据库;

超快速下载海量的公开数据文件;

可引用CNSA 序列号发表文章;

支撑亿级数据的搜索引擎,秒级响应。

注:中国境内人数据出境需获得人类遗传资源管理行政许可审批件。

支持DOI标识,支撑科研成果发表

除上述功能外,CNSA还有一个显著优势——可以使用DOI(数字对象标识符)标识。目前,国家基因库已成为首批与大英图书馆就DataCite服务展开合作的机构之一,是亚洲首个参与该项目的数据中心。利用唯一的 DOI编号对科学研究产生的数据进行标识,方便对数据进行检索、追踪和引用,能够提高其曝光率和引用率,将为数据共享及共享评价体系的建立提供极大的便利。

CNSA结合国际核酸序列数据库(International Nucleotide Sequence Database Collaboration, INSDC)标准和DataCite标准,接受来自全球的测序研究数据(包括原始数据和其他支撑数据)递交。其数据递交服务可作为文献出版流程的补充,支持早期数据的共享。CNSA将支撑全球科研成果的发表,实现对不同研究类型和规模的数据共享,提高科研成果再现性,促进科技的新发现。

批量上传,功倍事半

为了更好地满足大规模数据上传的需求,CNSA系统近期进行了重大升级,首次在国内实现了核酸序列归档系统的在线批量上传功能,同时还优化了操作体验,流程更清晰、用时更短,帮你将大批量数据轻松上传归档。

举个例子,提交100条样本元数据,单条数据上传平均耗时1分15秒,全部上传完毕要花125分钟;而使用CNSA新版本中的批量上传功能,只需不到30分钟就能轻松搞定,节省了76%的时间成本。

新版CNSA操作手册

CNSA可切换中英文,界面简洁、指引清晰,即使首次尝试的用户,也能快速上手。在首页右上角点击“登录”(可选择微信快捷登录),再返回“提交入口”根据待上传的数据类型(项目、样本、实验/测序、组装、其他测序数据)选择递交模块,按指引填写信息并提交即可。在“个人中心”界面,也可以创建新的提交任务。

CNSA数据提交入口

1.点击“项目”模块,输入项目信息,确认并提交。

项目信息输入界面

2.点击“样本”模块,选择单次或批量提交。如果选择单次提交,直接在页面填写信息即可;如选择批量,先下载模板,将信息填入后上传,等待页面自动校验(大约需要1-2分钟),然后确认并提交。

样本数据提交界面

3. “实验/测序”模块的操作与“样本”模块相似,不过在上传元数据之前,需要提前将数据文件上传至指定的FTP目录并通过校验。文件上传完毕且信息完成校验后,便可进入下一步提交流程。

实验/测序元数据上传界面

4. “组装”模块和“实验/测序”模块的数据提交流程完全相同,这里就不赘述了。

在操作过程中如果出现问题,系统会弹出中英文报错提示,当前状况和下一步操作一目了然。“帮助”页面准备了图文并茂的指导手册,可以随时查阅。除此之外,CNSA还提供本地化人工服务,如果需要协助,可以通过电话、邮件、即时通讯工具等方式联系我们,实现无障碍、零距离沟通。

CNSA“帮助”页面

  • 发表于:
  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20181011B0EO8200?refer=cp_1026
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