终于等到你!SSRome,所有物种SSR标记开发整合数据库发布

我们知道,SSR(简单重复序列,或称微卫星)做为一种非常重要的分子遗传标记,长久以来面临着涉及物种多、标记位点散乱、SSR引物信息不全等诸多问题,这就使得很多老师在用类似我们的SSRseqTM技术,对自己群体材料进行SSR检测之前,需要查阅大量文献,或者分析多种组学数据,来寻找和挖掘后续验证的SSR标记。SSRome就是这样一个整合了所有物种SSR在线数据资源的专业SSR数据库。有了它,我们的SSR寻找与开发过程将变得更加高效便捷。

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SSRome作为一个基于web的、用户友好的、全面和动态的数据库,提供了多种组学数据的分析管道,目前可以用于6533种生物的SSR标记开发。在SSRome数据库中,包含从NCBI中获得的所有核基因组、线粒体和叶绿体基因组,以及表达序列标签(EST)等所有分类系统中鉴定的1.58亿个微卫星基序。开发了4510万个SSR标记,并将其分类为编码(基因)或非编码(非基因)标记,所有这些都是可以免费下载。此外,SSRome还提供了三种用户友好的工具来识别、分类和比较基因组或转录组范围内的基序。用户只需上传自己的测序数据,便可方便的进行在线交互式分析。

SSRome数据库包括植物、后生动物、古细菌、细菌、病毒、真菌和原生动物相关基因组SSR信息

SSRome数据库包括2018年3月之前所有NCBI已有物种EST、线粒体和叶绿体基因组SSR信息

SSRome数据分析与数据库构建

为了构建SSRome核心数据库,研究人员开发了一组“Perl和Shell”脚本,将所有分散的生物信息整合到一起,形成三条主要分析管道。这些管道用于构建基因组、转录组和细胞器子数据库。为了建立基因组和细胞器子数据库,设计了六个主要步骤:(i)在基因组规模上挖掘SSR;(ii)根据基序位置将SSR分为基因型或非基因型;(iii)进一步细分为唯一型和复合型SSR;(iv) SSR引物设计和标记开发;(v)将开发的SSR标记及其相关信息整合到SSRome数据库中;(vi)将所有生成的数据集连接到SSRome web界面中。对于转录组子数据库,除了将已识别的SSR分类为基因/非基因型之外,使用了相同的工作流程,具体如下图所示。

SSRome数据库开发的工作流程:基因组和转录组数据分析管道

SSRome数据库界面介绍

SSRome数据库提供了一个用户友好的交互式web界面,具有多种功能来开发、搜索、下载和比较所有生物体中的SSR信息。SSRome网站提供了一个顶级导航栏,旨在帮助用户以非常方便和快速的方式访问SSRome数据库和工具的不同部分。SSRome数据可以通过五个交互页面访问和检索:主页(SSRome-db快速访问)、统计、下载、搜索和SSRome比较。在这五页中,生物物种被分类分组,以便于选择和探索。通过从主导航栏下拉菜单中进行选择,用户可以浏览SSRome数据库的任何部分。

SSRome数据库网页简介:(A) SSRome主页;(B) SSRome搜索页,包括(1)详细搜索页面和(2)搜索结果示例;(C)信息下载页;(D)比较页和(E) SSRome工具页,包括(1) SSRome基因组管道页、(2) SSRome转录组管道页和(3) SSRome比较分析管道页。

在下载页面中,用户可以简单的检索每个生物体/基因组的所有可下载文件(单独或批量),包括基因型和非基因型SSR基序、SSR统计、单独和复合的SSR信息和SSR引物等。

在SSRome的搜索页面中,用户可以根据自己的兴趣信息,例如重复序列、基因符号、基因座标签或引物ID等进行搜索,更可以独立搜索每个生物体基因或非基因区域内的微卫星。同时,用户可从下拉菜单中选择感兴趣的生物体和SSR重复类型(如“Tetra”)进行搜索。搜索结果显示以列表视图展示,包含每个SSR基序/标记的相关重要信息,例如引物ID、生物体名称、NCBI登录号、重复类型、重复序列、引物序列、引物退火温度、基因组内引物位置、产物长度、基因符号或基因座标签等。

天昊生物

天昊生物长期从事基因及遗传分析,可以提供包括SSR检测在内的多项基因检测服务。天昊生物自主研发的基于二代测序技术的SSR检测新方法—SSRseqTM,这种方法几乎克服了现存所有电泳检测方法的不足,尤其适合对多SSR位点、超高深度的分型,准确度高,并且分辨率达到单碱基的水平。因此适合所有二倍体人类、动植物、真核微生物,以及多倍体物种的SSR基因型分析。

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