LncRNA的功能到底怎么查询和预测-数据库和算法盘点

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LncRNA-长链非编码RNA

(Long non-coding RNA, lncRNA)

是长度大于200个核苷酸的非编码RNA

目前多个lncRNA与多种疾病的关系

已经被逐渐建立

很多机制也在逐渐被揭开

兰娥

目前已知功能的以及明确关联疾病的lncRNA

还是少数派

大量的新的未知功能的lncRNA

等待着被研究

今天的小文

从两方面大致汇总下

(1)

已知功能和与疾病关系的lncRNA

有哪些靠谱的数据库供查询?

(2)

尚未明确功能的lncRNA有哪些算法和软件

用来预测功能以及与疾病的关系?

由于涉及内容较多

每个具体数据库/软件不再展开使用方法

后续文章里会挑选个别的进行展示

内容框架

【1】LncRNA功能相关数据库

LncRNA综合性数据库

LncRNA相关的结构和突变(包含SNP)数据库

LncRNA表达数据库

LncRNA-疾病数据库

LncRNA互作和靶点数据库

【2】LncRNA功能预测算法和软件

基于序列比对的算法

基于基因共表达的算法

基于与miRNA,mRNA、蛋白等互作的算法

基于lncRNA综合特征的算法

以下为具体list

LncRNA综合性数据库

1. LncRNAdb

lncRNA的综合性参考数据库

2. LncRNome

lncRNA的综合性数据库

3. LncRNA2Function

基于RNA-seq数据的lncRNA

功能综合数据库

4. NONCODE

非编码RNA的综合性数据库

5. LncRBase

zhumur/lncrbase/

lncRNA的综合性数据库

6. lncRNAWiki

可公共编辑的lncRNA数据库

7. GreeNC

植物相关的lncRNA数据库

8. lncRNAMap

lncRNA的综合性数据库

9. Linc2GO

http://www.bioinfo.tsinghua.edu.cn/liuke/

Linc2GO/index.html

lncRNA的综合性数据库

10.lncRInter

http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRInter/

lncRNA的综合性互作数据库

11.DIANA-LncBase

lncRNA-miRNA互作数据库

12.lncRNAtor

LncRNA相关的结构和突变(包含SNP)数据库

1. LncRNASNP

http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP/

LncRNA相关多态性位点SNP的数据库

2. SNP@lincTFBS

LncRNA相关多态性位点SNP的数据库

3. LNCipedia

LncRNA序列和结构的数据库

4. LNCediting

http://bioinfo.life.hust.edu.cn/LNCediting/

LncRNA相关RNA编辑的数据库

5. Lnc2Meth

http://www.bio-bigdata.com/Lnc2Meth/

LncRNA相关DNA甲基化的数据库

LncRNA表达数据库

1. NRED

LncRNA表达数据库

2. deepBase

http://biocenter.sysu.edu.cn/deepBase/

基于深度测序数据的非编码RNA数据库

3. ChIPBase

http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/

基于chip-seq数据的非编码RNA数据库

LncRNA-疾病数据库

1. LncRNADisease

已有实验支持的lncRNA-疾病数据库

2. Lnc2Cancer

http://www.bio-bigdata.net/lnc2cancer

已有实验支持的lncRNA-肿瘤数据库

3. MNDR

http://www.rna-society.org/mndr

已有实验支持的非编码RNA-疾病数据库

4. TANRIC

main/TANRIC:Overview

肿瘤相关的lncRNA数据库

LncRNA互作和靶点数据库

1. DIANA-LncBase

miRNA–lncRNA功能互作数据库

2. LncRNA2Target

LncRNA靶点数据库

(LncRNA敲减/过表达后差异基因数据库)

功能预测工具(基于序列比对的算法)

1. 基于比较基因组学的方法

(基于物种之间基因组比对)

参考文献

Khachane AN, Harrison PM. Mining mammalian tran- script data for

functional long non-coding RNAs. PLoS One 2010;5:e10316.

2. ORF-Predictor/BLASTP pipeline

(开放阅读框预测和BLASTP的一套流程)

参考文献

Jia H, Osak M, Bogu GK, et al. Genome-wide computational identification

and manual annotation of human long non- coding RNA genes. RNA 2010;16:1478–87.

功能预测工具(基于基因共表达的算法)

1. 基于CNC模型的预测

(基于编码和非编码RNA的共表达数据)

参考文献

Liao Q, Liu C, Yuan X, et al. Large-scale prediction of long non-coding RNA functions in a coding-non-coding gene co- expression network. Nucleic Acids Res 2011;39:3864–78.

2. Lnc-GFP

(基于基因共表达以及蛋白互作PPI的模型)

参考文献

Guo X, Gao L, Liao Q, et al. Long non-coding RNAs function annotation: a global prediction method based on bi-colored networks. Nucleic Acids Res 2013;41:e35.

3. Co-LncRNA

(一个基于共表达数据的,

兼顾GO和PATHWAY分析,

可直接导出图片的在线预测工具)

参考文献

Zhao Z, Bai J, Wu A, et al. Co-LncRNA: investigating the lncRNA combinatorial effects in GO annotations and KEGG pathways based on human RNA-Seq data. Database (Oxford) 2015;2015.

4. LnCaNet

(基于表达谱数据的lncRNA-癌症预测模型)

参考文献

Liu Y, Zhao M. lnCaNet: pan-cancer co-expression net- work for human lncRNA and cancer genes. Bioinformatics 2016;32:1595–7.

5. 基于WGCNA的预测模型

(基于共表达谱数据的lncRNA-多种癌症

预测模型)

参考文献

Li S, Li B, Zheng Y, et al. Exploring functions of long noncod- ing RNAs across multiple cancers through co-expression network. Sci Rep 2017;7:754.

功能预测工具

(基于与miRNA,mRNA、蛋白等互作的算法)

1. KATZLGO

(基于lncRNA和蛋白,各自互作以及

之间互作数据)

参考文献

Zhang Z, Zhang J, Fan C, et al. Large-scale prediction of LncRNA functions by using the KATZ measure based on multiple networks. IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform: KATZLGO 2017.

2. NeuraNetL2GO

(基于GO数据和多重神经网络的高级算法)

参考文献

Zhang J, Zhang Z. Wang Z, et al. Bioinformatics: ontologi- cal function annotation of long non-coding RNAs through hierarchical multi-label classification. 2017.

功能预测工具(基于lncRNA综合特征的算法)

1. COME

(基于序列比对和实验数据的综合性算法)

参考文献

Hu L, Xu Z, Hu B, et al. COME: a robust coding potential calculation tool for lncRNA identification and characteri- zation based on multiple features. Nucleic Acids Res 2017; 45:e2.

2. LncRNA Ontology

(在线可用,基于染色质数据和

表达数据的复合算法)

参考文献

Li Y, Chen H, Pan T, et al. LncRNA ontology: inferring lncRNA

functions based on chromatin states and expression pat- 76.

terns. Oncotarget 2015;6:39793–805.

本文参考文献

Computational models for lncRNA function prediction and functional similarity calculation (2018)

Long non-coding RNAs and complex diseases: from experimental results to computational models (2017)

以上的数据库盘点也总结在bio-bio-bio.com

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