四川省肿瘤医院:基因富集和荟萃分析筛选得到6个关键基因与食管鳞癌预后相关

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文章亮点

本研究通过设定限制条件从GEO数据库中筛选得到6套来自美国和中国香港实验室人食管鳞癌与正常食管组织对照基因芯片数据集,首先采用基因富集和荟萃分析筛选得到食管鳞癌与正常食管组织表达具有显著差异的通路和基因。在这6套数据集中,我们通过基因富集分析得到4个共同上调和4个共同下调的通路。同时,Meta分析得到406个表达显著差异的基因集。其次从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中筛选得到995个与食管鳞癌预后相关基因集。将这两组基因集进行比较,得到19个具有显著表达差异且与食管鳞癌预后密切相关的共有基因。为深入挖掘该19个基因之间的内在联系相互作用,我们通过GO注释发现有6个基因分别在细胞周期(BUB1B, BUB1, TTK)和RNA转运(NDC1, NUP107, NUP155)这两条通路中处于重要位置。因此我们认为这6个基因可能与食管鳞癌预后密切相关。目前鲜有关于这6个基因与食管鳞癌的研究报道,我们课题组正在进行相关深入研究工作。

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