CRISPRlnc:LncRNA 验证过的sgRNA数据库

CRISPRlnc:LncRNA 验证过的sgRNA数据库

导语

《NAR》杂志在线发表中国科学院西双版纳热带植物园刘长宁研究员和湖南师范大学胡翔教授的合作文章“CRISPRlnc: a manually curated database of validated sgRNAs for lncRNAs”,他们构建了网络数据平台收集经验证的sgRNA,以帮助有效选择具有预期活性的sgRNA。

数据库简介

CRISPR/Cas9系统作为分子生物学领域的革命性基因编辑工具,为研究lncRNA功能提供了新的机遇。然而,设计用于lncRNA的CRISPR / Cas9 sgRNA并不容易,设计有效性无法保证。因此,收集验证过的sgRNA可以帮助有效选择具有预期活性的sgRNA。由此作者开发CRISPRlnchttp://www.crisprlnc.orghttp://crisprlnc.xtbg.ac.cn)数据库收集了来自所有物种的lncRNA经验证的CRISPR / Cas9 sgRNA。通过人工辅助审编了200多篇已发表的文献后,目前版本的CRISPRlnc包含了哺乳动物、昆虫和植物在内的8个物种的305个lncRNA和2102个经过验证的sgRNA。

作者收集并处理了综合信息包括:ID识别号,基因组中的位置,lncRNA序列和功能描述,以及sgRNA序列,PAM序列,CRISPR类型以及所匹配的sgRNA的有效性。在CRISPRlnc网站,提供了大量的工具可以浏览、搜索和下载数据、在线BLAST和基因组浏览服务。作为第一个针对经过验证的ncRNA sgRNA数据库,CRISPRlnc将为推动CRISPR / Cas9应用提供一个新的强大平台,用于未来的lncRNA功能研究。并且不断完善和更新!

CRISPRlnc数据类型和组成

CRISPRko:基因敲除(knockout genotype)

CRISPRa:转录激活(transcriptional activation)

CRISPRi: 转录干扰(transcriptional interference)

CRISPRedit:基因编辑(gene editing)

检索方法

(A) The ‘Browse’ page.

(B) ‘GBrowse’, the genome browser.

(C) The ‘Details’ page.

(D) ‘Online BLAST’ search.

(E) The ‘Advanced Search’ page.

检索案列

HOTAIR为检索关键词:

Gene:HOTAIR(基因信息)

Species:Homo sapiens(物种信息)

Chromsome:chr12(染色体位置)

sgRNA:GGGCCGCCCTCCTAGTGGTT(序列信息)

PAM:CGG(PAM序列信息)

Type:CRISPRi(类型)

Validity:Experimental validated(试验验证)

参考文献:

Chen, Wen, et al. "CRISPRlnc: a manually curated database of validated sgRNAs for lncRNAs." Nucleic acids research (2018).

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  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20181012G2589J00?refer=cp_1026
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