JBrowse：一款常用的基因组浏览器

基因组可视化工具的作用是将基因组相关数据用图形界面展示出来，方便我们更加直观的去识别数据模式或者差异信息。基因组可视化工具有很多种，在大型基因组数据库中常常出现的JBrowse就是一款常用的基因组可视化工具。

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什么是JBrowse？

JBrowse Genome Browser是GMOD（Generic Model Organism Database）项目开源的一款基因组浏览器，作为GBrowse的继承者，JBrowse基于AJAX动态获取数据，能够快速加载数据，较好地适配大规模数据展示。同时，JBrowse是基于Javascript和HTML5构建的基因组可视化浏览器，可扩展性强，可在本地安装运行。

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支持多种文件展示

支持多种格式基因组数据文件导入，包括GFF3，BED，FASTA，Wiggle，BigWig，BAM，CRAM，VCF，REST等，根据用户选择自定义上传文件，能够直观的展示基因组序列、注释信息、比对结果等。

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JBrowse展示内容

（1）根据选择展示所需内容

在JBrowse界面左侧“Available Tracks”中将展示所有可展示的文件选项，勾选需要展示的文件后，在右侧窗口中就会出现对应数据信息。

图1. 数据信息图示

（2）展示基因组序列信息

添加基因组序列，在视图中将展示下图所示序列信息，一共包含8行，1~3行表示第一条DNA链对应的氨基酸序列，第2行在第1行基础上向右移动了一个碱基，第3行在第2行基础上向右移动了一个碱基，第4~5行代表了DNA两条链碱基序列，第7~9行代表第二条DNA对应的氨基酸序列。

可通过放大按钮对当前区间进行放大，直接观察碱基分布情况。

图2. 基因组序列展示

（3）展示基因及转录本序列信息

通过搜索目标区间，可在JBrowse中展示该区间内所有基因的转录本情况，如下图所示，展示了AT4G30820基因的三条转录本。通过点击对应转录本还可以查看该转录本详细信息。

图3. 基因及转录本序列展示

图4. 转录本详情页

（4）比对结果展示

通过添加BAM文件，可以直接在图形界面查看目标区间比对情况，snv类型以及覆盖度。如图4可看出，该位点覆盖度为17x，其中两次检测到突变为A，15次检测与ref一致。

图5. 基因组比对情况展示

（5）其他数据展示效果

图6. 表达数据展示

图7. 重复序列展示

图8.GC含量分布图和热图

根据以上展示，我们可以看出，只要符合JBrowse要求的文件格式，都可以转换成可以直接观察的图形信息，方便我们更快速的了解数据包含的信息。同时，JBrowse还具有较强的扩展性，例如图7所示的GC含量分布图和热图就是通过添加gccontent插件进行展示的。关于JBrowse本地搭建和配置的说明在网上有很多说明文档，感兴趣的同学可以自行搜索尝试，或者先阅读以下两个文档：

JBrowse的FAQ：