欧洲核酸档案库负责人Guy Cochrane到访国家基因库,共商数据库合作计划

10月18日,欧洲生物信息研究所核酸档案库(EBI-ENA)负责人Guy Cochrane博士到访深圳国家基因库,与华大基因CEO、国家基因库执行主任徐讯会面,双方就国际数据中心间数据交换的现状与发展趋势、国家基因库生命大数据平台(CNGBdb) 与 EBI-ENA 数据共享合作的行动计划进行了深入探讨。出席此次会议的还有国家基因库国际合作总监Jason Chen、生物信息数据库主任曾文君、欧洲BD经理汤宇翀,华大基因大数据中心主任单日强、副主任方林、大数据应用团队负责人魏晓锋,GigaScience生物数据总监Chris Hunter等。

会上,双方分别对EBI-ENA和CNGBdb进行了详细介绍,并展开密切交流。Cochrane博士对CNGBdb与EBI-ENA开展数据共享合作表示欢迎与支持,并愿意为进一步合作提供技术指导。他提出,期望中国地区的各个数据中心能相互协调,形成一个多中心相互支持的统一架构,并期望在更长远的未来,能看到整个亚洲区域形成一个有区域代表性的节点。

徐讯对双方在互惠互利的基础上展开进一步合作表示欢迎,并与Cochrane博士就各国政府对数据交换尤其是对敏感数据的保护所出台的政策法规交换了意见。随后,国家基因库大数据应用平台负责人魏晓锋及多位生物数据专家与Cochrane博士就生物审编的技术细节及ENA平台提供的工具进行了深入交流。双方确定将进一步安排技术人员开展交流会议。

为促进基因组学数据的开放共享、支撑我国生命科学与生物产业的快速发展,国家基因库与包括EBI-ENA在内的国际三大核酸数据库开展合作。EBI-ENA存储着欧洲最重要的核酸序列资源,收录了大量国际科研成果文章的序列数据,在基因科技领域有着举足轻重的地位。国家基因库与EBI-ENA此次就数据共享开展合作,将为我国生物科研工作者开辟更加便捷的资源渠道,并进一步提升CNGBdb的国际影响力。双方将发挥各自优势,共同促进国际生命科学领域的学术交流、数据共享及科研发展。

国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)将于2018年10月24日第十三届国际基因组学大会(ICG-13)期间正式上线,敬请期待。

国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)

为科研社区提供生物大数据共享和应用服务的统一平台(SaaS, Science as a Service),基于大数据和云计算技术,提供数据归档、计算分析、知识搜索、管理授权和可视化等数据服务。CNGBdb整合了来源于国家基因库、NCBI、EBI等平台的数据,包括文献、变异、基因、基因组、蛋白质、序列、物种、项目、样本、实验、测序、组装12个结构的大量分子数据和其他信息,并将这些数据与样本甚至样本活体相关联,从而实现数据从活体到样本再到信息化数据全过程的可追溯性,达成综合数据的全贯穿。目前,CNGBdb累计支撑了2997个科研项目,归档数据量将近600TB,实现30+亿索引、10+TB元信息的互联,支持秒级搜索。

欧洲生物信息研究所核酸档案库(EBI-ENA)

由欧洲生物信息研究所(EBI)建立并管理,自1982年发布以来已有36年历史。该档案库基于欧洲分子生物学实验室(EMBL)数据库发展而来,是首个获得国际支持的核酸序列数据库。EBI-ENA存储核酸测序数据以及与核酸测序实验流程相关的信息,包括测序材料的分离与制备相关数据、测序仪器产生的数据以及随后的生物信息学分析流程数据等。EBI-ENA、NCBI(美国国立生物技术信息中心)的GenBank和DDBJ(日本DNA数据库)是目前世界上最重要的三大核酸数据库,三者共同组成国际核酸序列数据库合作联盟(INSDC)。

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