双11后拒绝“吃土”!新品数据“大锅菜”来袭,0元抢够

双11刚过,

面对钱包也“饿了”的吃土阶段

只能挥泪和“买买买”

say good-bye了吗?

当时不是!

在小G这里天天双11

你无需任何优惠码劵,

就可直接0元抱走心仪数据哦~

本期小G严选“食材”,精选“大厨”

精心烹制了新品“数据大锅菜”:

Bioinformatics Commons 专辑

生物信息学在诸多学科中可谓是

集万千宠爱于一身,

生物学、数学、计算科学、医学、

保健科学等都囊括其中

其主要负责

整合四方数据

多层次深度分析

翻译数据语言

随着数据“原材料”的不断增多,

为了更大限度地挖掘大数据背后的故事

科学家越来越依赖于

“生物信息学”这个必不可少的料理神器

算法、方法、软件工具、数据库、

网站、本体论和标准等

都使得生物学数据更加清晰化、透明化

当然啦

做了这么一桌色香味俱全的“大菜”

都是为了让实验室和临床的

辛勤科学家和医生

以及生信“小白”们

使用数据更便捷,

能更大限度、更全面地发挥数据用途,

毕竟大家白花花的银子投进去,

科研人员点点白发长出来

才产出了这些数据

在本期专辑中,

小G为大家准备了各种

新款数据库及实用网站

第一款:甜甜圈“plus”,圈圈圆圆大作用

甜点大师中国科学院上海生命科学研究院

杨力给大家奉上

升级版环形RNA数据库CIRCpediav2

为研究环形RNA生成加工机制和

潜在功能作用原理

提供了一个全面、综合性的平台

第二款:调味香菜,提味必备

厨神中国科学院遗传与发育生物学研究所

钱文峰带来了

单细胞DNA甲基化异质性HeteroMeth

数据库

为计算单细胞DNA甲基化异质性

建立了金标准并优化了计算策略

第三款:蛋糕裱花,识标签辨疾病

装饰大师北京大学崔庆华和

华中科技大学薛宇精心制作了

人类疾病相关翻译后修饰数据库PTMD

不仅提供了1950个疾病相关修饰信息,

通过数据库所建立的疾病−基因作用网络

发现乳腺癌拥有最大数量的修饰关联

第四款:香煎人参果,煮豆心忧燃豆萁

烹饪大师华中科技大学陈卫华和

第四军医大学穆士杰设计了

自身免疫病GAAD数据库

提供了自身免疫病和4249个基因之间的

44762个关联信息

并且可以在线构建特定的共现网络

第五款:养生汤

吃美食莫着急,喝汤润润嗓

养生专家人北京大学高歌和

中国医学科学院北京协和医学院吴晨呈上

首个食管癌关联基因数据库CCGD-ESCC

整合分析了上千例多种食管癌关联数据

助力食管癌遗传学和基因组学研究

第六款:松露鹅肝,唇齿留香

营养达人第二军医大学陈磊和

清华大学古槿搭配了

肝细胞癌表达图谱数据库HCCDB

囊括近4000个临床样本

定义了4D指标全面描述了HCC中基因的表达模式

第七款:章鱼刺身,变不变色都难逃吃货慧眼

宫廷宴御厨浙江大学周展、陈枢青特制了

基于免疫基因组学分析的肿瘤特异性

新抗原数据库TSNAdb

利用16个肿瘤类型共7748例肿瘤样本的

体细胞突变信息

进行新生抗原的预测

得到上百万潜在的肿瘤新抗原

第八款:杂粮饭,健康粗粮

白案大师Brookhaven国家实验室贺飞、

中国农业大学张子丁准备了

植物病原菌转录组学数据库PlaD

精选了拟南芥、玉米、水稻和小麦的

2444个病原菌相关的基因表达样本

提供了大规模植物防御反应相关数据

实现了条件特异的表达谱可视化

允许用户搜索被多种条件共同调控的基因

第九款:新款银筷子,试毒更精确

厨师中的大侦探中山大学

左志向、任间拿出了新本领

蛋白质硝基化及亚硝基化位点预测工具DeepNitro

基于氨基酸特征编码

利用深度学习算法构建了

精确的位点预测模型

相较于其他工具

具有7% - 42%的预测性能提升

为慢性疾病的靶向治疗提供了潜在靶点

以上这些数据库或网站

为实验生物学和医学科学研究提供了

更加便利的条件

各位G粉吃货们更喜欢哪种佳肴呢?

快来看看本期“菜单”:

本期Guest editors:

华中科技大学 薛宇

中国科学院北京基因组研究所 章张

中国科学院北京生命科学研究院 赵方庆

薛宇博士,华中科技大学教授,主要从事生物信息学和系统生物学研究,在蛋白质共价修饰、基于修饰组大数据的生物信息学分析与可视化、共价修饰介导的蛋白质调控网络、基于修饰调控网络的潜在疾病及癌症的分子标记发现、修饰尤其是“新修饰”的资源整合与底物预测、共价修饰之间的相互影响等方面取得了一定成绩。自2015年开始担任GPB编委。

章张博士,中国科学院北京基因组研究所“百人计划”研究员,研究所生命与健康大数据中心执行主任,研究方向为生物大数据整合与挖掘分析,带领团队建设面向我国人口健康和国家重要战略生物资源的生命与健康大数据中心,建成生物大数据汇交共享平台和多组学数据资源体系。2017年获中国科学院“百人计划”终期评估优秀。自2012年开始担任GPB副主编。

赵方庆博士,中国科学院北京生命科学研究院“百人计划”研究员、中国科学院大学岗位教授、优青基金获得者。主要从事基因组学与计算生物学研究,近年来,围绕着“计算基因组学”研究方向,建立了一系列原创性的生物信息学算法和工具,并在环形非编码RNA和微生物组学领域取得重要进展。自2013年开始担任GPB编委。

什么?还没过瘾?

告诉各位G粉一个好消息,

下一期我们将延续这一主题,

采用多种料理手段

瞄准“算法”这一原材料

欢迎大家继续“抢光”品尝~

当然

小G知道大家对数据都有着深深的爱

就像老鼠爱大米~

十分迫切地需要

个性化、实用、更加完善的生信工具

以及海量可用的数据资源

因此,我们将长期设立这项专题菜单

每年为大家供应不一样的数据“大锅菜”

想当我们的金牌厨师吗?

现在就可以准备起来!

或许明年闪亮登场上菜的就是你~

小G在这里等着你哦!

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  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20181114G0GF2O00?refer=cp_1026
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