一套RNA-Seq数据发两篇文章，这篇5分文章可能被你漏掉了

多年研究下来，老师们手里大都攒下了不少转录组的测序数据。很多样本mRNA表达差异一分析完，数据就丢在了一边。其实在这些数据“废渣”里，还藏着很多金子等待你去挖掘。今天就介绍两篇典型的转录组测序文章，利用一套RNA-Seq数据，先后发表了两篇3-5分文章。

研究者聚焦鸡脂肪代谢的分子调控机制，重点探讨了幼鸡和产蛋鸡之间肝脏组织转录组之间的差别。具体到一套RNA-Seq数据为：利用中国家养蛋鸡的一个品系(卢氏青皮鸡)，在同样的笼子里饲养6只母鸡，随机选取3只幼鸡（20周龄）和3只产蛋鸡（30周龄），宰杀后取肝脏组织进行后续RNA-Seq实验。研究者就是利用这2种发育阶段的鸡各3个重复，共6个样本的RNA-Seq（polyA富集建库）数据，先后发表了3.73分和5.104分的两篇不错的文章。我们知道除了绝大多数mRNA具有polyA尾巴之外，很多lncRNA (长链非编码RNA)也具有polyA尾巴，因此polyA富集建库的RNA-Seq数据中，会同时包含这两类RNA的信息。研究者充分利用这两部分数据，从不同RNA种类出发：前一篇文章重点关注了mRNA的表达变化，后一篇文章则紧紧围绕lncRNA的差别展开。

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文章一

第一篇文章是2015年发表在BMC Genomics上的文章，作者对RNA-Seq数据进行了常规的分析，包括对样本测序深度、测序数据质量统计，比对reads在鸡参考基因组上的分布情况，幼鸡和产蛋鸡表达量最多的前十种基因，可变剪接情况，以及GO和KEGG富集情况统计及分析。最终通过RNA-Seq分析，探讨了幼年和产蛋鸡肝脏表达谱的差异情况，分析出脂质代谢相关基因和相关途径，拓宽对鸡肝脏脂质代谢的了解。

可见看出，这篇文章的框架就是RNA-Seq的标准分析内容。如果说前几年仅仅靠转录组测序，分析一下mRNA的表达差异结果就能发篇不错的文章的话，那现在靠这种思路已经越来越难了。但研究者又把目光投向了现在非常火的lncRNA上面，并且结合SNP分析，最终在2018年10月份，再次成功发表5分多的文章。

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文章二

越来越多的证据表明，lncRNA在哺乳动物肝脏脂质代谢中起重要作用。之前没有研究系统对蛋鸡肝脏中潜在的lncRNA进行筛选，也很少报道相关lncRNA对产蛋期鸡的肝脏脂质代谢影响，因此本研究通过转录组图谱分析，并结合SNP结果，探讨了雌激素诱导的与鸡的脂质代谢和胴体性状相关的lncRNA情况。

研究者首先利用NONCODEV5和Ensemble数据库信息，再次对之前的RNA-Seq数据进行重新注释，获得已知和新的lncRNA信息。最终在幼年和产蛋鸡肝脏中获得44个显著差异lncRNA，其中30个为已知的14个为新的，32个表达上调，12个表达下调。

之后，文章对lncRNA靶基因进行了预测和注释，并且进行了GO和KEGG富集分析。文章还对差异表达的lncRNA和第一篇文章中分析出的差异mRNA进行了联合分析，并且利用miRanda软件，对差异lncRNA的miRNA进行了预测，最终构建相互作用网络。

接下来，文章对肝脏甘油三酯合成调节相关的一个lncRNA，即lncLTR (a lncRNA acting as a Liver Triglyceride synthesis Regulator)进行了深入研究，并用qPCR验证了表达情况。

最后，本研究利用鸡的一个F2代群体进行了SNP与lncRNA的关联分析，发现lncLTR上的c242.G > A多态性与体重等性状关联，暗示了lncLTR中的SNP可能会影响甘油三酯合成和鸡胴体性状。

上述两篇文章，充分利用了RNA-Seq数据，系统分析了产蛋鸡脂肪代谢的mRNA和lncRNA变化情况，为进一步研究分子调控机制奠定了基础。

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